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BioLab 최수진 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > etc.
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. 핵산의 농도가 전기영동시 이동속도에 영향을 줄수 있을까요?
아가로즈겔에 전기영동을 하면 핵산의 길이가 길수록 천천히 내려와서 크기에 따라 밴드가 분리가 되잖아요 그런데 혹시 핵산의 길이 외에 시료내의 핵산 농도에 따라서 전기영동시 이동속에 차이가 발생할수 있나요? 이유는 모르겠지만 최근 전기영동을 실시 했을때 밴드가 밝을 수록 원래 나와야 하는 위치보다 높게 나오는 듯한 경향을 보입니다 이게 핵산농도에 의한 영향일까요?
회원작성글 촉촉한촉수  |  2021.03.18
Q. 같은 plasmid 다른 size
그런데 maxi 전 plamsid와 동일한 것으로 비교해보았을때 맨밑에 두껍게 나온 supercoiled는 size가 동일하게 나왔는데, 그위에 다른 밴드가 크기 차이가 납니다 선배들은 별로 신경안쓰시고 plasmid가 절단되거나 꼬인 정도에 따라 달라질수도 있다고 하는데 실제로 가능한 결과인가요?
회원작성글 Y냠냠Y  |  2021.03.14
Q. E.coli Transformation DNA 농도
E.coli Transformation 실험 시, 플라즈미드 DNA를 첨가 할때, 2ug DNA를  100ul competnet E.coli에 10ng이 포함되게 넣는다고 하면, 0.5ul으로 넣으면 된다고 하는데,,, 2ug DNA가  5ul이 들어가게 맞지 않나요? ㅠ 포함이라는 말이, 100ng만큼의 농도가 100ul에 들어가면 되는거 아닌가요? ㅠ
회원작성글 fafafa  |  2021.03.08
Q. E.coli Transformation시 DNA 처리
E.coli Transformation 실험을 처음 해보는데,, 실험실에 프로토콜이 없어서 ㅜ 구글링을 했을 땐,  Competent cell (DH5-alpha) 100ul를 e-tube에 옮긴 후  Plasmid DNA 를 1~10ul를 가한다고 되어 있는데 , synbio technologies pET25b(+) Plasmid DNA를 2ug짜리로 가지고 있는데, 양이 얼마 되어 보이지는 않는데, 저 회사 제품 자체 Plasmid DNA를 1~10ul넣는건지 Stock를 만들어 놓고 쓰는 건지를 모르겠습니다 ㅠ  또, Competent cell (DH5-alpha) 100ul를 e-tube에 Plasmid DNA 넣는 농도는 얼마가 되어야 하나요? ㅠ  
회원작성글 fafafa  |  2021.03.05
Q. 1% agarose gel이 흐린 이유
DNA실험하는데 1X TAE로 1% agarose gel을 만들어 사용합니다. 근데 gel을 UV로 보면서 band를 확인할때 너무 흐리게 보여서 gel이 흐린(뿌연)이유가 궁금합니다.. 흐리게 나오지 않았던 protocol과 똑같이 했는데 말이죠....
회원작성글 지니25  |  2021.02.23
Q. Genotyping이 갑자기 안되요
KO mouse를 선별하기 위해서 genotyping, 중인데 두가지 유전자에대해서 genotyping을 하는데 한가지 유전자는 잘 되는데 나머지 한가지 유전자가 안되요. Gel에서 band가 안나와여 잘되던건데... 프라이머도 항상주문하던 sequence를 주문하는데 갑자기 안되여... High molecular band smearing 현상니 계속 나와요...
회원작성글 이겨또  |  2021.02.21
Q. Transfection이 잘 안돼요 ㅜㅜ
  안녕하세요. 석사과정생입니다.. 저는 SCN10A (NaV 1.8)을 ND7/23, HEK cell에 transfection 시키는 조건을 잡는 중입니다.  Reagent는 Lipofectamin 3000, Turbofect, Fugene 6, translt-x2 를 사용해봤으며 DNA와의 비율은 여러 조건으로 해보았습니다.  관련 주제의 논문에서는 Lipofectamin이나 turbofect의 standard protocol로 진행했다고 하는데 저는 왜 안되는걸까요..?  최근  transfection 전 FBS free media로 6시간 incubation 한 뒤 reagent와 1:0.1의 비율로 48h 정도 후 확인하니 10-20% 정도 보였습니다. 하지만 막에 발현된 것 처럼 보이는 건 거의 없고 cytosol내에 점처럼 뭉쳐있고 current 측정 시 NaV1.8이 아닌 것 같습니다.  다른분들은 transfection 조건을 어떻게 잡는지 궁금합니다. 도와주세요ㅜㅜ 
회원작성글 rudsk  |  2021.02.14
Q. 균주 상온 보관시 몇일 사용가능한지?
얼어있던 균주를 녹여, 1일 배양후 상온(15~23도)에 보관시 몇일정도 사용가능하나요? 균주는 바실러스 섭틸리스 입니다. 그리고 보통 균주는 몇일 정도 사용가능한가요?
회원작성글 뽀개  |  2021.02.10
Q. Agarose gel powder 혹은 tablet 추천 부탁드려요.
혹시 Agarose gel powder 혹은 tablet 추천 부탁드려도 될까요?  지금 사용하는 게 젤을 내리면 살짝 우는 느낌이 들고, 해상도도 좋지가 않아서 새로운 걸로 바꿔보고 싶은데요... 이게 가격이 좀 있다 보니까 이것저것 테스트해 보기가 좀 힘드네요..   혹시 사용 중인 제품 중에 만족하는 게 있으면 소개 좀 부탁드리겠습니다.    고맙습니다.
회원작성글 Starlove  |  2021.02.09
Q. 전기영동 band 첨부파일
1xTAE 30ml , Agarose 0.45g, red safe 1.5ul , 110V로 런닝했는데 왜 밴드가 쭈글쭈글하고 휘게나오는건가요? 기포때문일까요?
회원작성글 hamster  |  2021.02.02
Q. 어떤 저항성을 가지고 있는지 알려면 어떻게 해야하나요?
어떠한 균주가 가지고 있는 약재에 대한 저항성을 알려면 논문을 일일이 찾아보는 방법 말고는 없는 건가요? 
회원작성글 gggg  |  2021.01.25
Q. 전기영동을 통한 Apoptosis, necrosis 확인 관련 질문입니다. 첨부파일
안녕하세요 이번에 처음으로 DNA 독성 실험을 보고있는 대학원생입니다.  저희실험실이 DNA 독성실험관련해서 처음하기때문에 물어보거나 실험방법에 대한 코멘트를 받을 사람이없어 인터넷이다 다른 논문들을 찾아보았지만, 원인을 알수없어 질문드립니다.  우선 cell line은 처음에는 MDCK, 지금은 L929 cell을 사용하고 있고 일반샘플(DNA독성이 나타남)과, 이를 변형한샘플(DNA 독성이 안나타나야함)을 처리한 후 24시간 후에 DNA를 뽑고있습니다.  우선 DNA 독성이 없다는 것을 확인하기 위해서 흔히말하는 Comet assay와 DNA laddering assay와 같은 실험을 진행하려고 하고 있고 이중에서 후자에 대해 질문드립니다.  다른 분들의 질문과 답변을 보았을때, genomic kit를 사용해도 큰 문제가 없다고 하여 저는 RBC사의 Hiyield genomic DNA mini kit (Blood/Bacteria/cultured cells)을 가지고 DNA를 뽑은 후 아가로즈겔 (1%)를 사용하여 25V에서 40분 이상 내려서 확인하고 있습니다.   우선 첨부한 파일과 동일하게 진행을 하고 있고, Cell을 떼어내는 과정에서 cell에 damage가 있을까 하여 트립신 대신 EDTA만 사용하거나, 셀 스크래퍼를 사용하여 떼어내보기도 했습니다. 하지만 Control 군에서도 다른 샘플들과 유사하게 smear한 형태가 계속나타나서 어떤 부분에 문제가 있는지에 대해 코멘트를 받고 싶어서 글을 올립니다.  전기영동 순서는 마커 Con, 이후 샘플 순이고 왼쪽 6개가 EDTA를 사용한 세포, 오른쪽 6개가 셀스크래퍼를 사용한 샘플들입니다. 감사합니다!   *파일이 하나만 첨부가능하다하여 프로토콜은 아래 링크로 대체하겠습니다. https://download.rbcbioscience.com/RBC%20Real%20Genomics/DNA/Genomic%20DNA%20Extraction%20Kit%20%28Plant%29/RealGenomics%20Extraction%20Kit%28YGB%20YGBM%20YGT%20YGP%20YGPM%29%20protocol%20V2013-1.pdf
회원작성글 Bibibig  |  2021.01.25
Q. 전기영동 실패 원인
  전기영동 후 UV 사진입니다. 샘플이 안들어간 well 입니다. 1.샘플이 안들어갔음에도 well의 윗부분에 나타난 검정색이 무엇인지 모르겠습니다. DNA ladder가 들어간 곳에도, sample이 들어간 곳에도 모두 저렇게 나타났습니다. 2. gell이 하얀색, 검정색으로 나뉘어 보이는 이유를 모르겠습니다. gell은 1% Agarose와 Etbr로 만들었습니다. 답변해주신다면 정말정말 감사하겠습니다ㅠㅠㅠㅠㅠ
회원작성글 모르겠오요  |  2021.01.22
Q. Crispr cas9 시 gRNA
안녕하세요 Crispr cas9 실험을 준비하다 궁금한점이 있어 여쭤보러 왔습니다. 저희가 다른 학교 랩실에서 sgRNA sequence정보를 받아왔는데 이 sequence를 제 DNA sequence에서 search 해보았는데 align이 되지 않습니다... 왜일까요...아무리 생각해보아도 이해가 가지 않습니다. ORF에 search하면 sgRNA sequence랑 제 DNA ORF sequence랑 align 되어야 하는것이 아닌가요??
회원작성글 9701  |  2021.01.12
Q. 전기영동이 안됩니다.
안녕하세요. 실험을 배우고 있는 학생입니다. 기본적인 실험인 전기영동에서 자주 문제가 있어서 질문 드립니다.   문제는 gDNA 전기영동을 하는데 전압을 걸어주어도 product가 러닝되지 않는 것입니다ㅠ 우선 1x TAE buffer 50ml, agarose 0.4g, EtBr 1ul을 사용하여 0.8% agarose gel을 만들었고(40min 이상 굳힘) 50x TAE Buffer(Tris-base 242g, glacial acetic acid 57.1ml, 0.5M EDTA(pH 8.0) 100ml) 10ml와 D.W. 990ml을 섞어 0.5x TAE buffer를 만들어 탱크에 채워 넣고 전압을 걸어주었습니다.   하지만 well 안에서 움직이질 않는 경우가 빈번합니다ㅜㅜ 될 때도 있고 안될 때도 있는데, 어떤 부분에서 문제가 있는지 잘 모르겠습니다... 버퍼를 프레쉬하게 갈아보기도 했고, 겔이 너무 식어서 문제가 있을까봐 뜨거울 때 틀에 부어서 굳혔습니다...  해결방법을 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 326  |  2020.12.29
Q. plasmid cloning 실험 시
안녕하세요. 제가 plasmid DNA를 yeast cell에 electroporation으로 넣어 protein expression 까지를 하고있는데요. 혹시 제가 지금 가지고 있는 plasmid를 이용하여 1copy를 더 늘리는 방법 아시는 분 계신가요?? cloning을 통해 copy를 늘리고 싶은데 어떤 방법이 있는지 알려주세요 ㅠㅠ  
회원작성글 알라랄라라  |  2020.12.29
Q. TAE buffer 의 문제로 전기영동 smearing 현상 일어날 수 있나요?
안녕하세요.  미니프랩 후 아가로오스 겔 전기영동을 진행하였는데 1x TAE buffer를 사용하였습니다. 그런데 끌림 현상이 너무 심하게 나와서...혹시 tae buffer의 문제일 가능성이 있나요> ? 그리고 만약 맞다면 해결할 수 있는 방법은 없을 까요 ?   
회원작성글 whoru  |  2020.12.22
Q. 플라스미드 미니프렙 후 전기영동 smearing 관하여 질문드려요 ㅜㅜ
안녕하세요. 생화학실험을 진행하며 궁금한 것이 생긴 대학생입니다 ㅜㅜ          재조합 플라스미드를 만들어 미니프렙으로 분리하여 전기영동을 하였는데 이런식으로 smearing 이 엄청 심하게 생겼는데... 혹시 미니프렙을 하는 과정이나 다른 과정에서 어떤 buffer의 문제가 있었던 것일까요ㅜㅜ? 감사합니다
회원작성글 whoru  |  2020.12.20
Q. uncut의 목적
이제 겨우 기초적인 것을 배우고 있는 학부생입니다. pPICZaC dna를 제한효소로 자르고 전기영동을 하는데, 굳이 uncut을 넣고 다른 레인과 비교를 하는 이유가 제한효소로 dna가 잘리기 전의 플라스미드 크기를 파악해서 제한효소 절단이 잘 이루어졌나 확인하기 위해서인가요?  전기영동 시에 1cut 2cut 이외에 uncut을 같이 넣어주는 정확한 목적을 모르겠어 질문드립니다. 찾아보니까 기초적인 것이라 다른 곳에 직접 여쭙기도 애매하네요.
회원작성글 깅  |  2020.12.19
Q. Promoter와 protoplast transformation에 관한 질문 2가지입니다.
안녕하세요. Promoter에 관한 간단한 질문 2가지가 있습니다. 1. Mammalian cell에 plasmid를 통해 단백질 expression을 할 때 흔히 CMV promoter를 이용하는 것으로 알고 있는데 해당 promoter 뒤의 ATG 부터 몇kbp까지 발현이 안정적으로 발현할까요? 제가 이용하거나 addgene에서 본 중 가장 긴 경우는 (linker로 연결된 것 포함) 거의 10kb 정도 였는데 이렇게 긴 경우도 3' 끝쪽이 안정적으로 잘 발현할까요? 2. 식물에 plasmid를 transformation하는 경우에 이용하는 promoter는 여러 종류가 있는데 (virus-derived, endogenous, 그 외?) 그 중 egg cell-specific한 것도 있는 것으로 알고 있습니다. Egg cell-specific하다는 것은 protoplast에서 개체로 분화시킬 때에만 발현한다고 생각하면 되나요? 그런 경우 T0에 transforamtion, T1 개체를 얻고 이후에 T2 개체를 얻는 시점에는 해당 plasmid가 남지 않아서 작동할 일이 없다고 생각하면 될까요?   관련 지식 있으신 분 공유해주시면 굉장히 감사하겠고 참고할만한 논문이라도 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 ade95a  |  2020.12.17
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