실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
[왕초보]선배님들 대장균 동정(bacteria sequence)을 할려는데 어렵네요. 도와주세요.
레벨2 shuffling
식품시료에서 대장균 정성시험을 통해 얻어진 대장균군(coliform)을 동정하는 실험을 해야 합니다. 효모(주류관련)만 다루다가 세균은 처음 해봐서 두려운(?)데요..
교수님께서 하시는 말씀이..
대장균군 범주에 들어가는 것들 찾아서,
1) 16s rDNA sequence 해서 겹치는 부분 , 틀리는 부분.
2) 대장균이 Lactose를 이용해서 산과 CO2 로 분해하므로 β-galactosidase 활성유전인자 유무판별을 하라고 하셨습니다...
그래서 저는 일단 분리한 균주에서
1)DNA 추출
2)PCR
3)SEQUENCE ( 솔젠트라는 회사에 저희는 의뢰합니다.)
4)시퀀싱 결과데이터와 NCBI 홈페이지에서 비교를 통해 β-galactosidase 활성유전인자 존재유무 확인
을 하려고 합니다.
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여기서 부터 질문인데요..
질문1) 보통 세균 동정시 16S rRNA로 하던데 교수님께서는 16S rDNA sequencing을 하셨거든요..
관계없나요? 16S rRNA sequencing시는 RNA를 추출하고 16S rDNA sequencing시는 DNA를 추출해야하는 건가요??
질문2) 세균 DNA 추출에 대한 논문을 찾았는데(첨부파일로 올렸습니다) 이대로 하면 좋을지 아니면 선배님들께서 쓰시는
다른 프로토콜이 있다면 추천해주실수 있나요?
질문3) sequencing 왕초보인데 주의사항이나 도움되는 말씀이 있으시다면 부탁드려요.
주류관련으로 하다가 박사과정 들어올때쯤 되서야 DNA쪽으로 발딛어서 완전 초보적인 질문일테지만 어떠한 의견이라도 좋으니 선배님들의 고견들 부탁드립니다!!
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