Buffer의 용량에 비해 cell의 수가 많거나 또는 원심분리가 충분치 않아 그런 것 같습니다. 통상적으로 위 비율이 맞다면 sonication을 하지 않고 단지 vortexing만으로도 충분히 cell을 깰 수 있습니다.

원심분리를 20-30분정도 해주세요. Well에 걸리는 것은 대부분이 gDNA나 cell organelle입니다. 원심분리로 없앨 수 있습니다. 그리고 sample buffer는 100% 단백질을 solubilize 시킵니다. 장기간 저온에 보관하면 침전이 발생할 수도 있으나 이는 SDS가 저온에서 침전되는 것이고 단백질은 왠만하면 침전되지 않습니다.

답변 감사합니다.
제가 궁금했던 점에 대해 명확히 해주셔서 더 고맙습니다.
아울러 sonication을 제가 꼭 하는 이유는 같은 샘플을 sonic한것과 안한것의 차이가 커서였습니다.
하지 않은 샘플의 경우 쭈욱 끌리는게 심한데 sonic을 하게 되면 gDNA나 lipid가 잘게 조각나서 그런지 끌리지 않고 예쁜 밴드를 보는 확률이 매우 높았습니다.
그리고 제가 버퍼에 비해 세포의 수가 많게 핸들링을 하긴 합니다.
고농도의 조추출물을 얻기 위함인데 6well 스케일에서 100ul RIPA면 무리한 핸들링일까요??