ab1 화일의 electropherogram을 먼저 들여다보고 그것에 문제가 없는지 판단하는 법부터 배우셔야 합니다.
Chromas 프로그램이나 bioedit에서 electropherogram을 볼 수 있습니다.
업체에서 받은 ab1 화일에는 맨 앞과 뒷부분의 제대로 읽어지지 않은 부분이 포함되어 있으므로
이런 부분을 눈으로 확인하고 제거해야 합니다.
또한 제대로 읽어진 부분이라도 노이즈가 너무 많다면 부정확하게 읽혔을 수가 있고,
노이즈가 없어도 간혹 프로그램의 계산방법에 의해서 잘못 읽히는 경우도 있습니다.
하나를 둘로 읽거나 둘을 하나로 읽는 경우도 가끔 있으므로 블랭크도 electropherogram에서 확인을 하셔야 합니다.
N으로 읽은 부분은 지저분해서 그렇게 읽혔거나 SNP이 있는 부위입니다.
당연히 그런 부분도 electropherogram을 직접 확인하셔야 합니다.
SNP이 나타난 부위를 말로 풀어서 뭐라고 해야 할지는
본인이 이미 알고 계셔야 합니다.
어떤 유전자 혹은 locus를 시퀀싱하셨는지에 따라서 표현방법이 달라질 것입니다.
무슨 유전자의 몇번째 액손의 몇번째 염기 같은 방법으로 표기하는 경우가 많고,
기준점 잡기 어려우면 NCBI Genbank의 레퍼런스 시퀀스의 어세션넘버를 표기하고
그 시퀀스상에서 몇번째 염기에 해당한다고 표기하기도 합니다.
일단 질문을 올리신 내용으로 보아선 현 수준에서 ab1 화일을 분석하시는 것은
실험결과에 심각한 오류를 초래할 가능성이 있어보입니다.
주변의 선배에게 배우시는 게 가장 좋겠지만
전혀 가르쳐줄 사람이 없다면 독학으로라도 공부를 하시는 수 밖에 없습니다.
아니면 시퀀싱 업체 관계자를 귀찮게 굴어서라도 배우셔야 합니다.
그렇지 않으면 ab1 화일 분석부터 잘못될 가능성이 크고
이후의 연구는 각주구검이 되어 버립니다.
DLM님 소중한 정보 감사드립니다.
전공자도 아니고 거의 준 독학으로 하고 있다보니, 어려움이 많이 있었는데,
정말 감사드립니다.
개념이나 지식이 얕은데 테크닉만 익혀서 실험하다 보니
한계에 부딪힐때가 많군요.
말씀대로 시퀀싱업체에라도 여쭤봐야 겠네요
감사합니다.
어려움을 충분히 이해합니다.
저도 전공자도 아닌 사람이 누구 가르쳐 주는 사람도 없이 거의 독학으로 했거든요.
가까이 계시다면 직접 가르쳐드리고 싶기까지 하네요.
아마 기초적인 부분만 시퀀싱 업체 사람에게 배우시면 electropherogram 보고 edit하는 건 점점 익숙해지실 겁니다.
공부하기 좋은 질문과 답변이라 추후 정독을 위해 댓글남깁니다 감사합니다