실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
시퀀싱 결과에 궁굼한 점이 있습니다. Minor Allele Frequency
레벨2 아예
두 사람의 gDNA를 10:90, 5:95, 2.5:97.5 ... 같은 방식으로 Mix 하고 특정 크로모좀(3개) 위의 여러 사이트를 target하는 Amplicon Library를 만들었습니다. 일루미나의 Miseq으로 시퀀싱하여 데이타를 보았는데 실제 제가 섞은 비율보다 각 그룹에서 동일하게 두배씩 높게 나옵니다.
10:90 섞은 것은 20% 로 결과가 나오네요. gDNA 정량도 꼼꼼히 체크하고 섞을때도 파이펫팅에러가 발생하지 않도록 잘 해주었는데도 이러네요.
10% 5% 2.5% 1.25% 0.625% 로 실험한 결과가 마치 20%,10%, 5%, 2.5% 1.25% 실험한 결과처럼 나왔습니다.
실험 디자인에서 이런 결과가 나올 만한 이유가 있는건지?
파이펫팅 에러가 아주 고르게 잘 일어난 결과인지?
다른 가능한 원인은 무엇일지 궁굼합니다.
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