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BioLab 장재봉 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > etc.
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. 랩노트에 dna 전기영동 사진 프린트해서 붙일 때 흑백 반전해도 되나요?
안녕하세요 지금 프로젝트 특성상 dna 전기영동을 많이 하는데요 검은 바탕에 흰 밴드로 나타나게 프린트하면 흐릿한 밴드의 경우 모니터상으로 볼 때보다 훨씬 잘 안보이기도 하고, 검정 토너 낭비도 심하더라고요.. 사진 자체를 흑백반전할 경우 두 가지 문제가 전부 해결되는데,, 흑백 반전 정도는 문제가 없을까요?? 웨스턴블랏 데이터처럼 보일 수 있으니 구분을 위해서 반전 없이 프린트하는 게 나으려나요..
회원작성글 크리스12  |  2021.10.04
Q. DNase (DNA 분해효소) 역할과 목적이 뭘까요?
  식품에서 분리한 균주를 이용하여 DNase test를 진행중인 석사생입니다. DNase test를 하면서도 이 실험의 궁극적인 목적이 무엇일까 생각을 해보았는데 원하는 답을 얻지 못하여 브릭 선배님들께 여쭤보고자 글 남깁니다.   DNase test agar에 균주를 배양하여 Positive reaction을 얻으면 dnase를 함유하고있는 균주라고 판단하는데... 이 DNase를 가지고있단게 어떤 의미를 가지는지 잘 모르겠습니다. 단순히 에스테르 결합자체를 끊는것만 확인하는것이 목적일까요? 균주가 dnase 활성을 갖는다는것이 어떤 의미인지 알고싶습니다.   혹시 아시는 선배님들 계신다면 답변 부탁드리겠습니다. 감사합니다!
회원작성글 당무당  |  2021.09.24
Q. ssDNA가 RNA랑 같은건가요..?
ssDNA가 RNA랑 같은건가요..?
회원작성글 lovebiolog..  |  2021.09.16
Q. '세포 분열 횟수와 돌연변이 가능성의 상관관계' 에 대해서 실험하고 싶습니다.
만약 가능하다면, 이걸 주제로 실험을 해보고 싶습니다. 어떤 분께서 전장 유전체 분석을 통해 하다보면 알 수 있다고 말씀해주셨는데요, 유전체 분석 장비가 필요한 듯 해서 고등학생인 저로서는 하기 힘들 듯 싶습니다. 그래서, 그냥 혼자 생각해 본 방법은, 만약 특정 종류의 돌연변이가 잘 일어나고 형질로 잘 나타나는 세균 등이 있다면, 그걸 이용해서 실험을 하면 어떨까 싶습니다. 아니면, 초파리 같은 거는 어떨까 싶기도 하구요. 문제는, 세균은 저런 조건에 맞는 세균이 존재하는지를 모르겠고, 초파리는 '세포분열횟수에 따른 돌연변이 확률'이라는 목적에 부합하는지 의문이 듭니다. 어떻게 생각하시는지, 어떤 방식으로 하면 좋을지 조언 부탁드립니다. 학교에 장비는, 배양기 및 무균상자 등 배양용 장비들, 그리고 전기영동 등이 있습니다.
회원작성글 고등학생2  |  2021.09.12
Q. 전기영동 실험에 대해서 질문입니다
안녕하세요 고등학교 생명공학분야의 진로를 목표로 하면서 전기영동실험을 진행해보았는데 이해가 더 필요한 부분이 있어서 질문하게 되었습니다 EtBr은 발암물질이기도 하고 DNA구조를 변형시켜 돌연변이를 일으킬 수 있다고 해서 DNA down-applicaion이 힘들다고 들었습니다. 대충 문맥상 의미는 알겠는데 정확히 DNA down-application이 무엇인지 알고 싶습니다.  그리고 더 조사해보니 대체시약 중 하나인 SyBr green을 알게 되었는데 이게 무엇때문에 EtBr과 차이가 나는 건가요?
회원작성글 ImmuneLove..  |  2021.09.11
Q. vector nti explorer data folder 변경방법 문의
데이터 백업을 위해 기존의 데이터 파일을 잠시 옮겨둔 뒤 다시 D드라이브에 연결하였습니다. vector nti explorer에서 열어야 할 폴더가 있는데 다른 폴더를 연결하여 기존의 데이터파일을 불러올 수 없습니다. nti explorer에서 열어야 할 데이터 폴더를 변경하는 방법 문의드립니다.
회원작성글 sooso soos..  |  2021.09.10
Q. 느타리버섯 DNA 추출
안녕하세요. 고등학교 학생입니다. 양파와 느타리버섯에서 DNA추출실험을 하였는데 양파는 정상적으로 추출이 되었는데 느타리버섯에서는 DNA추출에 실패하였습니다. 실험 방법이 잘못되었나 확인하고 다시 점검한뒤  재 실험을 하였는데도 실패하였는데 이유가 뭘까요? 조사해 보니 섬유소가 풍부한 야채에서 쉽게 할수 있다고 하는데 버섯류에서는 DNA추출하기에 면적당 세포수가 적거나 세포를 분리하기에 일반 학생용 실험 장비로는 어려운 것인가요? 답변 부탁드려요  
회원작성글 찡찡2  |  2021.09.09
Q. CRISPR 및 PCR 실험관련 질문드립니다.
현재 실험실에서 크리스퍼캐스 실험을 하게 되어서 실험계획을 고안중입니다.  1. 캐스단백질을 효모내에서 발현을 시키고자 하는데 이럴 경우 핵으로의 이동을 위해서 NLS가 필요한데 이것을 어디에 달아야 하는지를 잘 모르겠습니다.  논문을 읽어보면 어떤 논문은 캐스 단백질의 앞쪽에 NLS를 달기도 하고 또 어떤 논문은 캐스 단백질의 뒤쪽에 NLS를 달고,, 또 어떤 논문은 양쪽에 다 달아놓은 케이스도 봤습니다.  어느쪽에 달아도 상관없는 것인가요?...    2. PCR을 이용하여 벡터내에 삽입되어 있는 캐스유전자를 증폭시키기 위해서 프라이머를 짜고 있는데, 히스택이니 nls니 이것 저것 프라이머에 넣다보니 프라이머 길이가 90bp가까이 나오는데 사용해도 괜찮을지요.. 이래저래 검색해본 바로는 괜찮다는 분들이 많이 계시는데 혹시 긴 프라이머로 피씨알 해보신 분 계신지요..   질문이 길어져서 죄송합니다. 조언을 구하고 싶습니다..    
회원작성글 Morning gl..  |  2021.09.02
Q. 같은종 같은 co1 타켓 시퀀스 align이 많이 다른 이유
안녕하세요.   ncbi를 통해 서열을 받고 mega7로 align을 하는데 같은 종이고 같은 co1인데도 서열이 많이 불일치한데 왜 그런지 모르겠습니다.  특이점으로는 A개체는 유니버셜 프라이머를 이용해 약 650BP정도의 서열이고 B개체는 다른 프라이머로 CO1에서 C02까지 연결해 약 1500BP가 나왔습니다. 이중약 890BP정도까지가 CO1이고요. 보통 두 개체의 시퀀스를 A개체의 650BP와 B개체의 CO1부부인 890BP까지를 불러와 ALIGN을 돌려보니 서열이 많이 불일치하는데 어디서부터 잘못된것인지, 그렇다면 해당 서열들로는 TREE를 그리는데 한계가 있는지 아시는분 답변 부탁드립니다.. 대
회원작성글 .학부생.  |  2021.09.01
Q. 논문작성시 최소 임상샘플 개수
개발한 기술로 임상 가능성을 확인하고자 하면 최소 몇개정도의 샘플을 실험해봐야할까요?
회원작성글 15784  |  2021.08.29
Q. DNA 전기영동 실험 p53 유전자
p53유전자의 돌연변이 유무에 따라 전기영동을 실시했을 때 밴드의 개수가 다르게 나타남을 알게 되었는데, 제한효소를 처리하게 되면 DNA의 분자 크기가 달라지기 때문에 밴드의 개수가 나뉘는 건가요, 아니면 DNA의 분자 구조가 달라지기 때문에 밴드의 개수가 나뉘는 건가요? 플라스미드 DNA가 아닌 사람의 DNA로 실험했을 때의 원인이 궁금합니다. 플라스미드 DNA는 중간에 제한효소가 처리되면 그 부위가 절단되는 것인데, 이중나선 구조인 사람의 DNA에 제한효소를 처리했을 때에도 그 부위가 절단되어 총 세 개로 분리되는 건가요? 만약 그렇다면 실험 결과의 밴드 개수(2개)와 맞지 않는 것 같은데요..
회원작성글 둘리볼살  |  2021.08.29
Q. UV 플라스미드
1.클린벤치에서 실험하면서 플라스미드가 UV에 1시간 정도 있으면 변성돼서 더이상 쓸수 없는건가요? UV에 놓은 플라스미드를 스탁으로 만든거같은데..플라스미드 스탁을 액체 LB에 접종해 놓은 걸UV에 놓기도 했습니다. 2. 액체LB에 접종해 놓은 균주도 UV 킨상태로 실험하고 이걸 스탁으로 만들었다면 쓸수 없는 건가요?
회원작성글 승보  |  2021.08.27
Q. snapgene에서 궁금한 질문이요
안녕하세요 시퀀싱 데이터 분석을 갖고 계속 검색하다가 원초적인 질문을 하게 되는 지경까지 왔네요..   pGBKT7 벡터를 이용하여 cloning을 완성시키고 시퀀싱 데이터 분석을 하다가 GAL4 binding domain 서열 중 하나의 염기서열이 어긋나reading frame따라 코돈 읽어보고 이상이 없는지 확인하려 검색하던 찰나에   snapgene 파일에서의 아무런 표식이 없는 검은 선으로 이루어진 부분이 궁금해져 여쭤보게 되었습니다. 다른 벡터를 이용하여 gDNA를 이용한 insert 삽입시 인트론 부분은 소문자로 나오는데.. 저 부분은 UTR도 아니고 프로모터도 아니면 인트론인가요? 인트론이 아니라면 무엇인가요? 아니면 ori라고 되어있는 부분인가요?ㅠㅠ   (또한 pGBKT7 이나 pGADT7 을 사용하신 분들이나 비슷한 백터, 혹은 cloning 많이 하신분들께 여쭤보면..binding domain은 벡터 시작부분부터 3개씩 염기서열 자르는게 아니라 그냥 binding domain 해당 서열부터 잘라서 읽으면 되나요?ㅠㅠㅠ)
회원작성글 살려주세요흑흑  |  2021.08.17
Q. agarose gel 전기영동 결과 좀 봐주세요ㅠㅠ 첨부파일
2% Agarose gel TAE Buffer(0.5X) 100V 90min   Takara로 내렸구요 질문인게 Band가 자꾸 그릇모양으로 나온다는 겁니다. 일자로 Lenear하게 나와야하는데 저런식으로 나오니 분자량이 어느정도라고 감이 딱 안잡혀서요  뭐가 문제일까요? (혹시 몰라 덧붙이는데 agar 가 유통기한이 2개월 남았긴 합니다. TAE Buffer는 50x를 dw이용해서 희석했구요, 외관상 Buffer에 불순물은 없었습니다.)
회원작성글 자네척척석사로살텐가  |  2021.08.09
Q. tissue dna extraction 질문드립니다ㅠ
mouse liver에서 DNA extraction을 하고 있는데 자꾸 DNA가 다 깨져서 나와서 질문드립니다.. livwe tissue를 2mm정도크기로 chopping. tissue가 잠길정도로 PBS넣고 5min 후 PBS제거. 막자사발에 LN2로 갈아 PK(5ul)+DW(445ul)+10%sds(50ul)넣은 후 56도 heat block에 overnight. 3M sodium acetate(50ul)+phenol-chloroform(550ul)넣고 ice 5min, centri 10min. 상층액 분리 후 2배볼륨의 100%Etoh 넣고 -80에서 30min. centri 30min. 100%Etoh 버리고 70%Etoh in. vortex and centri 10min. 70% Etoh out, Air dry 5-10min. L(low)TE buffer넣고 녹인 후 55도 heat block 5min. Cool down, Nano drop.   의 순으로 Tissue DNA extraction을 진행중인데 계속 DNA가 깨져서 tissue lysis과정을 보완해보려하는데 방법을 못찾겠어서 질문드립니다ㅠㅠ..
회원작성글 mimicro  |  2021.08.09
Q. CRISPR knockout 꿀팁? 아이디어 가르쳐주새요
안녕하세요, 분자생물쪽 전공과 거리가 멀지만 프로젝트 필요에 의해 gene editing쪽을 해보고 있는 크린이입니다.  저는 주로 KI은 ZFN vector를 사용하여 Nucleofection 하고, 형광이나 surface molecule이라 flow sorting 해서 문제가 없습니다만, 지금은 KO target gene이 nucleus protein이라 일일이 single cell cloning 하고 T7EI assay 하고 Sanger seq 하는 이 모든 과정이 넘나 벅찹니다. 특히 일부 line은 iPSC 라서, single cell cloning 과정만으로도 문제가 많이 생기기도 해서요… 그래서, 최근 몇가지 고민을 해봤는데, 이런 아이디어들이 생각이 났구요, 일부는 아마 루틴하게 쓰시는 분들도 있을 것 같아서 꿀팁 부탁드립니다.  1) KO site에 HDR template로 neoR 등을 KI한 후 selection 한다   2) KO site에 HDR template로 GFP등을 KI한 후 flow sorting 한다  : 1이나 2를 쓰면, exon을 끊어먹고 KI이 되는지라 target gene KO과 donor template KI이 동시에 일어나니 selection이 쉬울 것 같구요    3) KO site에 HDR template로 stop codon을 마구 넣어버린다  : 이건 selection 자체에는 도움이 안되겠지만 indel 자체를 통한 KO 보다는 나을 것 같고…  혹시 꿀팁 있으시면 공유해주시면 감사하겠습니다. Nucleofector는 Lonza machine을 쓰고 있고, RNP를 이용하고, 제품들은 IDT 것들을 쓰고 있습니다 (클로닝은 잘 합니다만 lenti등은 가능하면 안쓰고 있습니다).     미리 감사드립니다!
회원작성글 GATA3  |  2021.08.07
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