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 전체 > Molecular Biology-DNA > Southern Blot Analysis
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질문 s1 처리후 southern blotting
서던  |  2011.11.07 17:40

한달째. 서던만하고 있는 학생입니다....

genomic DNA를 s1 nuclease 한 후, PFGE 한 결과
밴드가 선명하게 5-6개로 나왔습니다. 이 조건만 잡는데도 한달 걸렸지요..ㅠㅠ
여기서부터 문제입니다!!

이 PFGE 한 것을 southern 을 진행하였습니다.
probe는 이 DNA가 가지고있는 gene(890bp) 사용하였구요 
또한 이 gene 을 포함하고 있는 plasmid prep 해 놓은것이 있어서 control 로 함께 걸었습니다.

결과는.. 밴드가 안나옵니다
오직 control 만나옵니다. 아무리 exposure time 을 늘려도.. probe 농도를 늘려도..
분명히 transfer 후에 DNA 가 membrane 으로 다 옮겨가 남지않은 것을 확인했는데도..
안나옵니다..
왜일까요.. 왜인지 아시는분들 있으세요? 혹시 저같은 경우 있으신지...ㅠㅠ

그냥 이 균주들 plasmid prep 해서 그냥 전기영동 해서 southern 하면 너무나도 잘나옵니다.
근데 왜 pfge 한 상태에서 souther 하면 안나오는걸까요..?ㅜㅜ

#PFGE
 
#southern
 
#s1 nuclease
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