Roche에서 나온 kt을 사용하여 RNA labeling을 하고 있습니다. vector를 각각 one cut을 해서 linearization을 한 후에 kit을 사용합니다. T7, SP6 두가지를 사용해서 합성한 후 전기영동을 하면은 끌리듯이 나옵니다. vector안에 insert사이즈는 약 1000bp정도 됩니다. 물론 젤은 denature gel이 아니고 일반적으로 쓰는 gel입니다. 사이즈는 정확히 안나와도 어느정도는 one band는 처럼 나와야 하는데,,안나오네요.. contorl DNA로 하면은 (size 800남짓) 깨끗하게 one band가 나옵니다. RNA의 2차구조 때문에 사이즈는 좀 차이는 있지만 비슷하게 나오는 것을 확인할 수 있습니다.
그러면 결국 kit 문제는 아닌 것 같은데,,, 쩝,, 제한효소로 one cut은 한 5~6시간 정도 합니다. vector DNA 전체양은 50ug정도.. gel을 걸어서 gel elution을 합니다. 사실 DNA 양을 많이 해서 자르는 것도 gel elution kit 효율이 그다지 좋지 않아서 입니다. 그렇게해서 130ng/ul의 one cut된 농도로 1ug을 사용하여 probe 합성을 하는 스텝을 진행하고 있습니다.