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BioLab 장재봉 교수
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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 protein size가 database와 달라요...
궁그미  | 2006.02.14 00:00
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

논문에 western data가 없는 protein을 HA tagging을 하여 western을 하였습니다.

일단 enzyme mapping으로 제대로 cloning 되었다는 것은 확인하였고, full length

size 도 확인하였습니다. 그리고, HA tag이 gene의 뒤에 달려있고 HA antibody로

western을 했기 때문에 full length size가 발현이 되었다고 생각은 하는데요...

Database상에서는 약 40 kDa size라고 되어있으나 제가 western 한 결과는 약 36-38

kDa 정도에서 band가 detection 된답니다. 논문을 찾아보아도 이 molecule에 관한

western data는 전혀 없구요. 그냥 amino acid sequence data를 토대로 protein size

를 예측한것 같은데, 혹시 이런 경우에는 어떻게 해석을 해야하는지 알려주셨으면 감사

하겠습니다. 혹시 translation이 중간에서 시작이 된건가요? 아님 protein size가 원

래의 크기보다 작아지는 또 다른 이유가 있을까요? 아시는 분은 답변 바랍니다..

Sequencing을 해봐야 할까요?
#protein size
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
남쪽바람  |  2006.02.14    
일단 database상의 사이즈는 이론적으로 계산한 크기 이기때문에 실제 사이즈는 당연히 차이가 날 수 있습니다.
또한 western된 논문도 없고 님께서 처음 하시는거기 때문에 확실하지는 않지만 그 사이즈가 맞을겁니다.

또한가지는 protein marker문제일 수도 있습니다.
pre-stained marker를 사용하셨다면 사이즈가 안 맞는 경우도 많습니다.
외산의 I회사에서 만드는 marker의 경우 아래 사이즈 ( 60kDa이하)는 전혀 사이즈가 맞지 않습니다.
간단하게나마 사이즈 확인을 하시려면 un-stained marker를 같이 걸어서 coomasie stain을 해보시는게 그나마 도움이 될겁니다. 물론 발현시킨 단백질이 stain에서 보일만큼 많이 발현되어야 겠지요.
제가 보기에는 pre-stain marker 문제일 경우라고 생각합니다.
그정도 사이즈면 elpis사의 EBM-1018, EBM-1032를 권장합니다.
제가 그동안 western을 해봤을때 이 마커들이 20~140kDa에서는 비교적 정확한 사이즈를 보여주고 있었습니다. 아까 말씀드린 외국회사의 마커에 비하면 훨씬 정확하게요.

그럼 실험 잘 되시길...
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