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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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Q. Qrt PCR시 처리시간 설정 도움 부탁드립니다
물론 cell과 drug마다 다른 것은 알지만, 일반적으로 1h와 3h의 차이가 유의미하다고 보아도 될지 궁금합니다. Ht29 colon cancer cell에 H2O2를 처리하여 oxidative stress 관련 인자들을 보고자 하는데, 해당 cell에 h2o2를 처리하여 해당 cytokine을 western을 통해 본 실험은 있으나 mrna level에서 본 논문은 찾지 못했습니다 논문 참고 시, 타 cell에 h2o2 처리 시엔 1h 혹은 24h 뒤 확인하였고, 저와 같은 cell에 다른 물질을 처리하였을 땐 해당 인자를 12~48h에 보더라구요 1,2 fold 수준이라 실험 상 오차일 수도 있겠으나, 3h 및 24h에서 확인하였을 때는 유의미한 결과가 없었습니다 마지막으로 조건을 달리해서 보고 싶은데, 1h에서 확인하는 것은 무의미할까요..? 12 혹은 48h에서 처리하는 것이 맞을지.. 고민이 됩니다 도움 부탁드려요
회원작성글 Jdjdidde  |  09.25
Q. Autophagy는 질병에 있어서 좋은건가요 나쁜건가요?
안녕하세요 너무 기초적인 질문일수도 있기는 한데 실험을 하다가 헷갈려서 질문드립니다 ㅠ 저는 어떤 toxic한 물질을 처리하고 치료제를 주었을 때 autophagy가 증가함으로써 toxic 물질이 감소하고 치료효과를 보인다 라는 가설을 가지고 실험을 하고 있습니다 그런데 어떤 논문에서는 질병에서 autophagy가 증가하는 양상을 보이므로 치료제를 써서 autophagy를 억제시킨다 라고 이야기를 하더라구요 그래서 이autophagy를 어떻게 해석해야 하는지 궁금합니다 .. 저는 실험에서 autophagy 마커로 lc3를 보구요 치료제에 의해 Toxic 물질이 감소한 것을 western으로 확인한 후 lc3를 보았을 때 증가할 것이라는 예상결과를 가지고 실험하고 있습니다 . 다른 논문을 공부하다가 거기서는 또 lc3가 감소한게 좋은 것이라고 하길래 이해가 안가서 질문 드립니다 .... 답변 부탁드립니다
회원작성글 2밍  |  09.25
Q. e.coli의 transformation
안녕하세요.   과제로 transformation에 관한 발표 주제를 받았는데요.   37도에서 키운 e.coli와 18도에서 키운  e.coli의 transformation efficiency를 비교했을 때 18도에서 키운 e.coli의 transformation efficiency가 더 높다고 합니다.   그래서 자료조사를 해봤는데 명확한 이유를 찾기가 힘들더라구요..   혹시 아시는분 있을까요?
회원작성글 아아아아아우  |  09.25
Q. 혈중 알콜 농도 측정 관련
실험실에서 혈중 알콜 농도 측정하는 실험 중입니다. 에탄올 키트로 측정하고 다른 assay로도 측정했는데 모든 assay에서 control, 즉 술 안먹인 쥐에서도 에탄올이 측정됩니다. 혹시 in vivo 에서 에탄올이 측정될만한 원인이 있을 까요...? ㅠㅠ   여러 고수님들의 답변 부탁드리겠습니다.ㅜㅜ
회원작성글 한도비_두도비  |  09.24
Q. soil DNA extraction이 안됩니다...
DNeasy powersoil pro kit를 사용하여 soil DNA extraction을 진행하는데 일부 sample에서 dna가 아에 extraction이 되지 않습니다. 처음 뽑는 것이 아니라 여러번 100개 넘개 뽑아 봤어서 방법에도 문제가 없습니다. 물론 용액에도 문제가 없습니다. trobleshooting도 handbook에 있는건 다 해봤구요...   농도가 나노드랍으로 찍어보니 평균 1ng/ul가 나오더라구요 이정도는 여러개 뽑아서 농축할 수도 없는 농도라서 걱정이 큽니다...   조금 중요한 연구라서 착잡한 마음에 눈물도 납니다.. 혹시 의심되는 해결방안이 있을까 싶어서 문의드립니다. 아니면 혹시 pcr을 돌려서 ngs center에 전달해도 문제가 없을까요??
회원작성글 Seoki  |  09.24
Q. NGS targeted sequence분석을 하는 기업이 있을까요?
DNA target sequence를 진행하고 싶은데 해당분석을 의뢰할 곳이 마땅치 않아 혹시 NGS sequence를 의뢰할 수 있는 곳이 있을까요?? 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 조재일  |  09.24
Q. glucose 농도별 미생물 성장률
안녕하세요. 예전에 했던 실험 중에 glucose를 농도별로 했을 때 농도가 올라갈수록 흡광도가 커지다가 일정 농도 이상으로 커졌을 때는 오히려 흡광도가 감소했던 것을 본 적이 있는데 1. glucose의 농도가 커질수록 흡광도가 커지다가 일정 농도에서는 감소되는 이유가 궁금합니다! 2. 이것을 확인하는 실험이 어떤 실험인지 아시나요?
회원작성글 꿈꿈2  |  09.24
Q. cell culture에 HEPES가 꼭 필요한가요?
세포은행에서 세포를 분양받아 키우고 있습니다. 세포은행의 culture method에는 HEPES가 포함되어있던데 제가 사용하는 배지에는 HEPES가 없습니다. 찾아보니 HEPES가 있으면 CO2 incubator가 아니어도 키울 수 있는 것 같더라구요 저는 CO2 incubator에서 키우고 있습니다. 그러면 HEPES가 세포가 자라는데에 큰 문제는 없나요? 혹시 필요하다면 배지에 따로 첨가해서 사용하면 될까요?   그리고 세포은행의 Saos2 세포가 검색하면 두 가지가 나옵니다. 그런데 이름은 똑같습니다. origin의 차이가 조금 있나 싶은데 우선 culture method가 다릅니다. 혹시 이 두 세포가 어떻게 다른지 아시나요..?
회원작성글 차몬드  |  09.24
Q. Microplate Reader 관련 질문입니다.
Microplate Reader를 이번에 처음 써보는데 균이 배양되지 않은 배지를 Blank로 잡고, 균이 배양된 샘플의 흡광도를 찍었습니다. 이때 샘플의 흡광도값에서 Blank의 값을 빼고 계산해야하나요? 만약, 10배 희석을 했다고 하면 어떻게 계산하는게 좋을까요 예를들어 Blank 값이 0.05가 나오고 10배 희석한 값이 0.1이 나왔다고 하면. (0.1x10)-0.05로 계산하는 것이 맞는건가요??  
회원작성글 theo  |  09.24
Q. western blot band shape에 대해서 여쭤볼게 있습니다
안녕하세요  western blot을 진행했는데 detect 후에 band를 보니 band가 가운데가 비어 두겹처럼 나와있더라구요 ㅜㅠㅜㅠ   loading할때 intensity가 너무 높아서 빨리내리다보니 band 가운데가 비어있게 된걸까요 ? protei은 30ug, gel은 fastcast kit 사용했습니다    western 초보라 아직 data 해석에 미숙해서요 ㅠㅜ 아시는분 답변 부탁드립니다 ...    band 라인은 하나입니다 ,..!!    +)다른 gel의 band는 휘어지게 나왔는데 이 이유도 아실까요 ??  같은 gel이여도 휘어진 band랑 안휘어진 band랑 공존합니다 ㅜㅜ     >위에 첨부한 두 사진들의 결과는 모든과정을 동일하게 동시에 진행했으며, Ab만 다른아이들입니다 ㅜㅜ  
회원작성글 뚜리  |  09.24
Q. 간단 용어 관련 (technical dr~~ ??)
안녕하세요. 유기 및 bio 관련 연구하고있는 석사 과정 학생입니다. Bio 장비 측정을 위해 한 sample을 만들고 loading 및 측정했고, 똑같은 sample에서 나온 것으로 loading 하여 (첫번째 loading sample은 버리고) 한번 더 연달아 측정했다고 교수님께 설명드리니, 교수님께서 technical dr~~(이걸 정확히 듣지 못했습니다.) 으로 진행한거라고 말해주셨습니다. 나중에 찾아보려고 대충 발음을 적어놨는데, 죽어도 안나와서 여쭤봅니다 ㅋㅋ  ㅠ 혹시.. 어떤 건지 알고 계시는 분 있을까요?    만약, 나중에도 용어 찾아볼 것이 있으면 주로 어디서 찾는게 좋을까요? 교수님께서 모르는 용어를 쓰시면 인터넷에 찾아보곤 하는데, 가끔가다 정말 안나오는 경우가 있더라구요. 감사합니다 ㅠㅠ
회원작성글 감자랑나랑  |  09.23
Q. 동물에 투여하는 천연물을 받았는데 DMSO에 녹이라고 합니다. DMSO 용매용이 따로있나요?
  안녕하세요, 이번에 마우스에서 천연물에 대한 효과를 확인하기 위해서 천연물을 받았는데 DMSO에 녹여야 한다고 들었습니다.    저희가 가지고 있는 DMSO가 Cell culture 용(>99.7%)인데 약물 녹일때 보통 어떤 DMSO를 사용하시나요??    굳이 나누어서 사용안하시는지 궁금합니다. 
회원작성글 다필요없어  |  09.23
Q. Mega X 를 활용한 계통수 그리기 outgroup 설정방법을 모르겠습니다... 도와주세요ㅠ_ㅠ
 안녕하세요, Mega X를 사용해서 계통수를 그리고자 하고 있습니다. outgroup을 설정해서 다른 clade 에서 삐져나온 sample을 in group으로 묶어서 표현하고 싶은데요...   제가 outgroup을 설정하는 법을 모르겠습니다... youtube나 이런 것들에서 좀 찾아봤는데 못찾겠더라구요.. 혹시 설정하는 방법을 아시는 분 계시다면 알려주시면 감사하겠습니다...   읽어주셔서 감사합니다. 늘 좋은하루 되세요 
회원작성글 Anchovy  |  09.23
Q. HaCaT cell을 분양 요청
안녕하세요 최근 피부 관련 실험을 하면서 HaCaT cell을 구매 하려하는데 국내에서는 구매 할 수가 없어서요  혹시 HaCaT cell을 가지고 계시면 분양 가능할까요? kibumsy@gmail.com으로 회신 부탁드립니다.  감사합니다.!!
회원작성글 비타민큐  |  09.23
Q. dg18배지 콜로니카운트 관련 질문있습니다 첨부파일
여기서 검은색이 있는 13개정도가 콜로니이고 나머지는 기포인건가요?
회원작성글 메로나99  |  09.23
Q. 실험용 플라나리아 구매 방법
플라나리아에게 약물을 투여해서 경과를 확인하는 실험을 계획 중에 있는데요 플라나리아가 워낙 깨끗한 물에 살 수 있어서 안 그래도 키우기 까다로운데 선생님께 여쭤보니 온라인으로 구매해서 택배로 올 경우에 오는 동안에 플라나리아가 스트레스를 받아서 도착하면 얼마 살지 못하고 죽어버린다고 하시더라구요ㅜㅜ그렇게 되면 다 죽어서 의미 있는 결과가 나오지 않거나 다 죽지는 않더라도 오는 동안 스트레스의 영향을 많이 받았을 수 있으니 실험 결과를 신뢰하지 못할 수 있다는 생각이 들어서요. 그래서 혹시 다른 대학교 실험이나 연구실에서는 플라나리아를 어떤 경로로 구하시는지, 혹은 배달되는 동안 플라나리아가 스트레스를 받는 것에 대해 해결책이 있는지 등이 궁금합니다. 
회원작성글 ginnie  |  09.23
Q. 전기영동 gel 제작과 관련하여 질문드립니다.
Agarose gel 제작 시 분리 범위에 따라 겔 농도를 조절한다고 하는데 분리범위가 100-5,000bp 사이라면 1-2% 농도로 만들라고 하던데 1-2% 사이 중 아무 농도나 상관없나요?
회원작성글 HuiJ  |  09.23
Q. 35π에 seeding할 cell 수 계산이 가능한가요?
평소에는 35π dish, 2~2.5 x 10^5 seeding → O/N incubation(1일) → transfection 의 순서로 실험을 진행하였습니다.   그런데 이번에는 1일 O/N으로 incubation하던 것을 2일 동안 incubation하여 실험을 진행하고자 하는데요. transfection할 때 dish에 깔린 cell 수를 비슷하게 하려면 2일 incubation할 때는 처음 seeding을 얼마나 해야할지 고민이라 질문드립니다...   경험에서 비롯된 조언이나 cell 분열 속도를 가지고 역으로 seeding할 cell 수를 계산할 수 있는지 궁금합니다! cell은 bovine aortic endothelial cell(BAEC)을 사용하였습니다.
회원작성글 가우미  |  09.23
Q. protein extraction 후 protein 농도에 관한 고민이 있습니다.
안녕하세요, 매번 검색만 하다가 처음 질문 남겨봅니다.  protein extraction을 하고 정량을 했는데 protein 농도가 터무니없이 적게, 거의 안 넣었다고 봐도 될 정도로 나왔습니다. 샘플마다 값도 너무 튀고요.. 동일한 조건으로 이전에 실험했을 땐 이정도로 적게 나오진 않았어서 매우 당황스럽습니다.. 제가 복기 해봤을 때 기존과 크게 다른 점이 없어서 너무 답답합니다. 앞으로 이 분야를 더 배우고 싶은데, 단백질 추출도 못하면 무슨 실험을 진행할 수 있겠나 싶어서 막막합니다. 제가 아직 학부생이라 부족한 점이 많습니다... 제가 한 실험 과정과 정량 후 결과값은 아래에 첨부해두었습니다. 잘 부탁드립니다. lung cancer cell 4*10^5으로 6well에 seeding >> 18h 후 80%정도 찬 것을 확인 후, 시료처리 >> 24h 후 protein extraction <extraction> 1. media suction 후 well당 cold DPBS 1mL로 washing >> suction후 cold DPBS를 well당 1mL씩 넣고 스크래퍼로 긁어준 뒤 따서 e-tube로. 3000rpm, 5min, 4℃ centrifuge ; 여기까지 진행했을 때 처리한 시료 농도가 높았던 샘플 하나(B3라고 하겠습니다)가 pellet이 안 보였습니다.   2. 상층액 suction 후 RIPA solution 넣고 강하게 피펫팅 >> 강하게 볼텍싱 >> ice에 꽂아놓고 20min incubating(5min 간격으로 강하게 볼텍싱 해줬습니다.) ; RIPA+P.I.+PMSF를 1:0.01:0.001로 섞어서 RIPA solution을 만들었고, 위에서 언급한 B3는 20uL로, B3를 제외한 나머지 샘플들은 80uL로 pellet을 풀어줬습니다.  피펫팅은 100uL짜리 피펫으로 거품이 날 정도로 세게 여러번(제 체감상으로는 한 40번정도 피펫팅한 것 같아요)했습니다.   3. 15000rpm, 20min, 4℃ centrifuge >> 상층액만 따서 새 e-tube에 넣기 ; centri 끝나고 나니까 첫 centrifuge 사용때보다는 줄었지만 pellet이 보였고, B3에서도 아주 조그만 pellet이 보였습니다.  상층액은 80uL로 푼 샘플들은 75uL, 20uL로 푼 샘플은 15uL정도 딸 수 있었습니다.   4. 정량 1, 2, 3, 4, 5는 standard A1~3, B1~3은 sample입니다.(A1, B1은 CTR)   1 2 3 4 5 A1 A2 A3 B1 B2 B3 DDW 18 14 10 6 2 18 18 18 18 18 18 RIPA 2 2 2 2 2 0 0 0 0 0 0 sample 0 0 0 0 0 2 2 2 2 2 2 BSA 0 4 8 12 16 0 0 0 0 0 0 DC A 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 DC B 800 800 800 800 800 800 800 800 800 800 800 단위 : uL 표와 같이 조합 후 볼텍싱해주고 상온에서 15min incubating >> 96well에 well당 200uL씩 넣고 750nm 흡광도 촬영   5. 계산 표 윗줄은 최근 실험 결과, 표 아랫줄은 이전 실험 결과입니다. R^2   A1(CTR) A2 A3 B1(CTR) B2 B3 0.9906 1uL당 농도 0.579531 0.265105 0.295931 1.424168 1.07275 0.172626 0.9902 1uL당 농도 1.005952 0.809524 0.815476 2.029762 1.863095 1.369048 현재 이런 상황입니다. 저희 랩실 사람들이 80uL로 풀었을 땐 대부분 람다당 농도가 1은 넘습니다. 저의 고민은 1. 왜 람다당 농도가 거의 0에 수렴하는가? 2. 왜 람다당 농도가 샘플마다 이렇게까지 차이가 나는가?(추출 전 육안으로 cell상태 확인했을 때 confluency랑 비례하지도 않음..) 이렇게 두 가지 입니다. 제발 문제점을 파악해서 잘 해결될 수 있으면 좋겠습니다..
회원작성글 맞는길을고르지  |  09.23
Q. glycerol stock 안만들었때
제목대로 깜박잊고 그냥 미니프렙해버렸어요...lysis buffer넣기 전에 생각나가지고 resuspension buffer넣은 상태에서 glycerol 1:1로 넣고 stock만들면 안되나요?
회원작성글 작은제인  |  09.23
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