nonisotope RNA labeling 에 관하여
춘삼이 (비회원)
RNA EMSA 와 RPA 를 setup 하려고 합니다. 동위 원소를 쓰기 싫어서 biotin 으로 nonisotope labeling 하는 방법을 해 보려고 합니다. 1. biotin 이 붙는 위치가 uracil 의 5번 탄소 부분에 붙는 것 같은데 Ambion 같은 곳의 말로는 hybridization 이나 secondary structure 에 영향을 주지는 않는다고 합니다. 그런데 protein binding 에는 영향이 어떨지 궁금합니다. 2. labeling 방법이 in vitro transcription 할 때 biotin-16-UTP 를 넣어주는 방법과 transcription 이 끝난 후에 labeling reaction 을 하는 것 방법이 있는 것 같은데요, 두 방법의 차이가 무엇인지 궁금합니다. 어느 방법이 더 나을까요? protein binding 을 보기 위해서는 end-labeling 되는 것이 좋을 것 같은데, 5'' 이나 3'' end-labeling 하는 방법이 있나요? 3. EMSA 나 RPA 에서 biotinylated RNA 를 쓰는 방법 자체가 해볼 만한 것인지 궁금합니다. isotope 으로 2일 이하로 exposure 해서 결과를 얻을 정도이면 biotinylated RNA 로도 충분한 quality 의 결과를 얻을 수 있다고 이야기하던데요, 그래도 isotope 을 쓰는 것이 낫다라든지 아니다라든지 하시는 말씀 좀 부탁드리겠습니다.
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