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BioLab 장재봉 교수
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Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. unknown peak height가 다르게 나오는 이유
Lc-ms로 분석중인데 같은 샘플을 찍은건데 Unknown peak height가 다르게 나와요. 예를들어 보통 1로 나오던게 한번씩 3으로 나와요ㅠㅠ 이유가 뭘까요….?
회원작성글 고고고  |  02.02
Q. nitrile glove 투과도
요즘 western blot을 자주하는데 methanol이 든 transfer buffer 내에서 작업하는 과정에서 nitrile glove가 과연 100% 화학물질을 차단해주는가라는 걱정이 됩니다..! 기분탓인진 몰라도 장갑을 껴도 100% 방수가 되는 느낌이 아니라서요..ㅠ nitrile 장갑만 끼고 transfer buffer에 손을 넣고 실험을 해도 안전할까요..?
회원작성글 Labtor  |  02.02
Q. 고체, 액체 시약별 stock solution 제조
안녕하세요. 제가 너무 기초가 없네요ㅠㅠ stock solution 만들려고 하는데 시약이 고체, 액체 일때 계산하는 방법 좀 알려주세요. 각 1000ppm을 만들고 싶습니다. 톨루엔-2,4-이소시아네이트 (액체) 순도 98 % 비중 1.214 g/mL 분자량 174.16 g 페닐이소시아네이트 (고체) 순도 98 % 비중 1.18 g/mL 분자량 250.25 g
회원작성글 니팔  |  02.02
Q. Real time PCR로 해당 cell의 특정 mRNA 발현 여부
 안녕하세요, 현재 석사 과정에 있는 대학원생입니다. 다름이 아니라 real time PCR을 이용하여 두 샘플 간의 특정 mRNA 발현량을 비교하는 방법은 알고 있는데, 한 샘플에서 특정 mRNA의 발현 여부를 확인하는 방법이 어떻게 되는지 몰라 질문 드립니다.    두 샘플 비교 시, 18S, GAPDH, B-actin과 같은 housekeeping gene을 기준으로 A sample을 1로 볼 때 B sample에서는 N배 정도 더 뜨거나 덜 뜨는 것을 볼 수 있었는데 한 개의 샘플만 볼 때... 그러니까 ㄱ이라는 유전자가 ㄴ이라는 세포에서 단순히 "발현이 되는지 안 되는지"에 대한 여부만 확인할 때에는 어떻게 봐야하는지 도움 주시면 감사하겠습니다.. 감사합니다.
회원작성글 석사맨  |  02.02
Q. 웨스턴블롯 단백질 사이즈 첨부파일
HA-MOZ단백질 발현 체크했습니다. (두번째 밴드입니다)ㅠㅠㅠ두번째 사진은 MOZ의 WB사이즈 입니다.제가 실험실에 들어온지 얼마 안되서.. 잘모르겠어서 고수님들께 여쭤봅니다.. 제가 발현한 HA-MOZ사이즈가 줄어서 .. 왜 그런지 알려주세요ㅠㅠㅠ gel:7% antibody:토끼         
회원작성글 고고씽  |  02.02
Q. 전기영동 버퍼 관련 질문
아가로스겔 전기영동을 진행하려고 하고  관찰하고자 하는 핵산의 크기는 100~200bp 사이 입니다. 전기영동 할때 주로 TAE / TBE Buffer 사용하는것 같덴데  크기가 작은 핵산은 TBE로 관찰하는걸로 알고 있습니다. 실험실에 0.5X TAE 버퍼 밖에 없는데 이렇게 작은 크기의 핵산을 관찰 할 수 있을까요??
회원작성글 오리5리Oh리  |  02.02
Q. colony PCR 예상 밴드
안녕하세요 실험실 인턴 중인 대학생입니다. 콜로니 PCR 진행하려고 하는데, 실험 전 공부 중에 있습니다. PCR 진행해서 전기영동으로 내리게 될 때 뜨는 밴드가 insert gene 밴드인건 알겠습니다.   하지만 이 insert gene 사이즈를 ORF size로 봐야하는지 refseq size로 봐야하는지 잘 모르겠습니다. 예상 밴드의 사이즈를 알아야 확인할 수 있을텐데,,, 예상 밴드 사이즈를 어떻게 책정?할 수 있을까요?     답변 부탁드립니다 ㅜㅜㅜㅜㅜㅜ
회원작성글 뜌두듄  |  02.02
Q. gaussview 6.0 프로그램
안녕하세요. 실험을 진행하고 DFT를 이용하여 실험 내용을 검증하려는데 gaussview를 많이 이용하는것 같더라구요. 최신 버전이 gaussview6.0인것 같은데, 어디에서 다운받을 수 있을까요?? 무료다운은 대부분 광고인것 같고 공식 홈페이지에 들어가니 프로그램 가격이 수천달러인데...  보통 어디에서 프로그램을 다운받아 사용할까요??
회원작성글 gauss  |  02.02
Q. 세포 분화 질문입니다!!! 꼭 답변 부탁드립니다 ㅜㅜㅜㅜ
  안녕하세요. 요즘 실험 열심히 배우고 있는 학생입니다, ㅜㅜ 제가 골세포 분화 실험은 처음해보는데, 연구실에 연구원이 저 한명이라 물어볼 곳이 없어 여기 질문 올립니다.   보통 분화 실험 할 때 조건을 간단하게 적으면 - 24well plate - 5*10^4 cell seeding - 24hr 후 분화유도배지로 교체 - 2~3일 마다 배지 교체하며 2주정도 배양 이렇던데 그러면 저 정도 cell양이면 3일만 지나도 full density가 될텐데 2주동안 계속 subculture 없이 배지만 갈아주면 cell이 미어터지지 않나요? 원래 분화실험 할 때 그 정도로 full density로 진행 하는것인가요...?    기초적인 질문이지만 따듯한 답변 부탁 드립니다,ㅜㅜㅜ
회원작성글 띵똥땅  |  02.02
Q. SDS-PAGE destaining시 색덜빠짐 문제 첨부파일
안녕하세요 여러 연구원분 열심히 연구를 배우고 있는 대학원생입니다. 다름이 아니라 요즘 SDS-PAGE 실험을 하고있는데 staining 이후 destaining시 아래쪽은 색이 다 빠지는데 위쪽은 아무리 오래 빼줘도 안빠지더라구요 ㅠㅠ 무엇이 문제이고 해결방법이 있을지 조언 부탁드립니다~!!!~!~
회원작성글 돌굴러가유  |  02.02
Q. Multiplex pcr에 관하여
안녕하세요 현재 2개의 primer의 온도 조건을 동일한 온도로 각 각 확립하였고, 이후 이 두개의 primer를 같이 넣어 multiplex pcr을 진행한 결과 primer dimer 부분이 검출되어 이 부분을 보완하고자 아래와 같이 진행하였는데 나오질 않네요ㅠ 조언부탁드려요..ㅠㅠㅠ (첫 결과에서는 각 각의 primer의 bp 부분에 band가 검출되었으나 dimer 부분이 있어 수정해야했음) 변경사항 1. 기존 pcr e tube total volumn을 25 ul 에서 50ul 늘려 기존과 같은 농도(20pmole)를 가진 primer의 첨가량만 줄여서 진행 1/2배, 1/4배( 0.5ul / 0.25ul) -> 실험 결과 ; 밴드가 검출되지 않음. 이후 추가 변경 사항 1.기존 pcr e tube volumn을 25 ul 에서 50ul 늘려 기존과 같은 농도(20pmole)를 가진 primer의 첨가량 변경 1배, 1/2배, 1/4배 (1ul, 0.5ul, 0.25ul) 2. cycle 수 30->35cycle로 증가 실험결과, 1배로 넣은 곳에서 희미한 band가 확인이 됨. 하지만 band가 너무 안보임... Multiplex pcr primer의 경우 uniplex할 때와 다르게 1ul씩 넣던걸 0.5ul씩 반으로 줄여서 넣어줘야 한다고 들어서 진행을 하였으나.. 잘 안되네요 도대체...multiple pcr을 어떻게 해야 정말 잘했다는 소리를 들을 수 있는지 선생님들의 스킬을 알려주시면 너무 감사드리겠습니다... 추가로 gel 제작시 저의 경우 EtBR을 첨가해주고 있는데(4ul/100ml) gel doc 촬영시 etbr이 너무 하얗게 빛이나 사진이 안예쁘네요ㅠ 추가 꿀팁이 있다면 알려주세요!
회원작성글 해조칼슘풍덩  |  02.02
Q. mouse 또는 rat 혈압측정
폐동맥 고혈압 관련하여 in vivo 실험을 할때 우심실 수축기 혈압 (RVSP), 또는 폐동맥 혈압(PAP)이  반드시 들어가는 데이터인 것으로 알고 있는데요  측정 방법이 1. 정맥 통해서 심장으로 들어가도록 센서 있는 카테터 삽입 2. 심초음파 이용  3. 센서달린 카테터 혹은 니들을 우심실에 직접 삽입 이 3가지 방법 중에 하나인 것으로 알고는 있는데  어딜가도 자세한 방법이나 영상이 없어서요 ㅠㅠ 혹시 측정해보신 분 있으실까요?   
회원작성글 굽실굽실  |  02.02
Q. ICP-ous 를 이용한 EDTA-Pb용액에서의 Pb 농도분석 방법을 알고싶습니다
EDTA와 Pb이 complex된 용액에서의 Pb의 농도를 알고싶어 ICP-ous 를 사용하여 분석을 하고싶습니다. 기기에 sample을 주입하기 전 전처리가 필요하다고 하는데 어떤 방법이 좋을까요? 
회원작성글 Zioi  |  02.02
Q. WB시 beta-actin을 껴서 하는 이유
이번 방학에 연구실에서 western blotting 하고 있는 학부생입니다.  transfection된 cell에서 protein을 추출한 뒤 WB할 때 타겟Ab말고 beta actin을 같이 하는 것은 이유가 무엇인가요? 그냥 actin이 가장 진하게 나와서 잘 됐는지 확인하는 용도인가요? 수준 낮은 질문 답해주셔서 감사합니다.
회원작성글 앞구르기  |  02.02
Q. cDNA 합성 및 real-time PCR 동시에 가능한 kit 추천 부탁드립니다.
cDNA 합성 및 real-time PCR 동시에 가능한 kit가 있다면 추천 부탁드립니다.   ㅜㅜ
회원작성글 댕댕박사  |  02.02
Q. single band에서 melting curve가 multi peak가 나옵니다.
hMSC cell에서 hCOL1A1을 target으로 하는 primer를 제작하여 qPCR을 돌렸는데 melting curve가 2개 나옵니다. 총 6well에 했는데 6well 모두 multi하게 나옵니다. 심지어 2개 peak의 값이 각 well에서 조금씩 상이하게 나옵니다. TM은 똑같아요. 혹시몰라 sample gel에 전기영동 내려서 band 확인했는데 band는 one band로 나옵니다.... 이게 뭐가 문제인지 알 수 있을까요
회원작성글 kyunk  |  02.02
Q. do not autoclave라고 적힌 배지를 오토클레이브에 돌려도 될까요?
지금 까지는 저런 배지를 히팅블럭에 가열하면서 교반해서 사용했는데   갑자기 교반기의 가열기능이 망가졌습니다   아마 열에 민감한 시약이 들었으니까    일반적으로 멸균하듯이 121도까지 올리면 안된다는 의미 같아서   100도에 1분 정도 오토클레이브에 돌려서 녹여 사용해보려고 합니다   이렇게 사용해 보신분 혹시 계신가요?
회원작성글 촉촉한촉수  |  02.02
Q. Maxi prep yield가 낮은 이유를 잘 모르겠습니다...
안녕하세요. 인턴으로 일하고 있는 대학생입니다.   이번에 두 종류의 Plasmid를 Maxi prep 하게 되었는데요. 하나는 1800ng/ul에 purity는 1.91로 잘 나왔지만   다른 plasmid는 315ng/ul에 purity는 1.90, 260/230은 2.15로 결과가 심하게 차이가 났고, 이번에 다시 문제의 Plasmid들만 다시 2번의 maxi를 더 했으나 둘 다 purity는 1.90에 300ng/ul 언저리로 나와 질문드리고 싶어 작성하게 되었습니다..   실험의 경우, protocol 진행에 있어 1800ng/ul과 300ng/ul 두 pL의 다른 점은 없었습니다. 16시간 배양 후, 첫 centri에서의 pellet은 1800ng/ul의 pL이나 문제의 pL이나 모두 같은 양이 추출되었으나, 마지막 TE로 녹이기 전 Centri에서의 pellep 양은 확연한 차이가 발생하였습니다.   특히나, 개인적으로 궁금한 점은 흡광도에서 A260과 A280값이 1800ng/ul = 37, 19 300ug/ul = 6.3, 3.3 이렇게 나오는데, 이 경우 DNA의 양 뿐만이 아니라 Protein의 양도 적게 나왔으니, pL이 transfection 된 양이 적은 것이 아니라 protocol 진행에 미스가 났다고 봐도 되는걸까요..!   또한, pL 종류에 따라 최종 Yield 차이가 많이 날 수도 있는건가요??  
회원작성글 푸이잉  |  02.02
Q. cell 보관 온도
cell을 구입하면, 드라이아이스에 올 때도 있고, 액체질소에 보관되어 올 때도 있는데,  1. 액체질소에서 보관된 것을 드라이 아이스 상에서 장기간 옮겨져도 문제가 없는지 궁금합니다. (온도 변화)  -80도와 -140도에서 cell viability에 대한 어떤 영향을 주나요?   장기 보관시에는 -140도를 유지 해 달라고 저도 그러라고 말은 하고 다니지만 왜 그런지는 몰라서요. 낮으면 무조건 좋은건지. 어느 정도 이하의 온도가 좋은 것인지 궁금해요. 
회원작성글 clickclick  |  02.02
Q. Trinity 패키지에 있는 DESeq과 R로 직접 돌리는 DESeq이 차이가 있을까요?
전에는 reference genome이 없어서 트리니티로 어셈블리하고 나서 deseq 돌려서 아래 코맨드처럼 트리니티를 이용해서 deseq2을 돌렸습니다. /trinityrnaseq-v2.13.2/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl --matrix Trinity.isoform.counts.matrix --samples_file sample.txt --method DESeq2 --output DESeq2_trans   이번에는 참조 유전체가 있어서 HISAT2-HTSeq-DESeq2 순서로 돌리려고하는데 보통 DESeq2를 R울 이용해서 코드를 돌리더라구요 위에 코맨드를 이용하면 훨씬 편한데 R로 하니까 코드도 길어져서 첫번째 코맨드를 사용하고 싶은데 두 코맨드를 사용했을때 차이가 많이 발생할까요?
회원작성글 오오오오복  |  02.02
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