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southern 분석을 하기 위해 gel을 달리려고 합니다..
일반적으로 젤을 달리면 끌려서 달리게 되고 끝부분이 휘어지거나 예쁘게 되지 않는데 처음부터 끝까지 예쁘게 달릴수 있는 방법이 없나요?
==> 일반적으로 젤을 달리면 원래 예쁘게 됩니다. Loading 양이 너무 많다거나 전기영동 장치의 문제가 있으면 예쁘게 되지 않지만, 정상적인 전기영동에서는 항상 예쁘게 됩니다.
낮은 volt로 달리면서 buffer(TAE)를 바꾸어주면 된다고하는데 그럼 낮에 달리는 수밖에 없나요?
저녁에 달리고 가고 싶은데 방법이 없는건가요?
알고 싶습니다....
==> DNA 전기영동은 아무리 긴 gel 이어도 대개 2-3시간이면 끝이 납니다. overnight 전기영동을 할 이유가 없습니다. 너무 천천히하면 시료의 퍼짐으로 오히려 sharp한 band를 얻기가 힘듭니다. 아침에 전기영동하시고 이후 transfer, hybridization 하세요.
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california
(비회원)
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02.03.05 00:00
위에 규진님은 상당히 큰 restriction profile을 쓰신것 같은데...그런경우에서 overnight gel은 많이쓰입니다. band가 뚜렷히 나타나지않을때는 ethidium bromide가 gel에 남아있는경우일수도 있습니다...destaining을 좀더 하면 도움이 되지않을까 하네요...그리고 제가 들은바로는 (출처는 기억이안남...아마 invitrogen 웹사이트였나) 소량의 NaCl (5~10mM)을 샘플에 넣어주면 ionic balance를 맞출수 있어 좀더 뚜렷한 band를 볼수있다고 합니다...실제로 해봤더니 별 차이는 없더군요...마지막으로...저희 실험실에서는 TBE buffer를 쓰기도 합니다...사이즈가 큰 DNA에서는 더 깨끗한 결과가 나오더군요. 좋은결과 나오시길...
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zzang-bio
(비회원)
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02.03.05 00:00
님의 말씀에 동감합니다.
gel running은 약한 Volt.로 하셔도 smiling이 일어나게 되는데..이것은 열로 인하여 생기는 것이고 gel에서 band가 약간 퍼져보이는 경우가 있는데...이것은 약간 대각선으로 보시면 sharp하게 보입니다. 이것은 band의 밑 부분이 윗 부분보다 빨리 running하기 때문인데...이럴떄 cooling system을 이용하여 낮은 volt로 식혀주면서 running하시면 좋은 결과를 얻을 수 있습니다. 또한 TBE는 TAE보다 resolution이 더 좋다고 생각합니다. boric acid가 몸에는 나쁘지만 결과는 더 좋게 해줄 것입니다. (미약하지만ㅡ.ㅡ;;)
제 짧은 소견입니다.