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레벨5
sukeun03
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15.03.28 02:07
안녕하세요.
전반적으로 잘 이해하고 계신 듯합니다.
우선 몇가지 용어정리를 하고 시작하겠습니다.
exon1-exon2-exon3 은 보통 "wild-type allele"이라고 합니다.
exon1-loxp-exon2-loxp-exon3은 "floxed allele"이라고 하는데 floxed란 flanked by loxp 의 줄임말입니다.
exon1-exon2(망가짐)-exon3은 정확히 무엇을 의미하려고 하신지 모르겠지만 "mutant allele"이라고 하겠습니다.
<질문1> 질문자님 말처럼 교배하는것도 가능한 방법입니다. 그러나 보통의 경우 mutant allele이 이미 존재하는 경우가 드뭅니다. 따라서 보다 일반적으로는 아래와 같이 마우스 교배과정을 거치게 됩니다.
교배1: (floxed/floxed) X (wild type/wild type; albumin-cre)
---> F1: (floxed/wild type; albumin-cre)
교배2: (floxed/wild type; albumin-cre) X (floxed/floxed)
---> F2: (floxed/floxed; albumin-cre)
이렇게 하면 F2 마우스의 간조직에서는 두 개의 floxed allele 모두 albumin-cre에 의해서 exon2 가 제거됩니다.
<질문2> 질문자 님이 적으신 교배방법을 따른다면 F1 쥐가 floxed/mutant; albumin-cre가 되는게 맞습니다.
<질문3> 이 부분은 실제 실험을 하지 않은 사람으로서는 생각하기 어려운 부분입니다.
loxp라는 것은 짧은 DNA 서열로서 보통 70 base pair 정도밖에 되지 않습니다. 만약 mutant allele이 염기서열이 대량 제거된 유형이 아니라면, mutant allele 로부터 만들어진 RNA와 floxed allele로부터 만들어진 RNA는 크기에 큰 차이가 나지 않을 것입니다. 예를 들어 mutant allele에서 3,000 base pair가 만들어지고 floxed allele로부터 3,140base pair가 만들어진다면 northern blotting 시 140 bp 차이는 명확히 구분되지 않습니다.
따라서 mutant allele이 RNA의 크기를 대폭 변화시키는 유형이어야지만 northern blot으로 구분할 수 있을 겁니다. 적어도 500 bp는 차이가 나야겠지요.
아무튼 도움이 되셨길 바랍니다~.