[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
ACROBIOSYSTEMS
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
전체보기 안전점검 LABox
 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Library
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
카테고리 전체보기펼치기
질문/투표/프로토콜 등록
Q. BL21(DE3)에서 plasmid prep 가능한가요?
어떤 enzyme과 관련된 library gene을 pET vector에 ligation 시키고 BL21(DE3)에서 발현시킨후, screening을 통해 enzyme activity가 있는 clone을 찾고자 합니다..질문은, 찾은 positive clone으로 부터 plasmid를 prep하고 sequencing해야 하는데, BL21(DE3)로 가능한지 모르겠네요. 
궁금  |  2010.04.17
Q. Gram-positive 균을 E.coli에 cloning 할 때 문제점
제가 Gram-positive 인 Paenibacillus 균의 xylanase gene을 cloning 하고 있습니다. host로 E.coli DH10B를 사용하여 library를 만들었는데 (약 20000개 transformants) xylan 배지에서 투명환을 나타내지 못합니다. Gram-positive인 세균의 gene이 Gram-negative인 E.coli내에서 발현이 불가능한 걸까요??답변 부탁드립니다.
아라마나  |  2010.01.29
Q. Phagemid sequencing
이게 좀 헤깔리네요.. 이러고 있으면 안되는데cDNA library를 Mass excision 하고.. sequencing을 했습니다. 물론 EST를 얻기 위해서...그런데 이놈의 시퀀스를 읽을때 바로 읽어야 하는지 반대로 읽어야 하는지단백질로 전환을 해서 볼려고 하는데조금 헤깔리네요..우선 요놈들이 pBluescript(-)스트랜드를 사용하는데 어차피 들어가고 Plasmid로 전환되고 나면 똑같아지는게 아닌가 해서요...그런데 이상하게도 EST를 읽고 난 대부분의 시퀀스가 blastX를 하고 나면 complement를 사용하고 있더라고요... 정방향으로는 단백질로 전환하고 나면 대부분 스탑이 찍찍 나오고 있고...이전에 생각은 어차피 T3로 시퀀싱을 했기 때문에 (-)이든 (+)이든 시퀀싱을 하고 나면 같다고 생각했는데제생각이 잘못 되었나요>>???전문가 님들의 고견을 듣고 싶습니다....제발 답변 부탁드립니다.
회원작성글 한종원  |  2009.12.14
Q. genomic library를 만들때 질문이용
genomic library를 만들때 full genome 을 restriction enzyme 으로 분해해서 하나하나 plasmid 에 recombination 해서 cloning 하잖아요?   여기서 궁금증이요!!!   restiction enzyme은 어떤걸로 사용하는지. 한가지만 사용하는지 여러가지를 중복적으로도 사용하는지 그리고 cDNA library 가 아닐때에 는 exon부분이 restriction enzyme에 의해서 절단 되어버리는 경우도 당연 있을건데요, 만약 그런부분을 나중에 사용하게되면 재대로된 protein이 발현이 안되잖아요? 그런 부분에 대한 보완이 어떻게 되는지도 궁금하구요.   선처 부탁드립니다.~ ^-^
지드  |  2009.12.09
Q. FDA승인된 drug으로 실험시 drug 구입문제
안녕하세요. 첫번째 질문은 FDA승인된 drug이 자신의 model organism에 미치는 영향을 연구하고 자 할때 이 drug을 어떻게 구입하나요? 특히 의사의 처방전이 있어야만 구입할 수 있는 drug의 경우에는 어떻게 하는지 궁금합니다. 두번째 질문은 이렇게 FDA승인을 받은 drug들이 있는 library를 구입할수 있는지도 궁금 합니다.
hj  |  2009.12.03
Q. cDNA library 제작 후 sequencing 후 BLAST로 유전자 찾을 때 질문~
안녕하세요mouse liver에서 mRNA뽑아낸후 cDNA library를 제작했는데요~sequencing 후 NCBI BLAST에서 제가 어떤 유전자를 cDNA로 합성했는지알아보고 싶습니다.BLAST에서 Database에서 genome 혹은 RefSequence 어느 것을 선택해야 하나요??Genome으로 하면 유전자가 찾아지는데 Refsequence로 하니까매칭 되는게 없다고 나오네요ㅠGenome과 Refsequence 차이가 먼지 알려 주실 수 있나요?제 경우는 무엇으로 어떻게 검색해야 하나요??
Unigog  |  2009.12.03
Q. library 관련질문.
결합하는 단백질을 찾기 위해 스크리닝을 하려고 합니다.스크리닝 하려는 library가 HeLa cDNA library인데저희 실험실은 293 cell을 많이 사용합니다.cancer cell line마다도 조금씩 다를텐데..293은 cancer cell도 아니고..이 library를 사용해서 스크리닝을 해도 될까요?어떤분은 library스크리닝은 괜찮다고 하시는데..정말 괜찮을까요.....ㅜ제 질문이 조금 이상하지만..알려주세요..ㅠㅠ추운 날씨에 모두모두 감기조심하세요..
jjong  |  2009.11.17
Q. cosmid library에 관한건데 논문을 읽다가 잘 모르겟어요 ㅠ 도와주세요 ㅠ
논문을 읽다가 궁금한게 생겨서 질문드려요 ㅎㅎcosmid library를 만든 내용인데요 ㅎComamonas라는 균주의 total DNA를 가지고 pSuperCos1과 recombination한 후 BL21에 transformation시켰어요 ㅎ그래서 약 300개의 clone을 얻어서 그 중 positive clone(2-aminophenol 1,6-dioxygenase activity를 갖는 clone) 3개를 선별하였다는 내용인데요 ㅎ(아마 맞을꺼에요 ㅎㅎㅎㅎ 영어가 딸려서;;;ㅠㅠㅠ)그런데 논문에서 보면 Our previous work revealed that the gene for 2-aminophenol 1,6-dioxygenase was detected at relatively high frequency(three positive clones were obtained out of 300 clones). This high recovery frequency stimulated us to consider that this gene had multicopies and was probably located on a multicopy plasmid.라고 되어 있어요 ㅎ도대체 plasmid에 위치해 있다는것과는 무슨 상관이 잇는거죠 ?
회원작성글 완전몰라  |  2009.11.11
Q. transformation 후 2종류의 콜로니가 뜹니다
TG1 competent cell에 pIT2라는 phagemid를 transformation했는데납작하게 퍼진 콜로니와 보통 나오는 동글동글한 콜로니 두개가 섞여 나왔습니다. 두 개를 따로 키워보니 antibiotics에 resistant한 건 의외로 납작한 콜로니였고 콜로니 pcr해봤더니 원하는 gene도 납작한 콜로니에 들어있더군요. 그래서 납작한 콜로니만 잘 따서 키워서 순도를 위해 midi-prep을 했습니다.이를 다시 TG1 competent cell에 transformation했더니 이번에도 두 종류의 콜로니가 다 나왔습니다. 위치상 동글동글한 콜로니가 납작한 콜로니의 satellite일 것 같진 않구요. TG1 cell은 산거라 오염의 가능성은 거의 없습니다. 혹시 몰라 다른 컴셀 - DH5a, 만든 TG1, 등 - 에 transformation해 봐도 비슷하게 나오더군요. library를 만들거라 컴셀의 효율이 중요합니다. 많은 true colony들이 나와야 하는데 문제가 되네요. 혹시 그 동글동글한 콜로니가 납작한 콜로니의 satellite인 걸까요?그럼 조금만 키워서 동글동글한 콜로니가 먼저 나오나 납작한 콜로니가 먼저 나오나 확인해 봐야하는 걸까요?혹시 이런 경험있으시거나 이럴때 어떻게 해야하는지 아시는 고수님들의 조언 부탁드립니다.ㅜ.ㅠ
콜로니ㅠ.ㅜ  |  2009.11.07
Q. gel extraction 결과가 약간 이상합니다
DNA library를 만들고자 genomic DNA를 제한효소 처리하여4-10 kbp를 gel extraction 하고 있습니다.gel extraction 과정은 kit을 써서 메튜얼대로 진행하고 있는데요,문제는 gel extraction을 한 뒤 농도 확인을 위해 전기영동을 해보면4-10 kbp가 아닌 2-8 kbp 정도의 DNA가 관찰됩니다..분명히 4-10 kbp를 gel extraction 하였는데 말이지요..왜 이런 현상이 나타날까요?원하는 size보다 작다고해서 library 제작이 안되고 있지는 않습니다..물리적 파쇄는 아닌거 같은데...;;;설마 제한효소가 제대로 inactivation 되지 않아서 gel extraction 과정, 혹은 전기영동 중에 더 잘리는 걸까요?참고로 제한효소의 inactivation은 열처리로 하구요,확실히 inactivatino 시키시위해 10도 정도 더 높은 75도에서 20분동안 열처리 합니다.사용하는 kit은 qiagen gel extraction kit을 사용하구요,도움 부탁드립니다. 
회원작성글 rockeryosi  |  2009.11.06
Q. 항체와 알 수 없는 단백질
cDNA library에서 얻은 시퀀스를 바탕으로 항체를 제작하고 그 항체로 western을 했는데,분명히 그 cDNA의 산물로 8kDa정도의 단백질이 만들어져야 하는데도,western 결과가 가리키는 단백질은 약 70kDa 정도의 정체를 알 수 없는 무언가입니다.그 cDNA는 DNA와 RNA에 binding 하는 부분을 가지고 있는 transcription factor입니다.세포 내에서는 다른 전사조절자들과 결합해서 작용을 하겠지만 그렇다해도, SDS넣고 완전히 denature 시켜서 전기영동을 하고 western transfer를 하는데...어떤 가능성이 있는지 도저히 모르겠습니다.그 transcription factor에 관한 자료들도 찾아보았지만, western했을 때, 다들 자기 크기에 해당하는 위치에서 detection이 된 결과들입니다.제 항체가 찾은 단백질이 원래 목적했던 게 아니라 전혀 다른 것일까요?아니면 denature에도 떨어지지 않을 만한 결합으로 complex를 이루고 있어서일까요?
이게말이됩니까  |  2009.10.30
Q. ligation시 몇가지 질문 첨부파일
ligation이 되지 않아 몇달 째 고생중 입니다.insert DNA는 genomic DNA를 Sau3AI으로 처리한 후 4-10 kb의 DNA를 gel elution하여 BamHI으로 자른 pBluescript II SK(+)에 ligation을 하고 있습니다. (library 제작 목적)  하지만 ligation이 잘되지 않아 몇가지 질문드립니다.1. vector DNA와 vector DNA의 purity가 중요하다고 하여 특별히 신경써서 준비를 하고있습니다.(genomic DNA는 phenol extraction하고 gel elution은 RBC Kit을 사용, vector DNA도 RBC midi Kit 사용) 그런데 nano drop측정 결과를 보면 260/280값은 insert, vector 모두 1.9 정도 나오는데 260/230값이 낮거나 높게 측정됩니다. 230 nm는 유기물질의 오염으로 알고있는데 ligation시 큰 영향을 미치는지 알고싶습니다. 또 gel elution한 insert DNA를 phenol로 다시 정제하여도 상관없는지 궁금합니다. 2. ligation시 vector와 insert의 비율의 문제입니다. insert의 크기가 4-10 kb이다 보니 gel 사진 상에서 insert는 길게 끌려 나타나기 때문에 vector와의 비율을 눈으로 비교하기가 힘듭니다. 그래서 nano drop 측정 결과를 가지고 계산하여 ligation시켰는데 결과가 좋지 않았습니다. (gel 사진 첨부) 이 경우 농도를 가지고 계산하는 방법밖에 없는 건가요?3. genomic DNA를 추출한 후 gel에 걸어보면 genomic DNA(진한 band) 아래로 끌려진 band가 관찰됩니다. vortexing을 심하게 하거나 균을 너무 오래 키우고 DNA를 추출할 때 그런 경우가 발생하는데 어차피 제한 효소로 처리하기 때문에 크게 신경쓰지 않았습니다. 이런 경우도 ligation에 영향을 주는지 궁금합니다.
아라마나  |  2009.10.28
Q. cDNA 합성관련 질문입니다.(엘피스님.ㅠㅠ)
환경시료에서 eukaryotic gene만을 선별하여 cDNA를 합성하고 library를 제작하고자 합니다.지금까지 kit을 사용하였었는데요. RT-PCR에서 밴드가 나오지 않는 경우가 있어서요.kit 하나당 2~3개정도 만들면 끝이 되더라구요. 너무 비싸서..primer를 제작하여 사용하고 싶은데요.우선 first strand cDNA를 합성할때.1. 합성 kit을 사용하고 adator를 단다고 하던데..   이방법이 아니라 직접 primer에 adaptor를 달아서 한번에 해도 괜찮은가요?2. 5' primer를 제작할때 어떤 kit을 보니깐요. dscDNA를 합성할수 있게 23개의 임의의 서열을 붙이고, 클로닝할 엔자임서열을 붙이고, GGG를 달아서 cDNA 의 CCC와 붙을수 있게 했던데요.이렇게 합성만 하면 될까요?? 그런데 보통 5'primer제작시 프라이머에 무슨 처리를 해서 일반 합성으로는 cDNA가 안만들어 진다고 하던데.. 그게 사실인가요??3. 5'CAP의 공통서열인 7-methylguanosine 서열에 binding 하기위해서는 일반 CCC를 붙여야 하는거 아닌가요?? 왜 kit에서 GGG를 붙이는건지.ㅠㅠㅠ4. 3' primer제작시 5'- 엔자임서열,  d(T)30개 N (A,G,C,T임의합성); N1(A,G,C임의합성)-3'이렇게 만드려고 하는데요.가능할런지요.궁금한것이 너무 많습니다.ㅠcDNA 합성시 primer를 만들때 주의점을 알려주셨으면 합니다.꼭좀 부탁드리겠습니다.ㅠㅠ
회원작성글 초보자  |  2009.10.05
Q. Yeast 2 hybrid에서 HELA cDNA 에 대해 질문 있습니다.
지금 제가 Yeast 2 hybrid를 시작하여 공부를 하고 있습니다.그런데 cDNA library로 HELA를 사용하는데 수많은 HELA cDNA중 왜 15개의 colons 만을 사용하는지 궁금해졌습니다.선생님, 선배님들 좀 가르쳐 주십시오 ^ ^ 감사합니다~
회원작성글 Seo MJ  |  2009.09.11
Q. DNA walking 방법
안녕하세요?cDNA library 실험 중 하나의 유전자의 두가지 타입을 확보하였습니다.혹시나 하여 이 유전자를 위한 primer를 디자인하여 genomic DNA에서 PCR해본 결과 intron은 존재하지 않음을 확인하였습니다.그런데 alignment를 수행하여 보니 하나의 타입이 5' 부분이 많이 없음이 확인되었습니다.물론 5'UTR 부분도 없구요 ㅠㅠ그래서 어느 정도 5'UTR 부분까지 알아보기 위해서 이런저런 방법을 알아보던 중, 씨X의 DNA walking 방법이 있다는 것을 알게 되었습니다.혹시 이 방법으로 실험하여 보신 분들이 계신가요??Inverse PCR 방법도 생각해 보았으나 제가 알아보고자 하는 부분이 길어야 500bp 정도만 알면 충분할거 같아 이 방법보단 아까 말씀드린 방법이 좀 더 적절하다 싶습니다.DNA walking 방법으로 성공하셨거나.. 이 방법에 대해 조언을 주셨으면 합니다.감사합니다 ^^
왕초보  |  2009.09.01
Q. cDNA expression library 제작
human testis mRNA를 ZAP express vector에 넣어서 testis cDNA expression library를 만들려고 하는데요..(stratagene kit 사용)이전에 쌤은 testis tissue에서 mRNA를 뽑아서 kit를 이용해서 library를 만들었다고 하는데 그땐 titeration이 꽤 높게 나왔다고 하는데저는 company mRNA를 사서 library를 만드는데도 효율이 너무 떨어지네요;;;;(titeration이 1/10정도 밖에 안돼요ㅠㅠ)온도나 시간등 protocol대로 하는데 당최 어떤 과정에서 잘못된건지 모르겟어요;;;;library 제작시에 특히 주의해야할 과정이라든가 의심할만한 부분은 어떤게 있는지 지적 좀 부탁드립니다..
회원작성글 초짜  |  2009.08.19
이전  01 02 03 04 05 06 07 08 9 10  다음
실험 회원 등급이란?
실험Q&A 회원등급안내
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
진스크립트 광고