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 전체 > Omics > Metabolomics
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질문 .
대학생  | 2014.03.26 22:35
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

.

#DNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
 |  2014.03.27    
저도 지식이 많이 부족한지라 잘은 모르지만...

개인적인 의견으로는 dimer가 아닌가 싶습니다.

Rnase 처리나..purification을 해준다면 좋아지지 않을까 싶기도 합니다..

대왕개구리안재진  |  2014.03.27   

밑에 글도 비슷한 이야기가 있었는데...
실업시간에 조교가 질문한건 담당과목 교수님과 조교에게 꾸준히 여쭤보세요... 그러면서 답이 나올수 있습니다.

그렇지만... 질문에 대해 제가 아는선에 대해 답하면...
RNA는 많이 없는 상태인듯 하네요...  웰마다 RNA양이 틀린것으로 보아 prep kit은 아니고 메뉴얼 방식으로 프랩한것 같습니다.

plasmid DNA prep시 순수 DNA는 3가지 정도의 패턴이 나올수 있습니다. 가장 밑에는 슈퍼코일 위에는 서큘러 그 위에는 닉 서큘러 정도 나올수 있고... 사이즈 마커 위쪽에 잡히는것은 지노믹 디엔에이 일수도 있습니다. 또한 이론적 3가지 이외 나오는 사이즈의 밴드는 지노믹 디엔에이가 sol2에 오래 노출된 경우 나올수도 있는 상태입니다.
결국 지노믹 DNA가 있느냐 없느냐는 1cut으로 짤라 전체적인 밴드 패턴을 보면 됩니다. 단순 플라스미드 디엔에이만 있다면 1컷일때 원밴드만 나올것이고 이외 다른 밴드가 있다면 지노믹 DNA의 오염일것입니다.
그리고 대장균은 빠르게 DNA를 복제하기 때문에 dimer 형태도 존재할수 있습니다. dimer 형태의 DNA도 꼬임상태는 틀려 사이즈가 여러가지 나올수 있습니다.
마지막으로 빨간색은 기기에서 읽을수 있는 빛의 강도를 넘어서 최대치였다는것을 표현한것 입니다. 기기가 1~100까지 빛을 읽을수 있을때 130이나 150의 빛이 있다면 거기는 그냥 100이상 인 지역이다... 라고 하면서 빨강으로 표시해주는 프로그램을 이용해서 찍어낸 사진입니다.


정말 긴 답변이네요

대왕개구리엘피스  |  2014.03.27   
맨 밑에 있는 진한 band는 small RNA입니다. plasmid DNA를 뽑는 과정에서 RNA를 제거하기 위해 RNase A를 첨가하는데 RNase A가 충분히 활동을 못하면 일부 깨진 작은 RNA들이 완전히 제거되지 않고 남게 됩니다. Incubation시간이 적었거나 또는 온도가 낮아 RNaseA의 활성도가 100%가 아니었기 때문일 수 있습니다.

Plasmid DNA band를 보면 major가 있고 그 위로 일정한 간격을 유지하면 여러 band들이 보입니다. 이는 concatemer로서 plasmid DNA가 고리를 형성해 dimer, trimer, tetramer를 형성한 것입니다. 제한효소로 자르면 고리가 풀리므로 하나의 band만 보일 겁니다.
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