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잡고자 하는 protein이 interaction 하는 것이 확실하다면 IP condition을 잡아서 실험 진행을 해야겠지요.
우선 2D로 바로 가지 말고 일반 gel에서 co-IP가 잘 되는 지 확인해 보세요.
condition 은 case by case고,
저의 경우는 purified protein의 경우 RIPA로 깬 lysate하고 co-IP band가 잘 나왔었습니다.
washing시 아깝게 lysis buffer에 triton x-100을 넣을 필요는 없고요,
PBS에 넣어서 사용하시면 됩니다.
purified protein과 antibody를 함께 넣어 O/N 후 bead를 넣는 것도 한 방법이 됩니다~
SDS가 포함되어 있는 RIPA라면 IP에 사용하시면 않됩니다.
NP-40나 Triton X-100처럼 mild non-ionic detergent 를 사용하는 lysis buffer를 사용하셔야 합니다.