[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
필코리아테크놀로지
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
웹진 Vol.24, No.10 (2022년 10월) 발간
전체보기 안전점검 LABox
 카테고리: 전체 > Molecular Biology-Protein
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
카테고리 전체보기펼치기
질문/투표/프로토콜 등록
Q. protein의 upregulation을 뒷받침 해줄 수 있는 실험 방법은 어떤게 있을까요?
proteinA가 proteinB를 dose dependent하게 upregulation시키는 경우 다음으로 해볼 수 있는 실험방법이 있을까요?  time dependent, chx처리, mRNA 발현 확인 이외의 실험 방법이 있나요?
회원작성글 Dozmal  |  07.25
Q. 혹시 정상세포 중에서 PDL1과 CD47을 모두 발현하는 세포가 있나요?
  안녕하세요, 항암제 공부하고 있습니다! 제 전공이 항암쪽이 아니지만 이쪽으로 진로를 정하고 싶어서 빡세게 공부하고 있습니다. pdl1 과 cd47이 암세포에서 많이 발현된다고 알고 있는데요, 혹시 정상 세포 중에서 두가지를 모두 발현하는 경우는 없나요? 관련 논문을 찾고 있는데 검색해도 잘 나오지 않고, 논문에서 언급되지 않아서 여쭤봅니다.    
회원작성글 짱쭁  |  07.24
Q. western blot 1차 항체 관련 질문입니다!
제가 어떠한 단백질을 암호화하는 DNA 시퀀스를 vector에 cloning 하고, E. coli 에 transformation 후 IPTG 이용해서 과량 발현, 이후 His-tag과 Ni-NTA resin을 이용해서 타겟 단백질을 정제했는데요,   해당 protein이 제대로 발현되어 정제된 것인지를 확인하기 위해서, 먼저 SDS PAGE를 내려본 결과 원하는 kDa 크기로 나왔습니다.   좀 더 확실하게 확인하기 위해, western-blot 이용해서 타겟 단백질을 검출하려고 하는데요,   이 때 1차 항체를 어떻게 구해야 하나요? 즉, 제 단백질은 흔한 단백질이 아니고 제가 specific한 sequence를 cloning 해서 만든 단백질인데, 해당하는 amino acid sequence를 업체에 알려줘서 1차 항체 제조를 의뢰해야 하는건가요?   그렇다면 일반적으로 어느 업체에 의뢰를 많이 하나요?   읽어주셔서 감사드립니다!    
회원작성글 따릉릉  |  07.23
Q. transfer buffer 제작시에 ethanol대신 methanol을 사용해도 되나요?
transfer buffer 제작시에 ethanol대신 methanol을 사용해도 되나요? 두가지 모두 transfer시에 Protein이 membrane에 잘 결합하도록 해주는 역할로 알고 있습니다.
회원작성글 탱탱볼  |  07.21
Q. treatment시 none에 넣을 시약
protein extration 하기 전에 cell에 treatment를 하는데 none에는 treatment stock할때 희석한 용액을(EX. DMSO, PBS) 동일한 양을 넣어주는걸로 알고 있습니다. 제가 treatment를 3가지 사용하는데 한가지는 DEPC로 희석하고 한가지는 PBS (0.1%BSA 첨가), 다른 한가지는 DMSO로 희석하였습니다. 그리고 media에 첨가되는 용량도 다 다른데 이런경우네는 none에는 어떤 시약을 얼만큼 넣어야하나요?  
회원작성글 oneday  |  07.21
Q. IHC 결과데이터에 negative marker 쓰는 이유
논문에 mouse brain에 IHC한 결과를 보는데요 DCX+GFAP+ 이렇게 보여주는건 알겠는데 KI67+NEUN- 이렇게 negative 발현을 표시해서 보여주는 이유가 뭘까요? 사진보면 NEUN 마커발현은 감소하고 이에대한 정량 그래프로는 KI67이 증가하는걸로 보이더라구요 궁금합니다.
회원작성글 him  |  07.21
Q. IP 수행중인데 궁금한 점이 있어서요~~
안녕하세요, 석사 진행중인 학생입니다. 현재 primary cell line에 tagged protein을 overexpression 시킨 다음에, coIP및 Western blot으로 interaction을 보고 있습니다. overexpression시킨 HA-A 단백질과 primary cell의 B 단백질간의 interaction을 본다고 생각할 때,   몇가지 질문이 있는데요, 1. input 과 coIP sample을 western으로 보여줄때는 모두 같은 membrane에 위치해야하나요? 일단 제 생각으로는 밴드 노출시간이 달라지기 때문에, 반드시 같은 membrane 위에 input 및 sample이 있어야한다고 생각합니다. 그런데 input과 sample을 따로따로 보여주는 데이터도 있더라구요, 이래도 괜찮나요? 2. input 과 co-IP sample을 같이 보여준다고 할 때  IP가 너무 잘되어 input 및 co IP sample을 같이 현상하면, ecl pico를 이용해서 진행함에도 불구하고, B 단백질이 input에는 너무 적고, IP sample에서는 너무 많습니다. 노출을 줄이면 input에서 안보이고, input이 보이면 IP sample이 가운데가 하얗게 나오는 ghost 현상이 계속 발생하고 있습니다. 이를 해결하는 방법이 있을지요...? 현상은 film이 아닌, 기계를 이용해서 하고 있습니다.      
회원작성글 신입입니다  |  07.20
Q. 단백질의 유전자 동정
안녕하세요. 제가 지금 연구계획서를 작성하기 전에 이론적인 실험법을 구상하는 중인데요. 생물을 배우기 시작한지 얼마 안된지라 배경지식이 너무 부족해서 가르침을 좀 구하고 싶습니다..ㅜㅜ 일단 연구과제의 전체적인 흐름을 간략히 말씀드리면 1 오염물질 x를 영양원으로 육성가능한 미생물 A주가 어떤 종의 미생물인지 동정 2 미생물A가 물질 x를 어떻게 분해하는지 해명하기 위해, x를 분해하는 데 필요한 단백질 Y를 코드하는 유전자 y를 동정 3 유전자 y로 이루어진 Y를 대장균으로 대량 생산 -> 오염물질 x를 효율적으로 제거 입니다. 지금은 시작 단계라 전체적으로 어떻게 진행할지를 정리하는 중인데요, 찾아보다보면 너무 구식인 방법이라던가 제가 알아내고 싶은 것과 다른 걸 알아내는 방법인게 많더라구요.. 그래서 혹시 이게 알맞은 과정인지 아닌지 확인 좀 부탁드리고 싶습니다ㅜㅜ   일단 1에서는 16s rRNA 시퀀싱을 하려고 합니다.  그 과정으로 16s rRNA를 코드하는 DNA를 추출해서 분리하고, 유니버설 프라이머를 설계해서 PCR로 증폭합니다. 이렇게 얻어낸 dna 단편을 sanger나 NGS로 염기서열을 알아내고, BLAST 같은 데이터베이스에 검색해서 비슷한 배열을 갖는 미생물을 조사해서 종을 특정합니다. ->여기서 궁금한 부분은, 제가 27F와 1492R의 프라이머 세트를 쓰려고 했는데 이 경우 16s rRNA가 너무 길어서 문제가 되나요? 찾아보니까 V3-V4 영역만 따로 잘라내서 증폭한다고 하는데 이 경우에 미생물을 종까지 특정 가능한가요??    2에서는 PMF법을 이용하려고 합니다. 먼저 물질 x가 풍부한 환경에서 미생물 A를 배양해서, 발현한 단백질 혼합물을 추출해서 SDS나 전기영동으로 각각의 단백질을 분리하고, 트립신 등 소화효소로 단백질을 분해해서 그 펩타이드 조각을 질량분석기로 스펙트럼을 분석해서, 단백질 분해 패턴을 테이터베이스랑 비교검색해서 가장 가능성이 높은 단백질을 동정한다.. ->pmf법에 대해서는 이 사이트(bric)의 다른 질문을 참고로 했는데요.. 단백질을 분해해서 어떤 펩타이드로 분해되는지 그 패턴을 질량분석기로 조사하는 건지, 혹은 펩타이드를 질량분석기로 분석해서 프래그먼트 이온의 스펙트럼 데이터를 얻어서 각 펩타이드가 뭔지 조사하고 그걸 다시 합쳐서 전체 단백질의 서열을 알아내는 건지를 모르겠습니다ㅜㅜ 그리고 물질 x가 풍부한 환경에서 미생물 A를 배양해서 생기는 단백질들을 다 조사한다고 해도, 어떻게 X 분해에 관련된 단백질을 알아낼 수 있는지 그 다음 방법이 검색해봐도 잘 나오지를 않아서 그 이상 구상을 못했습니다.. 제가 생각한 건 각 단백질을 일일히 분리해서 대량으로 생산한 다음에 X를 주입해서 분해하는 것들을 찾아낸다.. 인데요. 이게 어느정도 가능성 있는 얘기일까요? 조언 좀 부탁드립니다.ㅜㅜ   3에서는 2에서 알아낸 유전자 y 단편을 발현 벡터에 넣어서 재조합 DNA를 만들고, 이걸 대장균에 넣어서 배양해서 증식시키면 그 산물로 단백질 Y를 얻을 수 있을까 생각했습니다.(subcloning) 그래서 먼저 유전자 y용 프라이머를 설계해서 PCR로 증폭해서 유전자 y 단편을 준비하고(+제한효소 처리), 발현벡터에 ligation해서 재조합DNA를 만듭니다. 그리고 transformation으로 대장균을 배양해서, 크로마토그래피로 발현한 단백질을 정제합니다. ->발현 벡터에 대해 찾아보다 보니 삽입할 유전자의 길이에 따라서 플라스미드 벡터, 파지벡터 등등 여러가지를 사용하던데, 유전자 y의 길이가 어느정도일지 예측하는 것은 어렵겠죠??   여기까지 입니다. 지식이 부족한 채로 긴 글 올려서 죄송합니다.. 길고 귀찮은 글이지만 너무 말이 안된다 싶은 부분이 있으면 꼭 지적 부탁드리고 싶습니다ㅜㅜ             
회원작성글 화바바  |  07.20
Q. laemmli sample buffer 관련해서 질문있습니다
laemmli sample buffer를 찾아다니면 머캅토에탄올이 들어있는것도 있고 안들어있는 것도 있더군요. 아무리 봐도 머캅토에탄올 들어있는게 더 쓰기 편하고 좋아보이는데 머캅토에탄올 들어있지 않은게 더 비싼 경우도 있네요. 혹시 머캅토에탄올이 미리 포함되어 있는 제품은 단점같은게 있나요?
회원작성글 AGCT  |  07.18
Q. ubiquitination data 해석 첨부파일
ubiquitination 관련 figure를 하나 받았는데  레전드도 없고, 이분야 전공자도 아니여서  이 figure를 어떻게 해석해야 할지 모르겠습니다.   Myc, Flag, HA, HA-UB의 의미를 자세하게 설명 부탁드립니다. 중간에 있는 두 레인은 왜 밴드 끌림 현상이 있는 건지도 설명 부탁드려요 ㅜㅜ   미리 감사드립니다. (--)(__)(--) 꾸벅~
회원작성글 코만도  |  07.18
Q. 단백질 침전물 투석(dialysis) 질문입니다 첨부파일
단백질을 ammonium sulfate로 침전시킨 후에 20mM sodium acetate(pH4.5)인 buffer에 투석중입니다. 그런데 지금 약 22시간이 지났는데 아직도 침전물이 사라지지 않고 꽤 있어요.. 이럴 때 멤브래인을 다시 교체해주는게 좋을까요..? 투석 buffer는 3번 정도 갈아줬습니다.
회원작성글 jyun1009  |  07.17
Q. 단백질
요검사지에서 단백질을 검출 할 때   지시약이 단백질 아미노기 부분에서 수소이온을 잃고 색이 변화하는 원리를 이용한다고 하는데..  단백질 아미노기 부분에서 수소이온을 잃으면 왜 색이 변화하는지 궁금합니다.   또 적혈구를 검출 할 때에는  혈색소 가성 과산화효소 활성도를 활용하여 시험지 과산화수소수를 분해해 발생하는 산소로 색이 변화하는 원리를 이용한다는데   혈색소 가성 과산화효소가 무엇인지 그리고 과산화수소수를 분해해 발생하는 산소의 어떠한 특성 때문에 색을 변화시킬 수 있는지 궁금합니다.      
회원작성글 메디스은  |  07.16
Q. enzyme
요검사지의 포도당 검출원리에 대해 알아보고 있는데요   포도당 산화효소(Glucose oxidase)에 의해 포도당 산화→과산화 수소(H2O2) 발생→검사지에 있는 효소인 퍼옥시데이스(peroxidase)와 반응→발색제와 반응하여 초록색을 띰.   딱 이렇게 밖에 안나오는데.. 더 구체적으로 Glucose oxidase가 포도당을 산화시키는 과정? 원리나 퍼옥시데이스가 뭔지 그 반응식을 알고싶습니다.   
회원작성글 메디스은  |  07.16
Q. SDS PAGE Gel의 PH조성
SDS page gel을 만들때 필요한 Tris buffer의 몰농도와 PH가 중요하다고 배웠습니다. stacking 젤은 6.8, resolving gel은 8.8로 알고 있는데 이 둘의 PH에 이상이 생기게 되면 loading시, 단백질의 응집으로 detection에 어려움이 생길까요? 또는 band가 밑으로 쭉 끌리는 현상도 일어나는가요?
회원작성글 카스테랑  |  07.15
Q. western transfer후 membrane
western blot 관련 질문드리고자 합니다. NC membrane을 사용중인데, transfer 후 혹시 membrane 뒷장까지 protein marker가 선명하게 보이나요? 보인다면 transfer volt 및 시간 조정이 필요한 건지 궁금합니다. 
회원작성글 오구오구  |  07.15
Q. 염증억제실험 설계 질문입니다
작년에 했던 hydrangenol의 항염증효과 확인 실험에 궁금증이 몇개 생겼습니다. Western blotting은 전염증성 단백질 iNOS의 발현량이 결과적으로 줄어드는지, 혹은 늘어나는지만을 확인할 수 있는 실험이었던 것으로 이해했습니다. 그래서 hydrangenol이 항염증효과가 있는 것은 밝혀냈지만, hydrangenol이 1)intracellular cascade인 NF-kb pathway의 cytoplasm(세포질)에서 일어나는 과정 중 하나를 억제를 억제하는 것인지 2)transcription 단계가 일어나기 전에 DNA condensation(DNA 응축)을 통해 transcription을 억제하는 것인지 3)transcription factor(NF-kb)의 작용을 억제하는 것인지 4)transcription 이후 translation(번역)을 억제하는 것인지 5)translation 이후 합성된 polypeptide의 입체 구조 형성을 막거나 활성화된 단백질을 분해하는 것인지 에 대해 궁금증을 느껴, 추가 실험을 설계하고 궁금증을 해소하고자 합니다. 1)~3)중 하나인지, 혹은 4)~5)중 하나인지는 RT-PCR을 통해 구분할 수 있을 것 같은데, 그렇게 구분한 후에는 어떤 실험을 해야 hydrangenol이 정확히 어떤 과정에 개입함으로써 iNOS의 발현을 억제하는 것인지 알 수 있을까요..??  고등학생이라, 아직 아는 것도, 배운 것도 적습니다ㅠㅠ 질문이나 알고 있는 개념에 오류가 있다면, 양해 부탁드리고, 무엇을 잘못 알고있는지도 질문에 대한 답변과 함께 설명해주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 KHMS23  |  07.15
Q. Trypsin 제거의 문제
안녕하세요,   우리 단백질이 트립신 처리 후    제거하는 공정에서 제대로 제거되지 않고,   일부가 단백질과 interaction을 하여 같이 용출되는 것 같습니다.   고수님들 중에, 이런 상황일 때,   트립신을 제거할 수 있는 효과적인 방법이 있을까요?   답변 부탁드립니다.
회원작성글 흑야화  |  07.15
Q. 1차 IEX capture 정제 질문입니다.
말그대로 1차로 capture의 목적으로 정제를 진행하는데,   1. isocratic (step) elution   2. gradient elution   고민입니다.   둘다 장 단점이 있으나, 여러분들이라면 1차엔 어떤 방법이 나을거라 생각하실까요?   1번을 택하면 amount는 높겠지만, impurity가 많을거고, 시간도 단축되고, 버퍼도 아낄테고...   2번은 resolution은 좋아져서 impurity가 1번에 비해 적을테지만, volume이 늘어나고, 시간이 길어지고, 버퍼 사용량이 많아서..   뭘해도 상관없는 시료입니다. 안정한 편이구요..   여러분들이라면, 몇 번을 선택하시고, 그 이유가 뭘까요!?   궁금합니다 
회원작성글 흑야화  |  07.14
Q. Western blot시 Membrane에 점이 찍히는 현상
웨스턴 블랏을 진행했을 때 간혹가다 특정 1차항체를 붙였을때만 이런식으로 Membrane 전체에 지저분하게 점이 찍히는 현상이 발생합니다.  스트리핑 해서 백그라운드가 깔끔하게 나오는 다른 마커를 찍으면 또 문제가 없는데, 이런 현상이 발생하는 원인이 무엇인지 알 수 있을까요?         
회원작성글 졸업시켜줘요  |  07.14
Q. western blot 결과, 밴드가 단 1개도 안 나옵니다ㅠㅠ
방금 전에 housekeeping gene인 GAPDH가 detection 되는지 시도했는데요. marker는 희미하게 나오는데 GAPDH는 단 한 군데도 나오지 않았어요. 제가 추측을 하건데... 1. transfer가 제대로 안 되었다. 그 이유는 Ponceau S 염색했더니 밴드 염색이 보이지 않았기 때문이다. 2. primary antibody 부착이 제대로 되지 않았다. 그 이유는 4도에서 overnight 시도했는데 shaker가 오류 떴다. 그래서 멈춰진 상태였다. 3. washing을 너무 많이 했다. Ponceau S 염색 후, 수돗물로 membrane을 씻는데 Ponceau S염색을 다 없애려고 하다 보니 단백질도 같이 쓸려 나갔다. 이렇게 3가지 이유 때문에 밴드가 아예 없는 것이 아닌가 싶습니다. western blot은 진짜 3일을 다 잡아먹는 실험인데 결과가 이렇게 허무하게 안 나올 줄이야 ㅠㅠ 싶습니다ㅠㅠ 다른 실험들도 해야 하는데 너무 속상해요 ㅠㅠ
회원작성글 아스널  |  07.13
이전  01 02 03 04 05 06 07 8 09 10  다음
실험 회원 등급이란?
실험Q&A 회원등급안내
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고