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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 Gene cloning후 sequencing분석에서 질문 드립니다.
알Carolinie  | 2014.12.02 18:25

현재 분자생물학 실험을 수강하고 있는 3학년 학부생입니다.
시퀀스를 모르는 미생물에서 유전자를 Hind3으로 digestion하여 얻은 2개의 fragment를 pUC18 vector에 넣어 transformation하였습니다. 이후 두 fragment에 대해 sequence를 받았는데요, blast결과 해석이 안되는 점이 생겨서 질문 남깁니다. (편의상 fragment를 각각 C1, C2라고 부르겠습니다.)

C1을 forward, reverse로 읽은 것 모두 Sphingomonas Wittichii라는 종이 나왔고, C2를 reverse로 읽은 것 또한 같은 종이 매칭되었습니다. 물론 E-value도 상당히 작은 편이었고요. 그런데 C2 forward의 경우, 전혀 다른 종인 Rhodococcus opacus라는 종이 매핑되었고, 매핑된 다른 30여개 종은 E-value가 5 이상으로 매우 커서 신뢰도가 떨어지는 결과를 얻었습니다.

한 유전자에서 나온 fragment인데 이런 상황이 발생하기도 하나요? 이러한 경우 결과 해석을 어떻게 해야하는지요.. 답변 부탁드립니다 :)

#sequencing
 
#blast
 
#analysis
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