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질문 Phylogenetic tree를 그리기 위한 alignment에 질문이 있습니다.
올챙이Shovel  |  2013.10.23 10:07
첨부파일 파일첨부: Phylogenic tree.jpg (351 KB)
이미지 첨부파일
안녕하세요.

이번에 새로 동정한 균주에 대한 논문을 쓰기 위해 phylogenetic tree를 그리려고 하고 있습니다.

다행히 생물을 전공하시는 분께서 실험실을 나가기 전에 미리 많이 해주셔서 유사한 균주들을 찾는 작업은 끝난 상황입니다.

현재 MEGA 5.2를 이용해서 한번 각 16S rRNA sequence를 붙여놓고 돌려보았는데,

역시나 만족스러운 그림은 못 얻었습니다.

그래서 이전 글들을 검색해보니, Bioedit을 이용해서 alignment를 해줘야 한다고 해서 현재 작업 중인데, 이것에 대한 질문이 있습니다.

현재 그림에서 보시다시피 21개의 16S rRNA에 관해서 시작점까지만 모두 맞춰준 상황입니다. 이 상황에서 중간 부분에 생길 수 있는 gap도 모두 입력해주고, 끝 점도 모두 맞춰주어야 tree가 잘 그려지는지, 이 정도만 맞추고 돌리면 그런대로 만족스러운 그림을 얻을 수 있는지 궁금합니다.

 좋은 답변 기다리도록 하겠습니다. 감사합니다!



#16S rRNA
 
#Phylogenetic
 
#MEGA
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