실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
Band 좀 봐주시겠어요?
레벨1 인디언블루
좀전에 band가 나타나지 않고 끌리는 현상이 발생한다고 질문 드리고
이후에 원인파악하고자 primer를 달리하여 PCR하고 product를 로딩하여
얻은 결과 입니다.
보시다시피
ITS5-ITS4는 밴드가 기존의 문제처럼 끌려나옵니다.
ITS1-ITS5는 정확하게 밴드가 나타난 샘플도 있고 끌려나오질 않습니다.
LR5F-LROR은 대부분 뚜렷하게 밴드가 나타났는데요.
저는 이런 결과를 ITS5-ITS4의 primer가 오염내지는 변형되어서 그런것이라 생각했고
ITS region의 염기서열이 필요했기에 ITS1-LR5F를 사용하여 PCR하였습니다
-> 그 결과로 똑같이 끌리는 현상이 발생하여 그럼 ITS1 primer도 문제가 있는것이구나
하고 생각했습니다.
그리고 나서 새로 주문해서 받은 ITS4와 ITS5를 새로 3차 DW에 희석하고 PCR하고
로딩하고 Band를 확인 했으나, 결과는 똑같이 끌리는 현상이 발생하고 있습니다.
기존에 fungi의 sequencing 할때 ITS4-5 primer를 사용해보지 않은것도 아니고
특정 LR5F-LROR(28s) 영역만 반응하는것도 아닐텐데 이와 같은 원인이 나타난이유가
먼지 모르겠습니다.
조언 부탁드립니다.
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