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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
조회 5432  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 primer design 관련 질문있습니다~!
알metallothionein  |  2013.11.18 15:38
안녕하세요.

코흘리개 초짜 학생입니다..

많은 질문을 검색해보았지만 이해가 되지 않아 질문합니다 ㅠㅠ

한 생물종의 특정유전자를 밝혀낸 후, 발현량을 보기 위해 유사계통 종들의 특정유전자를 수집 후 alignment하여 겹치는 부분만 뽑았습니다.

그 후에 ncbi에서 get primer를 해보니 이렇게 다섯개의 결과가 나왔습니다.

궁금한 것이 primer design 관련 문헌을 찾아보니, self complementarity는 피해야 한다고 하던데...

밑의 결과에는 self 3' complementarity는 0, 0이 있는것으로 고른다 하지만 self complementarity는 4~7범위로 모두 있게 나오는데..

밑의 결과에 있는 primer 중 어떤 것을 선택하는게 가장 최선일까요?

아니면 다시 sequence를 잡아서 get primer를 해봐야 하나요,....??

그리고 3' 끝이 G나 C로 끝나야 한다고 알고 있는데..
T로 끝나도 되는것인지.... 답변 부탁드립니다..!

upload image
#primer
 
#pcr
 
#complementarity
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개구리오크남  |  2013.11.19   
self complementarity, self 3' complementarity 둘 다 낮은게 좋습니다. T는 다른 base보다 binding specificity가 떨어져서 3' 끝엔 되도록 T말고 다른 염기가 오는게 좋다고 하구요, 3' 말단에 GC contents가 연속해서 위치해 있는 것도 좋지 않다고 합니다.
그리고 선정한 primer 쌍은 blast 돌려서 mRNA refsequence에서 혹시 그 primer로 다른 gene의 mRNA가 증폭되지 않는지 확인하셔야 하구요,
프로그램상으로나 이론상으로 완벽해도 PCR돌려보면 nonspecific band가 많이 뜨거나 증폭이 안될 수도 있습니다. 일단 가장 괜찮다 생각되는 primer 주문하셔서 돌려보세요.
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