알아서 찾았습니다. 

NCBI genbank 에서 등재되어있는 모든 단백질 서열이 포함된 nr (fasta form)을 ftp에서 받는다.(13.3GB)
이 파일을 가지고 곧바로 BlastX를 하기엔 CPU cost가 높으므로 target으로 하는 생물종(eg. Arthropoda)의 protein 서열 GI code를 genbank의 entrez 검색도구를 이용해서 다운로드 받는다. (Arthropoda protein 개수 = 2573715개)
nr.fasta에서 위의 GI code를 갖는 list를 추출해서 subset blastDB를 만들고 싶다면 blastdbcmd를 이용한다.
command shell을 실행시키고 다음과 같이 입력

blastp나 blastx를 수행할 경우 word size를 늘리면 blast 속도가 2-3배까지 빨라집니다.
다만 그에 맞게 threshold는 설정해줘야 합니다. 이 부분은 관련 논문을 찾아보시면 됩니다.
제 경우에는 18 근처를 이용합니다.
그리고 경우에 따라서는 gnu parallel을 활용하면 좀더 빠르게 작업 수행이 가능합니다.
ncbi blast+ 패키지의 multi thread 기능은 좀 성능이 떨어지기 때문에 gnu parallel을 이용해서
각 thread에 일정 junk의 서열을 stdin으로 던져주는 식으로 작업하면, 노는 cpu를 좀더 줄일 수 있습니다.
시간이 많이 지난 질문이라 도움이 되실지는 모르겠지만, 다른 분들을 위해서 답글을 답니다.