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레벨5
대충 찍어서
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09.12.15 13:51
RNA poly(A) 부분에 oligo dT 가 붙어서 cDNA 가 만들어졌습니다
cDNA 에 oligo dT 가 붙을 부분이 있을까요? cDNA 에 poly(A) 가 있는 것도 아닌데요
cDNA 라고 특별한거 없습니다. 그냥 PCR primer 짜듯 하면 됩니다
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oligodt
(비회원)
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09.12.15 14:49
답변 감사합니다.
1st strand cDNA에는 당연히 oligodT가 붙을 자리가 없겠지만
upstream primer에 의해 증폭된 2nd strand cDNA에는
oligodT가 붙을 자리(즉, polyA)가 있지 않을까요.
그 다음부터는 증폭 자체는 문제가 없을 것 같은데요.
저희가 궁금한 건 이런 primer 조합으로 PCR을 할 때 효율성에 별다른 문제가 없을지,
혹시 이런 조합으로 realtime PCR을 해보신 분이 계신지 여부입니다.
이렇게 실험하면 accidental하게 genomic DNA가 증폭되는 일을 상당히 줄일 수 있다고 들었습니다.
DNase 처리에도 불구하고 genomic DNA가 자꾸 detection이 되고 있거든요.
primer를 intron을 spaning하게 짜도 되지만 oligodT를 한쪽에 쓰면 더 낫다는 말을 들은 적이 있어서 이게 널리 사용되는 방법인지 알고 싶습니다.