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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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 카테고리: 전체 > Microbiology > Bacteria
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Q. 안녕하세요. 헬리코박터균 배양 중 오염이 되었나라고 생각이 들어 질문드립니다.
안녕하세요. 대학원생입니다.  현재 헬리코박터균을 키우고 있는 상태인데, 보유하고 있는 stock이 졸업하신 선배가 만들고 가셨는데, 다시 풀었을 때 잘 자라지 않았는데 그 중 하나의 stock이 그나마 잘 자라서 subculture를 통해 양을 늘려 사용 중에 있습니다. CLO test를 통해 색깔이 잘 바뀌기도 하고, 배양하면 살짝 투명하면서도 노란색을 띄기는 하지만 이것만으로 헬리코박터균이라고 봐도 괜찮을지가 항상 의문이 생기고 있습니다.  혹시 이런 방법 외에도 가지고 있는 stock의 건강상태?나 헬리코박터균이 맞다라고 확신을 가질 수 있는 실험 방법이 있을까요?    만약 다른 오염균들이 있다고 하면 3차 streaking 방법 + 항생제 보유 배지를 통해서 헬리코박터균만 선택하여 배양하여 얻는 방법이 신뢰성이 있을까요?    너무 기본적인 질문인데, 혼자 연구를 진행 중이다 보니 자문을 구할 곳이 마땅치 않아 질문드립니다..    감사합니다.    추가적으로 CLSI 를 참고하여 여러 실험을 진행하시는데, 유료로 제공되는 것들은 학생들에게 무료로 제공되는 식으로 얻을 수 있는 방법이 있을까요.. 
회원작성글 이가텔  |  05.09
Q. 박테리아나 박테리오파지를 crispr cas를 이용하여 유전자조작하는 방법을 배우고 싶습니다
안녕하세요 저는 박테리아나 박테리오파지에서 crispr cas를 이용하여 유전자를 조작하는 방법을 배우고자 합니다 저는 다양한 그람 음성이나 양성균에 대해서 유전자를 조작해 본 경험은 많지만 crispr cas를 이용해서는 해 본적이 없습니다. 공부를 해보니 머리로는 이해가 되지만 실제로 하는 것은 또 다른 이야기라고 생각하기에 직접 실험을 수행해 보셔서 단계별 설명을 자세히 해 주실수 있는, 상세한 부분까지 이야기 해 주실수 있는 분의 도움을 얻고자 합니다.  그래서 나중에 제가 직접 어느 정도 실험을 할 수 있게 지도를 해 주셨으면 좋겠습니다. 제가 기본적으로 공부를 해서 만나뵐 것이니 저를 이해시키시기 위해 너무 힘드시지 않으시도록 저도 노력하겠습니다. 시간을 투자해 주시면 선생님과 의논하여 사례를 드리겠습니다. 시간과 장소는 가르쳐주실 선생님의 일정에 맞추도록 하겠습니다. 제가 있는 곳이 서울이라 되도록이면 서울지역에서 뵈면 좋겠습니다. 저의 메일 (cityconquest124@hanmail.net)로 연락주시거나 제 메일에 연락처나 메일 남겨주시면 연락드리겠습니다. 
회원작성글 보리깡  |  05.07
Q. CRISPR Cas9 cell 첨부파일
MCF10A에서 CRISPR Cas9을 시행하여 1 cell cloning을 시행 중인데 clone 별로 morphology가 다양하게 나타나고 있는데, contamination인지 gene editing인지.. 구별이 가지를 않아  고수님들의 의견을 구해봅니다.   혹시 그림의 사진이 contam일까요? gDNA 뽑은 후 target gene을 증폭했는데, PCR이 안되고  GAPDH도 안나옵니다.   아무래도 contam같은데 그러기에는 너무 증식이 느려서 너무 헷갈립니다.   의견을 부탁드립니다.
회원작성글 새슬  |  05.07
Q. V.parahaemoliticus 배양
동결보존 중인 V.parahaemoliticus를 획선도말하려고 하는데 NaCl을 따로 첨가하지 않은 LB배지, NA배지, TSA배지에서도 자라나요?? 자라지 않는다면 NaCl을 2% 혹은 3%정도 첨가한 agar에 획선을 해야 하는지... 어느 배지에서 잘 자라는 지 알고 싶습니다
회원작성글 Levilactob..  |  05.07
Q. M9최소배지 seed culture
M9배지에 대장균을 키울때요 large culture 전에 seed culture과정에서 최소배지에서 키우지않고 왜 LB배지에서 키우는지 궁금합니다
회원작성글 뚝딱뚝  |  05.06
Q. 아메바 움직이는거 고정시킬 방법
제가 고3이고 아메바가 일으키는 뇌수막염 관련해서 실험진행하려고 하는데 학교 쌤이 일단 아메바 분열과정부터 관찰하래서 시중에서 living Amoeba proteus라고 되어있는걸 사서 영양?같은게 필요하다길래 배양배지도 하나 사서 스포이드로 아메바 배양배지 위에 뿌린다음 현미경으로 관찰하려는데 일단 아메바 보양이 책에서 보던거하고 달리 길쭉하게 생겨서 이상하다고 느꼈는데 활동성이 겁나 좋더라구요 그래서 분열하는거 관찰은커녕 가만히 있는것도 관찰을 못하겠더라고요. 아메바 분열과정 관찰하고싶은데 어떤 식으로 실험을 구상해야할까요?ㅠㅠ
회원작성글 생명공학의미래  |  05.05
Q. 유산균의 내산성 및 내담즙성 실험
안녕하세요. 식품전공하는 대학생입니다. 다름이 아니라 이번에 유산균 내산성, 내담즙성 실험을 하게 됐는데요. pH2.5로 맞춘 MRS broth 990마이크로리터에 유산균을 10마이크로리터를 접종해서 3시간 진탕배양 후 MRS agar에 점적해서 잘 자라는지 보려고 합니다. (control 값도 포함해서요) 그리고 내답즙성 실험은 3% oxgall MRS broth, 0.5% oxgall, control 이렇게 조건을 설정하고 6시간 진탕배양하여 마찬가지로 점적하여 실험하려고 하는데 총 75균주를 pH 2.5, pH 2.5 control, 3% oxgall, 0.5% oxgall, control 까지 하면 75균주니까 375번 접종을 해야하는데 이러면 인터벌이 너무 벌어져서 정확한 실험결과가 나올지 모르겠습니다. 그래서 접종할 때 내산성 test 먼저 한다고 하면 1번 시료를 pH2.5에 먼저 접종하고, 그 다음 2번 시료로 넘어가는 것이 아닌 1번 시료를 pH2.5 control에 접종하는 것이 옳은 실험설계일까요? ㅠㅜ 균주가 너무 많다보니 힘드네요 ㅠㅅㅠ 어떻게 해야 오차를 줄일 수 있을까요 ㅠㅜ 지금 바로 접종만 하면 되는데 막막하네요 ㅜㅡ
회원작성글 남홀  |  05.05
Q. 항균성 유산균 실험 질문드립니다! 첨부파일
항균성 유산균 test 하는 예비대학생입니다! salmonella , S. aureus 를 사용해 LB Agar배지에 접종하여 사용했습니다 paper disc와 그냥 피펫으로 유산균을 3ul씩 분주해 test하였는데 (disc는 유산균 50ul 분주) disc 에서는 환이 생기지 않았지만 피펫으로 분주 했을 때는 sal, aureus에 동일한 넘버(6-1~6-7)에 항균성 환인지 유산균 자국인지 사진과 같이 생겼습니다. disc 에서 환이 생겨야 확실 할 것 같은데 사진과 같이 피펫으로 분주했을 때 생긴건 환으로 볼 수 있을까요? 관찰한지는 12시간 됐습니다! 기초도 모르고 이제 실험을 시작해봐서 도와주세요 ㅜㅜ
회원작성글 예비대학생  |  05.05
Q. 논문에 균주명 ATCC와 MB의 차이가 뭔지 궁금합니다.
실험때문에 streptomycin 내성 Salmonella 균주를 찾고 있는데요,   논문을 찾아보다가 ATCC명은 잘 알겠는데, MB명은 무엇인지 궁금합니다. 예시로 논문에 Salmonella ATCC13706라고 써있으면 찾아볼 수 있는데, MB1409는 실험실에서 분리한 균이라는 설명만 나와있고 인터넷서치를 해도 찾아볼 수가 없네요ㅠ 타전공을 하다가 와서 지식이 부족합니다 선배님들 도와주세요 ㅠㅠ
회원작성글 D후니  |  05.05
Q. transduction실험에서 질문드립니다!!
p1 phage를 transduction하는 실험에서 mc buffer를 사용하는데, 이 buffer에는 MgSO4와 CaCl2가 있는데, 이 두가지의 역할이 궁금합니다! 찾아봐도 정확히 안 나와있어서...ㅠㅠ 아시는분들 도와주세요!!!
회원작성글 마마룽  |  05.04
Q. 10% Pepsin 20ml 만들기
이거 가지고 10% pepsin 20ml을 만들어야 되는데요 저거 2g에 증류수로 20ml 맞춰서 만들면 될까요? units/mg라는 생소한 단어 때문에 헷갈려서요 ㅠㅜ 기초적인 질문 죄송합니다 ㅜㅠ
회원작성글 남홀  |  05.04
Q. LB agar 배지 질문드려요
이번에 처음으로 agar 배지 만들고 있는데 조성맞추고 agar까지 한번에 넣고 섞어도 상관없을까요?
회원작성글 예비대학생  |  05.04
Q. NGS 고수님들ㅠㅠ도와주세요
저희 연구실에서는 현재 사람의 피부 마이크로바이옴에 대해 연구를 진행하고 있는데 채취한 피부 샘플(면봉으로 문지른 것)에 미생물의 양이 너무 적게 나와서 sequencing을 진행할 수가 없는 문제가 발생되어 샘플의 16S rRNA 부분을 PCR로 증폭하여 증폭 산물을 이용하여 library를 제작하고 sequencing을 진행하려고 하였습니다. sequencing을 맡기는 회사에 문의했을 때 PCR product를 그 상태 그 대로 보내도  분석이 가능하다고 하였기 때문에 따로 purification을 진행하지 않고 보냈는데 library 제작에 실패했다는 연락을 받았습니다. 혹시 pcr product를 사용하여 sequencing을 해 본 분들이 계신가요? 저희가 사용하는 부분은 16S rRNA V4 부분이며, Illumina의 Novaseq6000 장비를 사용합니다.   그리고 또 다른 질문은 저희 연구실에서 V4 region을 증폭하여 전기영동을 내렸을 때  약 300bp 정도의 밴드를 확인하였는데 회사에서 TapeStaion으로 QC를 진행했을 때는 400bp 정도로 관찰된다고 합니다. 전기영동과 TapeStation 결과가 이렇게 다를 수가 있나요?   ㅠㅠ시퀀싱이 안되는 문제로 실험이 계속 늦춰지고 있습니다. 도와주세요ㅜㅜ
회원작성글 용용죽겠짛  |  05.04
Q. 액체배지 autoclave 후에 바로 꺼내서 뚜껑 살짝 풀고 냉장보관
bottle에 액체배지를 2/3정도 채우고 autoclave했습니다. autoclave 끝나자마자 뚜껑을 살짝 돌렸는데 '푸슈-욱-!'하면서 공기 빠지는 소리가 났고요. 다시 뚜껑을 꽉 닫아서 냉장실에 넣었습니다. 참고로 뚜껑을 완전 개봉하지 않았고 배지가 담긴 병 안에 아무것도 닿지 않았습니다. 뚜껑만 조절했을 뿐입니다. 혹시 배지를 충분히 식힌 다음에 공기 빼줬어야 했나요? 저처럼 하면 배지가 오염될 수 있나요? 답변 부탁드립니다. 감사합니다.
회원작성글 퍼플로즈마리  |  05.04
Q. 유산균 Seed culture에서 Main culture
유산균 seed culture에서 main culture 할 때 1%가 되도록 접종하려면 MRS broth 0.99ml에 seed 배양한 균액 0.01ml을 넣으면 되는 건가요 아니면 mrs broth 1ml에 seed 배양한 균액 0.01ml을 넣으면 되는 건가요? 넘 기초적인 질문 죄송합니다 ㅜ
회원작성글 남홀  |  05.03
Q. 전기영동 해석 도움 부탁드립니다..
대장균인 Escherichia coli (E.coli) 배양 후 Bead beating 을 이용하여 DNA 추출 숫자에 어떤 dna 혹은 rna가 들어가는지 알아내야하는데 너무 어렵습니다.. 지식이 아직 부족하여 구글링을 열심히 찾아보는데도 답을 알아내기 너무 어렵습니다..1번은 DNA라고 판단되고 나머지를 bp값을 통하여 rna를 유추해 내는것인지 접근 방법부터 잘 모르겠어서 질문드립니다..  
회원작성글 이이이이이  |  05.03
Q. 자일리톨의 뮤탄스균 대사과정
일반고 재학중인 학생인데요, 이런 무탄스균의 자일리톨 대사 과정을 이해하기 위해서 볼만한 동영상 강의나 논문같은거 없을까요? 관련지식이 아예 없다보니 써있는 용어부터 모르겠습니다. 
회원작성글 아르웬  |  05.02
Q. NA 배지
Nutrient agar 배지를 오토에 15분동안 121도로 돌려야하잖아요.. 1시간 설정되어있는걸 못보고 1시간을 돌렸습니다.. 그냥 사용해도 될까요..? 글루코오스등등 배지 구성에 변형이 오나요?
회원작성글 단호박안에고구마  |  05.02
Q. Blood agar plate의 pH문의드립니다ㅠㅜ
안녕하세요ㅠ 실험 초짜 대학원생입니다ㅠ 제가 5% sheep blood 를 투입한 tryptic soy agar plate를 제작하랴고 합니다.. 찾아보니 pH을 몇으로 맞추라는 설명은 없는데 따로 pH 조절은 하지않아도 될까요?   만약 pH를 7정도로 맞추면 문제가 생길까요..?..
회원작성글 세균맘  |  05.02
Q. Clostridium butyricum MIYAIRI II 588 내생포자 유도
안녕하세요 Clostridium butyicum 균주 키우는 연구원입니다 다름이 아니라 포자를 확보하고 싶어서 진행하고 있는데 현재 진행하고있는 방법이 맞는지 어쭤봅니다 .현재상황 1.자체 배지를 이용한5리터 발효기를 이용하여 발효 해당균주 growth curve 정점이 아닌 사멸기 부분에서 발효 종료 현미경에서보니 포자 생성 확인 예측 2. 해당 발효물을 동결건조 다만 건조 후 배지를 도말하면 colony 생성이 되지 않음을 확인. 본인 판단 균은 거의 사멸 됨을 확인 포자colony는 일반 영양배지에서 도말해도 잘 자라는지는 의문입니다 혹시 해당방법으로 진행하고 있는데 자문을 구합니다
회원작성글 길고양이  |  05.01
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