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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 16S sequencing 결과에 분석에 여쭈여봅니다.
올챙이shuffling  |  2013.06.12 12:17
첨부파일 파일첨부: A52.zip (342 KB)

식품시료(떡)에서 분리한 대장균군 균주를 plate 상태로 sequencing 업체(솔젠트)에
맡겨서 27F, 1497R 양방향으로 하여 결과를 받았습니다.(첨부파일 有)

chromas 프로그램으로  copy sequence -plain text 를 하여 메모장에 붙이고
(Reverse는 reverse compliment로 하여 거꾸로 하였구요.)
blast로 이 균주가 무엇인지 알아보고자 하는데요..

처음 해보는 거라서 어떻게 해야 할 지 모르겠네요..
1. 균동정하는 방법이 전체적으로 어떤 프로그램을 사용해서 어떤 과정을 거쳐야 하는지
알려주세요..(시퀀싱 받은 파일위주로 과정을 가르쳐 주시면 더욱 감사하겠습니다.)
2. blast에 붙일 때 NNN이라고 나오는 일부분은 지우고 붙여야한다는데 맞는 말인지요?
3. 27f, 1497r 두 파일을 종합해서 어떻게 하는지요..
4. (프로그램을 이용한) 균동정 과정이 나와있는 책이나 사이트를 알려주시면 감사하겠습니다.

너무 초보적인 질문을 해서 죄송합니다. 감사합니다.

#16s
 
#sequence
 
#대장균 균동정
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
알초보  |  2013.06.12   
1. 저는 NCBI 홈페이지에서 Blast를 이용하고 있습니다.
2. N 은 noise가 일어난 것으로 저는 제거 하고 붙입니다. 하지만 처음에 나온 N만을 제거 하며    나머지 중간에 나올 경우 제거하지 않고 그냥 붙여 넣습니다.
3. 27F 와 1492R 둘 다 Blast를 하여 공통적으로 Query cover가 높고 
Total score 가 높은 것을      위주로 선정합니다.
4.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=ProgSelectionGuide

리고 제가 찾아본 결과 아래가 가장 높은 점수로 나왔습니다.

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