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M13 서열을 reverse complement로 만들어서 벡터서열을 clustalW로 비교해보세요.
ClustalW는 주어진 서열만을 비교하며 역방향은 비교하지 않습니다.
M13 이나 T7 프로모터 서열을 사용하는 이유는 대장균에는 없는 매우 특이적인 서열이기 때문입니다.
M13 F, R 프라이머로 PCR이 되었다면 (물론, 네가티브에서는 안나와야합니다) 맞는 결과로 생각합니다.
물론 씨퀀싱을 하면 제일 정확하겠지만 인서트 내에 알려진 제한효소 사이트가 있다면 잘라서 확인하세요. 씨퀀싱전에는 이방법이 확실합니다.
감사합니다. 근데 reverse complement로 해도 맞는 부분은 없네요. transposition 되지 않은 bacmid만 있는 경우 300bp, transposition된 bacmid의 경우 2430 + insert gene 크기의 밴드가 나온다는 걸 보니 bacmid의 transposition 부위 전후방에 M13 primer가 붙는 거 같아요.