[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 sale 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
Taylor & Francis Asia Pacific
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 안전점검 논문교환 LABox
 전체 > Laboratory Equipments
조회 9992  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 mad scientist 님 좀 도와주세요!PHYLIP을 이용한 계통수 그리는 방법..
HAN  | 2006.06.01 00:00
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)
안녕하세요^^


실험은 같은 지역에서 채취한 버섯에서..진화관계를 밝혀보고자 하는 실험입니다.

미토콘드리아의 SSU rDNA를 이용해서 계통수를 그려보고자 하는데..

시퀀스길이는 약730bp입니다.

비교하고자하는 샘플수는 35종류이고 outgroup도 하나 지정해 주려고합니다.

PHYLIP을 사용해서 계통수를 그리려고 하는데요.

제가 여기저기 글도 읽어보고..나름대로 메뉴얼도 읽어봤습니다..

비슷한 실험을 한 논문도 봤구요..논문을 보니 보통 neighbor-joining방법을 사용했더라구요

그리고 제 경우에는 DNADIST를 사용해야할것 같구요..

보통 bootstrap을 1000으로 추천하고..

제 나름대로 프로그램을 돌려보려고했는데..

계속 에러가 나서요..

제가 프로그램 사용하는것이 잘못된 것인지 한번봐주세요..

첫번째 방법으로,,한 선배님이 알려주신 방법입니다.

저는 우선 CLUSTAL X로 얼라인먼트해서 phy파일을 만들고..

SEQBOOT를 실행해서 파일이름 입력후..홀수입력화면에서 121입력

그리고 y

그러면 밖에 outfile있는데 그것을 infile로 이름 바꾼 후..DNADIST실행

m누르고 1000입력

그리고 y

그러면...inconsistent nuber of species in data set 101이라는 메세지가 떠요..

사실 이 방법은..그 선배님이 SEQBOOT-> PROTDIST-> NEIGHBOR->CONSENSE 이 순서대로 한 방법에서 PROTDIST부분을 제가 제 실험에 맞게 DNADIST로 바꾼 것인데 에러가 나네요..

그리고 제가 나름대로 메뉴얼을 읽고 해 본 방법은..

SEQBOOT를 실행하지않고..먼저 DNADIST를 실행해서 얼라인된 파일이름 입력후..

m눌러서 1000으로 맞춘후..엔터 누르면 ...inconsistent nuber of species in data set 2 라는 메세지가 떠요..

그래서 그냥 DNADIST실행해서 파일이름 입력후 y 누르면 " Distances written to file" 이라는 메세지가 뜨 면서 outfile이 만들어져 있어요..

이것을 infile로 이름 바꾼 후 NEIGHBOR실행시키고.. 그냥 y만을 누르면

outfile과 treefile이 만들어집니다..

그 중 treefile을 treeview에서 불러오면 tree가 보이는데..

이렇게 실행하게되면 1000 bootstrap이라든지 이런 설정은 하지 못한채 tree를 만든것이 되고..

또 샘플간의 거리도 나와있지 않은 tree가 만들어지게되는데..

제가 원하는 것은 거리가 나와있는 계통수그림이거든요..

그리고 NEIGHBOR실행해서 (선배님이 알려주신 방법으로는) L 누르고 J누르고 7 그리고 m 그리고 1000 그리고 y누르라고 하셨는데 이렇게하면 또 에러나요..(inconsistent nuber of species in data set 2)

도와주세요...ㅠ_ㅠ

계통수 그림이 있어야지..결과도 쓸 수가 있는데...부탁드려요..
#PHYLIP
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
한스  |  2006.06.01    
이메일도 보내셨네요. 지금에서야 읽었습니다. 버섯 계통 분류하는 실험실이 그다지 많지 않던데.. 서울대 정학성 교수님께서 아직까지 지존이신것으로 알고 있고.. 그리고 농진청에 김양섭 박사님도 그렇구요. 어디서 버섯 계통 분류 연구를 하시는지..

phylip interleaved format을 잘못 저장하신 것 같네요.
보통 phylip format은 align된 시퀀스 정보와 nucleotide 수 그리고 시퀀스의 갯수가 같이 저장되어있습니다. 근데 에러 메세지는 시퀀스이 갯수가 맞지 않을 때 이런 에러가 납니다. 그러니 alignment file을 잘 살펴보시고 실행하시기 바랍니다.
그래도 뭔소리인지 모르시겠으면 그냥 alignment file을 여기 게시판에 첨부하시면 제가 확인해보도록 하지요.

그리고 bootstraping을 하시기 전에 그냥 distance를 보실 수도 있지만 tree topology와 branching confidence를 정확히 하시기 위해서는 bootstraping을 하셔야 합니다.

시간나면 tree만드는 법을 올리려고 했는데.. 요새 도무지 시간이 안나네요.
Mad Scientist  |  2006.06.01    
이전에 저는 Phylogeny 전문가가 아니라고 말씀드렸는데..
(야메로 트리 몇번 그려본 적은 있습니다만.)

그렇지만 거명을 해주신 관계로 그냥 약간만..
<a href=http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dnadist.html
target=_blank>http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dnadist.html
</a>
여기에 보면 Web Form 으로 사용할 수 있는 DNADIST 가 있으므로 이걸로 시도해보시길.
Bootstrap Option 도 설정 가능한 것 같습니다.

나머지는 조금 더 경험이 많은 분이 설명해 주시겠지요. (도주중~)
subclone  |  2006.06.17    
계통수 그리는 법은
clustalx - alignment
BioEdit - alignment sequences 보정작업 후
다시 clustalx
nxs로 저장
매킨토시에서 Macclade 프로그램에서 불러 *.NBRF로 저장
alignment를 interleave 한것과 안한것으로 따로 저장하여 아래의 계통수를 돌린다.

계통수 그리기
MEGA 3.1 - NJ, ME, MP - window용
PAUP - NJ, MP (aa 와 DNA에서 그리는 대상, 방법, 결과분석, 용도가 다름)
phylip dos용은 자체는 사실 별 좋은 것이 없으나(왜냐면 시간도 걸리고 과정이 귀찮아서....)
이후에 나온 최근의 가장 효율적인 ML 분석법인 PhyML 분석을 하려면
반드시 있어야하므로 중요할 뿐임.
QP - quertet puzzling
Baysian Inference (BI) - dos용

분석에 필요한 시간, 컴퓨터 사양은 서열에 따라 차이가 나지만
CPU 3.0 이상, memory 1G 이상 임. 님처럼 짧은 서열의 경우는 몇시간만에 해결되고
더 밀도깊은 분석을 하면 일반적으로 3~4일에서 열흘까지 걸림.
결론적으로 총 5가지 tree 가 모두 일치하는 결과가 나타나면 가장 좋은 계통수로 평가함 - NJ, MP, QP, BI, ML

아주 손쉽게 계통수그리고 논문내시려면 MEGA 와 BI만 있어도 될것 같습니다만...

투고가능한 저널은 Impact facctor가 낮은 순부터 쓰면
국내 molcell,과 한산미
국외 DNA sequence, MPE, JME, MBE, Genome research, nature or science 등

자세한 내용을 더 알고 싶으시면
subclone@hanmail.net로 문의바람.
답변하기
할인행사 광고 검색광고
크로니텍 크로니텍
2021년 셀카운터 할인 EVENT! (2.28까지)
필코리아테크놀로지 필코리아테크놀로지
매주 업데이트되는 할인행사 ☞ 필코리아테크놀로지를 찾아주세요 (1.28까지)
바이오닉스 바이오닉스
2020년 바이오닉스는 TECAN의 공식 파트너로 런칭! (런칭 프로모션 진행중) (1.24까지)
프리미엄 등록안내
외부제휴사 광고 AD
e브릭몰
sale
2/6  좌우
555,000
163,30049,000
920,900276,300
140,600133,600
243,000
82,50078,400
23,6007,100
818,000777,100
149,300141,900
318,000
247,80074,400
767,100744,100
219,90066,000
403,300121,000
153,700146,100
254,20076,300
249,900237,500
146,000
49,00046,600
83,50025,100
51,50015,500
971,000
398,000
254,50076,400
최근등록   더보기 >
cell cycle assay buffer 질문합니다,,(70% ethanol)   01.16
Helicobacter sydney stain 1 배양관련해서 확인해주실 수 있을까요?   01.16
조류 현미경확인할 때   01.16
단백질 활성 실험에서 확인할 수 있는것   01.15
구강상피세포 dna추출 단계 이유 질문   01.15
Polypen, sift 잘 아시는분...?   01.15
pharmaceutical primary standard 이란.. HPLC 사용가능?   01.15
Cell 배양 프로토콜이 서로 상충될 땐 어떻게 해야 하나요?   01.15
0.01M sodium citrate pH 6.0 만드는 법과 역할   01.15
단백질발현 실험할때 발현 전 sample 거는 이유   01.15
최근답변자 우수답변자
개구리GOHARD

개구리bio

대왕개구리SPEED

알이가텔

개구리아이고야

알올해졸업예정자

알뿡빵스

대왕개구리안재진

대왕개구리안재진

꽃개구리느림보

개구리절대교주

개구리지나가는사람

대왕개구리강시

개구리달려라~

개구리propadrum

개구리Daegu*

실험관련연재
박은총 연재중후배에게 주고 싶은 면역학 노트
박은총(Duke University)
신코 연재중분석장비 이야기
분석장비 탐험가 (필명) ((주)신코)
Mr.S 연재중의학계의 Spectaculum: 임상시험
Mr. S (필명) (연세대학교)
에스프리 연재중실험을 해봅시다
에스프리 (필명)
곽민준 연재중랩노트
곽민준 (POSTECH 생명과학과)
이제욱 연재중생명과학자 기초체력 다지기
이제욱 (오송첨단의료산업진흥재단, 신약개발지원센터)
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ  |  실험 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고