[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 한빛사논문 추천논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
한헌종 (Heonjong Han) 저자 이메일 보기
저자CV 보기
302 KB
조회 109  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
TRRUST: a reference database of human transcriptional regulatory interactions
열기 Authors and Affiliations


The reconstruction of transcriptional regulatory networks (TRNs) is a long-standing challenge in human genetics. Numerous computational methods have been developed to infer regulatory interactions between human transcriptional factors (TFs) and target genes from high-throughput data and their performance evaluation requires gold-standard interactions. Here we present a database of literature-curated human TF-target interactions, TRRUST (transcriptional regulatory relationships unravelled by sentence-based text-mining, http://www.grnpedia.org/trrust), which currently contains 8,015 interactions between 748 TF genes and 1,975 non-TF genes. A sentence-based text-mining approach was employed for efficient manual curation of regulatory interactions from approximately 20 million Medline abstracts. To the best of our knowledge, TRRUST is the largest publicly available database of literature-curated human TF-target interactions to date. TRRUST also has several useful features: i) information about the mode-of-regulation; ii) tests for target modularity of a query TF; iii) tests for TF cooperativity of a query target; iv) inferences about cooperating TFs of a query TF; and v) prioritizing associated pathways and diseases with a query TF. We observed high enrichment of TF-target pairs in TRRUST for top-scored interactions inferred from high-throughput data, which suggests that TRRUST provides a reliable benchmark for the computational reconstruction of human TRNs.

- 형식: Research article
- 게재일: 2015년 06월 (BRIC 등록일 2020-05-25)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Bioinformatics
- 피인용횟수: 120회 이상 인용된 논문
광유전학의 과거, 현재와 미래[Neuron]
발표: 김윤석 (Stanford University)
일자: 2020년 7월 30일 (목) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
울산대학교 의과대학
한헌종 님 전체논문보기 >
관련분야 논문보기

Google (by Heonjong Han)
Pubmed (by Heonjong Han)
e브릭몰(연구용 제품 온라인 구매 사이트)
모집인원: 50명
모집기간: ~7/15
신청조건: BRIC 회원
평가자 혜택

- 참가자 전원 3만원 상품권 제공

제품평가자 모집중
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS