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제가 볼때는
Bacillus sp. 라고 표시하는게 맞을듯 싶네요. 16S rDNA 서열에서
Bacillus spp.는
굉장히 많이 나와있습니다. 물론 Eztaxon에서 검색했다면 종이름까지 해서 나오겠지만 그 종
이라고 정하는건 무리가 있습니다. 저도 예전에 그런 경우가 있었는데 미생물분리학자들은
16S rDNA 서열만으로 종을 정하는거는 인정 못한다고 합니다. 논문을 쓰신다면 그냥 내용을
풀어서 어떤종과 몇 %, 어떤종과 몇 %, 어떤종과 몇 % 그래서
Bacillus sp. 훅간다 이런식으로
이름을 정했다하면 될 듯 싶습니다. 글구 서열분석온 결과 불필요한 부분을 자를때는 앞부분
과 끝부분만 약 20bps정도 잘라 주시면 될 듯 싶습니다. peak를 보면 알수 있듯이 앞부분과 뒷
부분만 지저분하지 중간은 아주 깔끔할 것입니다. 가끔 sample농도를 적게 해서 sequencing을
맡기면 70bps 정도에서 peak 튀는거 잘 봐 주시구요~
참고로 그 균주로 깊게 실험을 할 균주라면 16S rDNA 밴드를 TA-cloning 해서 벡터를 보내서
벡터의 primer로 읽으면 전체를 다 읽을 수 있습니다. 그렇게 하면 좋구요. 그러나 여러균주를
동정해야 하는 상황이라면 님처럼 진행을 해도 좋지만 27F로 sequencing을 하면 sequencing
이 잘 되는지요? pcr product를 보내실꺼 같은데~ 800 R로 읽는것이 sequencing이 더 잘된다고
알고 있습니다. OR Gap.. OR은 뭐죠? ㅋ Gap은 알겠는데... 앞뒤 20bps정도식 자르면 Gap 잘
안나올꺼에요. 정렬은 MEGA4로 잘 사용하시면 될 것이구요.
그럼 좋은 결과있기를 바랍니다.