일단 database상의 사이즈는 이론적으로 계산한 크기 이기때문에 실제 사이즈는 당연히 차이가 날 수 있습니다.
또한 western된 논문도 없고 님께서 처음 하시는거기 때문에 확실하지는 않지만 그 사이즈가 맞을겁니다.

또한가지는 protein marker문제일 수도 있습니다.
pre-stained marker를 사용하셨다면 사이즈가 안 맞는 경우도 많습니다.
외산의 I회사에서 만드는 marker의 경우 아래 사이즈 ( 60kDa이하)는 전혀 사이즈가 맞지 않습니다.
간단하게나마 사이즈 확인을 하시려면 un-stained marker를 같이 걸어서 coomasie stain을 해보시는게 그나마 도움이 될겁니다. 물론 발현시킨 단백질이 stain에서 보일만큼 많이 발현되어야 겠지요.
제가 보기에는 pre-stain marker 문제일 경우라고 생각합니다.
그정도 사이즈면 elpis사의 EBM-1018, EBM-1032를 권장합니다.
제가 그동안 western을 해봤을때 이 마커들이 20~140kDa에서는 비교적 정확한 사이즈를 보여주고 있었습니다. 아까 말씀드린 외국회사의 마커에 비하면 훨씬 정확하게요.

그럼 실험 잘 되시길...