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레벨5
propadrum
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11.09.09 00:32
생각보다 siRNA들이 side effect 들이 많아요.
실제로 여러 종류의 siRNA들을 사용하면, 모두 knockdown이 잘 되는 데도 불구하고,
다른 유전자들의 expression pattern 이 다른 경우도 많아요.
그래서, 최소한 두 종류 이상의 sequence를 사용하라고 말하죠.
이러한 문제때문에 dhamacon에서 4 가지의 siRNA를 섞어서 팔기도 하는데,
각각의 siRNA들이 농도가 낮아지니까, 좀 side-effect가 낮아지는 것을 기대 할 수 있겠죠~
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off target
(비회원)
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11.09.15 12:38
siRNA 실험을 할 때 가장 유의해야 할 점이 보이는 Defect가 Off target effect인가 아닌가 입니다.
단일 siRNA를 사용했을 경우 target으로 하는 gene 이외의 gene을 depletion 할 가능성이 있어서 실제 보이는 effect가 처음에 의도했던 gene의 depletion에 의한 것인지 알기 힘들죠. 하지만 말씀하신 4가지 siRNA을 섞어서 만 든 Pool로 사용하면 확률적으로 4가지 siRNA가 모두 Off target effect를 보이는 가능성은 줄어들기 때문에 한가지 siRNA로 실험하는 것보다 신빙성을 갖게 됩니다.
다른 방법으로는 siRNA로 확인한 Defect가 다시 target gene을 넣어 주었을 때 rescue 되는가를 보는 방법이 있습니다.