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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 cloning 한후에 NCBI에서 Blast하는데요...
알ask10  |  2013.07.10 17:55


퀀싱 resurlt가 다음과 같이 나왔네요.. 보시면 아시겠지만 20bp부터 identites가 100%라네요;;
이해가 안되는 부분이.. 왜 ATG부터 읽고 비교하지 않는거죠? 그리고 종결코돈이있는곳까지 읽지 않네요?
일단 결론부터 말씀드리면 시퀀싱회사에서온 결과물의 경우 저 앞 시퀀스는 틀린결과로 나오더라구요.. 혹시나 저앞에 시퀀스는 필요없는부분이거나 그런건가요? 잘모르겠네요 ㅠㅠㅠ

#sequencing
 
#blast
 
#ncbi
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리유전학도^^v  |  2013.07.11   
sequencing을 어떤 식으로 하셨는지에 대해서 알아야 합니다.

sequencing에 사용한 primer의 위치가 ATG에서 가깝다면

ATG가 있는 영역은 정상적인 sequence 확인이 어렵습니다.

그리고 일반적인 sequencing 방법은 PCR을 기반으로 하기 때문에

증폭효율에 한계가 있습니다.

다시 말해, 읽히는 길이가 제한적이라는 것입니다.

Stop codon 부위까지 알고 싶으시면 추가적으로 sequencing을 하셔야 합니다.

만약 전혀 엉뚱한 sequence가 포함돼 있다면,

Insert에 vector backbone이 포함되었거나

아니면 말단 부위에 sequencing이 제대로 되지 않아 blast가 안 되었을 가능성이 큽니다.

좀 더 구체적인 내용 알려주시면, 원인을 알기 쉬울 것 같습니다.

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