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레벨5
유전학도^^v
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13.05.18 00:39
Genomics하는 실험실 사람입니다.
우선 prep.한 DNA를 agarose gel에 그것만 달려 보세요.
1% 정도면 8kb라고 해도 충분히 separation됩니다.
지금 사진 해상도가 많이 낮고, DNA ladder의 각 band size가 확인이 안 되긴 합니다만,
plasmid DNA를 그냥 달리면 보통 2개 band가 보이는데요,
그건 별로 안 중요합니다.
EcoRI과 XbaI으로 single cut 했을 때,
DNA가 모두 digestion 됐다면 single band가 뜹니다.
vector와 insert에서 EcoRI과 XbaI recognition site가 1개씩 있는 게 맞다면,
위 내용은 분석할 필요가 없어 보입니다.
일정한 패턴이 나오질 않습니다.
각 lane에 loading 한 DNA가 바뀌었다면 모르겠습니다.
아무튼 DNA 확인 후, 다시 cut 해 보시길 바랍니다.
Cut이 잘 안 된다면 total volume을 늘려 보세요.
DNA가 동일하고, 일정한 농도를 가지고 있다면,
보통 size가 큰 band가 더 강하게 나옵니다.
이럴 경우, 아마도 다른 DNA의 오염이나 실험적인 오류가 있었을 것이라 생각됩니다.
XbaI에 문제가 있어 보입니다. 활성이 아주 없지는 않지만 아주 약합니다.
XbaI site가 있는 다른 DNA를 가지고 활성이 정상적인지 test를 해보세요 (가능하면 site가 두개라서 two band가 나오는 DNA면 더 좋습니다).
EcoRI은 정상입니다.
1% gel에서 8kbp, 5kbp, 2kbp를 보는 것은 무리가 있습니다.
0.7% gel을 사용하세요..
두분다 답변 너무 감사합니다^^
우선 실험 다시 한번 더 해보고 XbaI도 한번더 확인해보려고요ㅎㅎ
정말 많이 도움이 되었네요ㅋㅋ이 실험에 대해서도 좀 더 알게 된거 같아요ㅎㅎㅎㅎ