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밴드가 안나오는지는 모르겠으나. (정말안나오나요!?)
사이즈때문에는 안나올리는없을겁니다.
전기영동할 필요가 없습니다.
ligation된 후에 sample solution에 있는 DNA은 5가지입니다.
1. unligated insert
2. unligated vector
3. self ligated plasmid
4. wrongly ligated plasmid
5. correctly ligated plasmid
1과 2는 linear form으로 transformation된다해도, 안에서 파괴되는게 대부분입니다.
3,4,5는 plate에 깔아서 뜨는colony로 selection을해야합니다.
colony PCR로 3을 구별해내고,
sequencing으로 4와5를 구별해내면,
원하는 5를 얻어냅니다.
ligation할때는 보통 소량의 DNA를 사용합니다.
그래서 ligation하고난 다음에 gel을 걸고 자시고할게 없습니다.
ligation 을 한 다음에는 곧바로 chemical transformation을 하거나 EtOH ppt를 해서 electroporation을 합니다.
어떤 사람은 ligation할때 거의 500ng의 벡터를 사용한다는군요. ligation하고나서 그 중 1/2을 gel을 걸어서 ligation된것을 확인한 후 TF 한다지요.
하지만 ligation된 경우에도, 정획히 vector 1분자와 insert 1 분자가 원하는대로 연결되었는지를 판단하는것은 쉽지 않습니다.
그런 이유로 보통은 ligation 을 한 다음에 gel을 걸지 않습니다.
예외는 있지요.
library를 만들때 2 step ligation을 하는 경우에는 ligation 시킨 DNA 전부를 gel에 걸어서 원하는 ligation된 DNA 밴드를 elution 합니;다.