이메일도 보내셨네요. 지금에서야 읽었습니다. 버섯 계통 분류하는 실험실이 그다지 많지 않던데.. 서울대 정학성 교수님께서 아직까지 지존이신것으로 알고 있고.. 그리고 농진청에 김양섭 박사님도 그렇구요. 어디서 버섯 계통 분류 연구를 하시는지..

phylip interleaved format을 잘못 저장하신 것 같네요.
보통 phylip format은 align된 시퀀스 정보와 nucleotide 수 그리고 시퀀스의 갯수가 같이 저장되어있습니다. 근데 에러 메세지는 시퀀스이 갯수가 맞지 않을 때 이런 에러가 납니다. 그러니 alignment file을 잘 살펴보시고 실행하시기 바랍니다.
그래도 뭔소리인지 모르시겠으면 그냥 alignment file을 여기 게시판에 첨부하시면 제가 확인해보도록 하지요.

그리고 bootstraping을 하시기 전에 그냥 distance를 보실 수도 있지만 tree topology와 branching confidence를 정확히 하시기 위해서는 bootstraping을 하셔야 합니다.

시간나면 tree만드는 법을 올리려고 했는데.. 요새 도무지 시간이 안나네요.

이전에 저는 Phylogeny 전문가가 아니라고 말씀드렸는데..
(야메로 트리 몇번 그려본 적은 있습니다만.)

그렇지만 거명을 해주신 관계로 그냥 약간만..
<a href=http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dnadist.html
target=_blank>http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dnadist.html
</a>
여기에 보면 Web Form 으로 사용할 수 있는 DNADIST 가 있으므로 이걸로 시도해보시길.
Bootstrap Option 도 설정 가능한 것 같습니다.

나머지는 조금 더 경험이 많은 분이 설명해 주시겠지요. (도주중~)

계통수 그리는 법은
clustalx - alignment
BioEdit - alignment sequences 보정작업 후
다시 clustalx
nxs로 저장
매킨토시에서 Macclade 프로그램에서 불러 *.NBRF로 저장
alignment를 interleave 한것과 안한것으로 따로 저장하여 아래의 계통수를 돌린다.

계통수 그리기
MEGA 3.1 - NJ, ME, MP - window용
PAUP - NJ, MP (aa 와 DNA에서 그리는 대상, 방법, 결과분석, 용도가 다름)
phylip dos용은 자체는 사실 별 좋은 것이 없으나(왜냐면 시간도 걸리고 과정이 귀찮아서....)
이후에 나온 최근의 가장 효율적인 ML 분석법인 PhyML 분석을 하려면
반드시 있어야하므로 중요할 뿐임.
QP - quertet puzzling
Baysian Inference (BI) - dos용

분석에 필요한 시간, 컴퓨터 사양은 서열에 따라 차이가 나지만
CPU 3.0 이상, memory 1G 이상 임. 님처럼 짧은 서열의 경우는 몇시간만에 해결되고
더 밀도깊은 분석을 하면 일반적으로 3~4일에서 열흘까지 걸림.
결론적으로 총 5가지 tree 가 모두 일치하는 결과가 나타나면 가장 좋은 계통수로 평가함 - NJ, MP, QP, BI, ML

아주 손쉽게 계통수그리고 논문내시려면 MEGA 와 BI만 있어도 될것 같습니다만...

투고가능한 저널은 Impact facctor가 낮은 순부터 쓰면
국내 molcell,과 한산미
국외 DNA sequence, MPE, JME, MBE, Genome research, nature or science 등

자세한 내용을 더 알고 싶으시면
subclone@hanmail.net로 문의바람.