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Formaldehyde는 같은 물질임에도 불구하고 제조사/판매사마다 차이가 많습니다. 또한 흔히 사용하는 방법이 아니기 때문에 아마도 protocol들이 다양한 것이 아닌가 생각됩니다만...
Tube에서 protein을 cross-linking할 때 formaldehyde의 농도는 0.1-1% 정도이며 과한농도를 처리할 경우 급속한 침전이 일어나 가능하면 가장 적은 농도로 오래 처리하는 방법을 선호합니다. 단백질의 양이나 온도에 따라서도 첨가하는 cross-linker의 양은 달라지므로 최적의 조건을 잡기 위해서는 pilot study를 꼭 해봐야 합니다. 하지만 이경우는 cell을 이용한 경우라서, 글쎄요?
우선은 이런 경우라면 가장 적은 농도를 사용한 논문 한편을 선정하여 그대로 해보고 나오는 결과를 분석하여 최적의 조건을 하나씩 잡아가는 것이 어떨까 합니다.
제 경우에는 0.01%에서 가장 좋은 결과를 얻었습니다
여러 농도로 시도해 보세요
1%, 0.1%, 0.01%, 0.001% 이런식으로 조건을 잡았었습니다
0.1% 이상에서는 비특이적으로 엉기는듯한 느낌이었습니다
단백질마다 조건이 다를테니 여러 농도로 해보시길 바랍니다
핵산님, 먼저 답변 감사합니다.
한 가지 더 궁금한 사항은,
처리 시간은 얼마로 하셨는지와, reaction quenching은 glycine (0.125M)으로 하셨는지 궁금합니다.