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여러 이유가 있습니다.
우선 inset 자체, 즉 linear form의 DNA는 변성되기 쉽습니다.
vector의 사용 목적 중의 하나라고 보시면 됩니다. 말그대로 DNA를 운반 할 때 변성을 방지하기 위해서도 사용합니다.
그리고 sequencing시 universal primer를 사용하기 위한 이유도 있습니다. vector와 insert DNA가 연결되는 부근에는 따로 디자인하지 않고 업체에서 가지고 있는 primer로 바로 sequenceing할 수 있게 만들어 놓은 부분입니다.
물론 insert자체로 sequencing이 안되는건 아닙니다. PCR product를 바로 sequencing해줍니다. 하지만 PCR product를 gel에 로딩하여 많이 얻는것 보다 prep. 하여 vector에들어있는 상태(plasmid)를 얻는게 더 쉽습니다.
vector와 insert가 이어진 부분을 sequencing해야 되기 때문에 insert만 보내서는 의미가 없습니다.