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SNP 이용하여 계통수 그리기 |
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 우주나무 | 2014.09.29 15:35 |
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도와주세요......!!! ㅠ ㅠ ..
저는 계통발생학 쪽으로 공부하지 않았지만 계통수를 그릴 일이 있어 이렇게 문의하게 되었습니다..
찾아보니 계통수를 그릴때 MEGA 6라는 프로그램을 많이 쓰더라구요
저의 경우엔, 100개 개체를 가지고 있고 이 개체에 대한 10개 SNP(marker) 에 대한 서열을 가지고 있습니다.. 프로그램을 사용하기 위해선 개체별 서열을 1200여개 정도 있어야된다고 하는데 10개 SNP 정보만으로 계통수를 그릴 수 있을까요..?
정리: 10개 SNP marker에 대한 정보로 100개체에 대한 계통수를 그릴수 있나요?
혹시 가능하다면 어떤 프로그램을 쓰는게 좋을까요??
***짐작이라도 좋고 가르치는 말이라도 좋으니 알려주시면 감사하겠습니당!!!!!!!!!! ㅠ ㅠ |
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#Phylogenetic #MEGA6 #SNP |
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본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다. |
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 음 | 2014.09.29
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SNP 마커 정보라는 게 정확히 뭔지요? 설마 10개의 nt 만으로 계통수를 원하시는 건 아니시죠?
안해봤지만 10개라도 그려질 것 같긴 한데,
이런경우 multiple sequence alignment가 필요없으니 fasta 파일로 만들어 MEGA에서 계통수 분석 가능하지 않을까 싶네요. 근데 얼마나 신빙성이 있을진 모르겠네요. 관련 분야 논문 그림을 보여주시면 좀 더 말씀드릴 수 있지 않을까 생각됩니다. |
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