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플라스미드는 세포내에서는 superhelix 상태로 존재하지만 일부는 정제과정중에 풀릴수도 있습니다.
단단한 superhelix 상태와 조금 느슨하게 풀어진 상태, 완전히 풀어진 상태, 그리고 linear 플라스미드는 아가로스젤에서의 이동속도에서 차이가 납니다.
또한 아가로스 젤 %에 따라서 같은 DNA라도 circular form과 linear form의 이동속도다 달라집니다.
플라스미드의 크기가 의심든다면 당연히 잘라서 안자른 플라스미드와 함깨 아가로스 젤에 로딩해보는것이 방법입니다.
Plasmid DNA인지는 DNA의 크기를 알고 있으면 구분이 어려울 것이 없습니다.
다만 DNA의 상태에 따라 이동정도가 달라질 수는 있습니다. 그러나 분명 genomic DNA와는 구분이 되는 크기로 나옵니다.
Marker는 EtBr로 염색한다고 했을때 각 band가 20-100ng 정도되는 양이 가장 좋습니다.
몇 ul를 loading하느냐는 질문은 잘못된 질문으로서 어떤 maker는 1ul에 1ug이 들어 있을수도 있고 어떤 marker에는 200ng이 들어 있을 수 있기 때문입니다. Marker DNA의 함량을 먼저 확인해 봐야 합니다.
DNA의 이동에 대한 글입니다. 참조해 보세요.
http://cafe.naver.com/elpisbio/40