[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
웨비나 모집
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
사진없음
손장일 (Jang-il Sohn)
한양대학교
조회 478  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Whole genome and transcriptome maps of the entirely black native Korean chicken breed Yeonsan Ogye
열기 Authors and Affiliations

Abstract
Background
Yeonsan Ogye (YO), an indigenous Korean chicken breed (Gallus gallus domesticus), has entirely black external features and internal organs. In this study, the draft genome of YO was assembled using a hybrid de novo assembly method that takes advantage of high-depth Illumina short reads (376.6X) and low-depth Pacific Biosciences (PacBio) long reads (9.7X).

Findings
The contig and scaffold NG50s of the hybrid de novo assembly were 362.3 Kbp and 16.8 Mbp, respectively. The completeness (97.6%) of the draft genome (Ogye_1.1) was evaluated with single-copy orthologous genes using Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs and found to be comparable to the current chicken reference genome (galGal5; 97.4%; contigs were assembled with high-depth PacBio long reads (50X) and scaffolded with short reads) and superior to other avian genomes (92%-93%; assembled with short read-only or hybrid methods). Compared to galGal4 and galGal5, the draft genome included 551 structural variations including the fibromelanosis (FM) locus duplication, related to hyperpigmentation. To comprehensively reconstruct transcriptome maps, RNA sequencing and reduced representation bisulfite sequencing data were analyzed from 20 tissues, including 4 black tissues (skin, shank, comb, and fascia). The maps included 15,766 protein-coding and 6,900 long noncoding RNA genes, many of which were tissue-specifically expressed and displayed tissue-specific DNA methylation patterns in the promoter regions.

Conclusions
We expect that the resulting genome sequence and transcriptome maps will be valuable resources for studying domestic chicken breeds, including black-skinned chickens, as well as for understanding genomic differences between breeds and the evolution of hyperpigmented chickens and functional elements related to hyperpigmentation.
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 07월 (BRIC 등록일 2018-07-30)
- 연구진: 국내연구진태극기
LADL : 빛을 이용한 3차원 유전체 (3D genome) 구조와 유전자 발현의 조절[Nat. Methods]
김지훈
발표: 김지훈 (University of Pennsylvan...)
일자: 2019년 8월 30일 (금) 오전 10시 (한국시간)
언어:
참석자 접수신청하기
Cockayne syndrome B의 결핍으로 인한 크로마틴 리모델링에 따른 노화촉진 모델 연구[Nucleic Acids Res.]
이종혁
발표: 이종혁 (National Institutes of H...)
일자: 2019년 9월 6일 (금) 오전 11시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
오송첨단의료산업진흥재단
관련링크
손장일 님 전체논문보기 >
관련인물
김준모 (중앙대학교)
남경우 (한양대학교)
남진우 (한양대학교)
채한화 (전남대학교, 국립축산과학원)
홍효선 (한양대학교)
외부링크
Google (by Jang-il Sohn)
Pubmed (by Jang-il Sohn)
제품평가
[코넥스트]
TDZyme (Collagenase)
제품이미지
모집인원: 25명
모집기간: ~8/30
신청조건: BRIC 회원
평가자 혜택

- 참가자 전원 5만원 상품권 제공
- 우수평가자 5명에게 10만원 상품권 추가 제공

제품평가자 모집중
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[BRIC Webinar]LADL : 빛을 이용한 3차원 유전체 (3D genome) 구조와 유전자 발현의 조절[Nat. Methods]
[대한골대사학회] 2020년 제4차 Young Leaders Camp 안내
[대한골대사학회] 2020년 제4차 Young Leaders Camp 안내
초록접수: ~2019.10.11
사전접수: ~2019.11.01
날짜: 2020.01.09~11
장소: 곤지암리조트
2019 Osong BioExcellence & BioSymposium
2019 Osong BioExcellence & BioSymposium
사전접수: ~2019.08.31
날짜: 2019.09.03~04
장소: 오송
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
사전접수: ~2019.08.23
날짜: 2019.08.29
장소: 부산대학교 의학전문대학원(양산캠퍼스) 통합행정동 116호
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS