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gDNA가 안잘리는것은 gDNA가 지저분하거나 kit 또는 처리 시약이 일부 남아 있거나 하는 이유로 안잘리는 경우가 있습니다.
특히 한 시료는 잘 잘리는데 다른 시료는 두세가지 효소에 안잘리면 이런 경우에 해당합니다.
Sau3AI이나 MboI 같은 4-base cutter로 잘라보세요.
이런 효소들은 gDNA를 아주 잘게 잘라주므로 DNA가 잘리는지 안잘리는지를 확인하는데 도움이 됩니다.
경우에 따라서 어떤 gDNA는 어떤 효소가 자르는 자리가 적어서 안잘리는것처럼 보이기도 합니다.
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레벨1
Sol-Chan
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12.09.26 11:32
RE 처리하기위해 mixture 만들때, genomic DNA가 sticky 하거나 농도가 높은 경우 RE이 cutting을 못하는 경우도 있습니다. gDNA를 dillution 해서 RE cutting 시도해보는 것도 좋을 것 같습니다.
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레벨5
G.P.Ts
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12.09.26 11:59
혹시 제한효소가 작용하기엔 염기서열이 다르거나 한 것은 아닐지,
같은 조건으로 gDNA를 추출했다면, 추출과정에 문제가 있는 것이 아니라,
어쩌면 gDNA 자체의 차이 때문은 아닌지 모르겠네요.
이 경우 다른 제한효소를 이용해 보면 알 수 있을 듯해요.
감사합니다.
답글 많이 달아주셨네요. 모두 도움이 많이 되었습니다.
저는 kit로 뽑은 것이 충분히 깨끗한 줄 알았는데, phenol-chloroform 추출과정 한 번 더 거치니까 더 나아진 것 같습니다. 위의 분 말씀대로 enzyme간의 차이도 보이네요.
감사합니다.