실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
Taq에 따라 PCR 결과가 달라지는 이유
bjp (비회원)
타겟 gene의 cDNA sequence를 얻은후 genomic sequence를 얻으려고
genomic DNA로 PCR한 결과입니다.
A사의 taq으로 PCR 했더니 자꾸 cDNA 크기 (< 1kb)가 떠서
taq을 B사의 것으로 바꾸었더니 intron까지 포함하는걸로 예상되는 크기 (< 4kb)가 나왔습니다.
참고로 B사의 Taq은 pfu입니다.
궁금해서 sequencing을 했더니 그대로 하나는 intron을 포함하지 않은 cDNA와 일치하는 sequence, 다른 하나는 intron을 전부 포함하는 genomic sequence가 나왔습니다.
제가 궁금한건 이렇게 두개의 allelic variation이 존재할수 있는지 입니다.
일반적으로 intron이나 exon에 부분적 indel이 있는건 봤는데
이렇게 완전히 intron이 없는 genomic sequence가 있을수도 있나요?
여러가지로 테스트 해봤는데 다른 cDNA에서 온 오염은 아닌것 같습니다.
추출방법이나 시료가 다른 genomic DNA를 써도 이렇게 나오거든요.
물론 물이나 버퍼등도 다 체크했고요.
다른 gene을 할때는 똑같이 나오는데 이 gene에서만 intron 있는것, 없는것, 두개가 다 걸립니다.
잘 모르겠지만 genomic DNA 뽑을때 RNase 처리했고요...RNA가 남아있을리는 없겠지요?
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