질문이 뭔가 두리뭉실..복잡하네요...ㅎ
drug design을 X-tal 방법으로 하신다구요?
B 단백질에 대한 inhibitor는 이미 알려진건가요? 아님 candidate?
보통은...NMR 같은 방법으로 fragment screening을 돌려 B 단백질과 interaction이 있는 것을 찾아내죠..- 일종의 candidate들을 찾아봅니다... 이게 실제 inhibition 시키든 못하든 단백질과 들러붙는다는 것을 확인.
그다음은..실제 결합을 x-tal 방법으로 확인하기 위해 결정화 실험이 성공한다면 OK.
하지만..binding affintiy를 먼저 확인해 봐야겠지요...
ITC로 열량 변화를 보거나... MTT assay를 통해 IC50 수치를 측정하거나...
그런데, 질문하신 내용으로 봐서는 A,B 두 단백질이 complex를 이룰때 inhibitor가 작용?
각각 단백질이 홀로 존재할때는 효과가 없는 저해제?
그렇다면...서로 interaction 하는 과정에 두 molecule 사이에 결합하거나, 혹은 B에 결합된 것이 B 단백질의 구조적 변화를 유래하거나... 어떤게 있겠지요..
이게 A,B 단백질을 통해서 되는지는 Alpha-LISA 같은 실험 방법으로 측정가능.
여튼...신약개발을 위해 실험 데이타들은 저런 것들을 수행하는듯 하구요...
구조 생물학 입장에서는...일단 A,B의 입체 구조 해석이 필요하겠죠...ㅎ
각각 단백질 결정화, complex 결정화... A/B/inhibitor 함께 결정화...
어떠한 구조 정보가 해석되고나면... 조금씩 작용 메카니즘이 이해되고, 설명 되겠지요...
'음...'님, 답변해주셔서 감사합니다. 제가 아직 초보라
표현이 많이 서툴렀던 것 같습니다.^^
inhibitor는 아직 알려져 있지 않은 candidate입니다.
이 candidate를 개발하려고요.
그리고 이것은 complex가 아닌, 오직 B만을 target으로 하는 것인데요..
그런데 B단백질과 같은 FAMILY에 있는 다른 C라는 단백질 구조와 결합자리(C-A)가
알려져 있다면, 그리고 그것에 대한 C단백질의 inhibitor도 알려져 있다면,
이런 상황에서도 B와 A의 결합자리를 별도로 확인을 해야 하나요?
그리고 B를 대상으로 fragment screen을 할 때 기존의 C의 inhibitor를 가지고 해도 되나요?
초보라서 죄송해요.ㅠㅜ
감사합니다.^^
네~ 추가 댓글을 보고 조금 더 이해되었습니다.
B의 homolog protein 인 C 의 구조가 밝혀졌다면, 그곳에 ligand binding site가 확인되겠군요..
어떤 residue들이 결합에 중요한지 살펴보시고, B, C 그리고 만약 다른 종같은것에 유사 단백질들이 있으면 모두함께 sequence alignment를 해서, 결합에 중요한 아미노산들이 conservation 되었는지 확인해 보세요. 그렇다면.. key residue 일거라 추정하겠죠...
(어쩜 이정도 내용은 기존 C 단백질관련 논문들에서 언급되었을거라 생각됩니다.)
만일, B 단백질과 C는 유사성이 높은 단백질이지만, key residue들이 보존되어 있지 않다면,
왜? 뭐가 다르기에..하는 재밌는 궁금증이 생길것 같습니다...ㅎ
질문하신, A-C 처럼 A.B 도 결합을 하는지 pull down 이나, ITC 등으로 확인해 봐야겠죠,.
또한, small molecule inhibitor라면... C 단백질과 B 단백질 각각에 specific한 것이지 싶네요..
어떤 하나의 candidate가 작용을 한다고 하더라도....
checmical 하는 사람들이 계속해서, 보다더 효율적인 drug - binding affinity가 높거나, 빠른 시간에 소량으로 effect가 있거나, side effect 관련 (투여해서 tumor 조직은 없어지거나, 줄어드는게 확인되지만...사람이 죽게되면 안되겠죠...ㅎ, 보통은 쥐 모델을 사용하니..그래서 체중 변화를 데이타로 함께 제시하는것 같아보이더군요..)
이상, 저의 허접한 답변이었습니다.
그리고, 제가 님의 입장이라면... 일단은 B 단백질의 결정화 (C가 되니까..만들어질 가능성이 높거나, 아니면 이미 다른 그룹들에서 수차례 도전을 해보았을텐데..어떤 bottle neck이 존재하거나..) 혹은 B- candidate complex 구조... 이런 실험을 수행하면서.. 관련 논문들, 구조 페이퍼가 아닌 셀 실험 데이타들을 참고해가며.. 아이디어를 찾아가보는게 어떠할까 싶네요.
그럼 좋은 결과 있으시기를~~!
'음'님의 답변이 향후 실험하는데 큰 도움이 될 것 같습니다.
감사드립니다.
그럼, 좋은 하루 되세요^^