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BioLab 박소정 교수
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Q. hplc 의약품 순도시험의 원리 관련하여 질문드립니다.
안녕하세요. hplc를 통한 의약품 분석관련하여 질문드립니다.   hplc를 통해 의약품 불순물을 평갈할 수 있는 원리가 궁금합니다. 주성분의 최대 흡수파장으로 설정된 파장에서 의약품의 불순물의 검출이 가능한 이유는 무엇일까요? 주성분과 유사한 구조를 가졌기때문에 가능한 것인지 여쭤보고싶습니다.
회원작성글 YBwandu  |  11.29
Q. HPLC에서 area height 차이점
hplc찍었을때  area 값은 동일하나,   height 값이 다르게 나오는 경우가 종종 있는데, area와 height의 차이점은 무엇인가요? 둘 중 재현성이 좋은 걸로 선정하여 결과값을 내도 되는건지 궁금합니다..!
회원작성글 ddangcong  |  11.29
Q. Matrigel plug assay (angiogenesis assay) 질문 입니다.
안녕하세요. 혈관신생 연구를 하다가 의문점이 있어서 질문드립니다. 저희가 어떤 특정 물질을 혈관신생 억제 물질로 기대를 하고 동물실험을 진행  하려고 하는데요. 논문들의 method를 보면 특정 물질 + matrigel을 섞어서 마우스에 주사하는것 또는, 특정 물질을 처리한 cell + matrigel을 섞어서 마우스에 주사하는것 두종류의 방법들이 나왔는데요. 물질 처리한 세포를 matrigel이랑 섞어서 주사한는거랑 물질을 matrigel이랑 섞어서 주사하는거랑 무슨 차이가 있나요? cell이 있고 없고가 큰 차이가 있나요? 저희가 생각하는 cell은 HUVEC 입니다. 제발 연구원님들 꼭 답변 좀 부탁드립니다.
회원작성글 medi92  |  11.29
Q. IF double staining 관련 질문
두가지 primary 항체를 써서 각각 다른색으로 labeling하려고 하는데요, 만약에 다른 1차항체 두개가 같은 단백질에 결합할 수 있으면 두 색으로 모두 염색되는게 아니라 결합자리를 경쟁하게 되어서 하나의 색으로만 염색이 되는건가요?  예를들어,   1차항체 #1 (초록색): A단백질, B단백질   1차항체 #2 (빨간색): B단백질, C단백질 위와 같이 반응시키면, B단백질은 초록색/ 빨간색으로 둘 다 염색이 되는게 아니라 둘 중 하나의 색으로만 염색되는건가요...?
회원작성글 snkd  |  11.29
Q. 황산(H2SO4) 잔류량 검사시 왜 황산이온(SO4 2-)양을 측정하나요?
화학적인 기초가 많이 부족해서 질문 드립니다. 시료를 만드는 과정에서 황산을 용매로 사용하게 되어, 시료에 그 잔류량이 얼마나 있는지 안전한지 확인하기 위해 분석시험을 의뢰하였습니다. 황산대신 SO4 2-를 측정하는 이유가 뭔지요? 6M 황산을 용매로 이용하였는데, 전부 수소와 SO4 2-로 분해되는 것이 맞는지요? SO4 2- 자체는 그렇게 독성이 있지 않은 것으로 알고 있는데, 수치가 많이 나와도 신체에 해롭지 않다고 이해하는 것이 맞나요?
회원작성글 aircutter  |  11.29
Q. 부틸아세테이트 (butyl acetate) 증류 혹은 탈수 방법 문의
안녕하세요,   저희 실험실에서 부틸아세테이트 (butyl acetate)를 용매로 사용하고자 합니다.하지만 보유한 시약이 오래되고 함습 가능성이 있어보여, 증류 혹은 탈수를 진행하여, purity 및 assay값을 향상시키고자 합니다. 혹시 해당 용매 관련하여 증류 및 탈수 방법에 관한 조언 혹은 문헌을 부탁드리겠습니다.
회원작성글 도시돼지  |  11.29
Q. SDM 안되는 polymerase도 있나요?
이전에 SDM(Site-directed mutagenesis) 관련하여 질문을 올렸었습니다. (https://www.ibric.org//myboard/read.php?Board=exp_qna&id=789382)   골자는 SDM이 되지 않는 것에 대해서 조언을 구하는 글이었는데.. 결국 성공하긴 했습니다만, 여전히 매우 낮은 효율때문에 다시 질문을 올리게 되었습니다.   현 상황을 요약하면 다음과 같습니다.     vector 전체 size는 3.5kb로 작은 편이고,   primer design은 다음과 같이 C ▶ T로 바꾸는 것을 목표로 하여, 33mer 로 design 하였습니다.   snapgene 상에서의 Tm값은 63도로 계산되나, 사실 primer 자체는 Agilent quickchange webdesign tool로 design 한 것이며, Agilent quickchange protocol은 annealing Tm 값을 55도 기준으로 맞춰준다고 합니다.     PCR mixture : total volume 50ul (high fidelity Pfu)에 template vector 500ng (기존 200ng)   PCR cycle :  95°C 30s 95°C 30s 55°C 60s 68°C 4:30s (기존 kb/30s 에서 kb/1min로 수정) step 2부터 X 18  68°C 13:00   PCR이 완료되면, 바로 PCR product에 DpnI 1ul 넣고 37°C 에서 6h incubation    그리고 com-cell에 heatshock 주고, 1ml plain LB에서 120min (기존 40min) 돟안 shaking incubation   마지막으로 1ml LB culture medium centrifugation 하여, 가라앉은 com-cell pellet과 soup조금만 남기고, 적당히 pipeting하여 suspened하게 만들고 Amp(marker입니다.) plate에 spreading       빨간색으로 표기한 부분이 저번 질문에서 올린 protocol과 다르게 한 부분입니다.   이렇게 수행하였더니 colony 3개를 얻을 수 있었습니다.. 물론 sanger 돌려보니 SDM 확인은 잘 됐는데요,   고작 3.5kb로 매우 작은 vector에서, 그것도 base 하나 바꾸는데 이렇게 효율이 안나오는 것도 이상하고, 이런 상태라면 더 큰 vector에서 a.a를 바꾸는 경우에는 아예 colony가 안뜰 것 같다는 걱정이 됩니다.   그래서 지금 문제를 찾고 있는데..       우선 총 2종류의 pfu기반의 high fidelity polymerase로 test를 진행하였습니다.   조건은 template 200ng template 500ng template 500ng+DMSO 로 잡고 진행하였습니다.   PCR 직후의 gel 사진을 보시면 (이때는 깜빡하고 control로 template을 걸지 못했습니다.. ㅠ) TOYOBO의 polymerase의 band intensity가 훨씬 높습니다.   사실 TOYOBO가 thermo보다 activity가 훨씬 높다는 건 기존에 잘 알고 있어서 해당 결과는 충분히 납득할 수 있었습니다.             Dpn1 4hr 처리 이후의 gel 사진입니다.   여전히 TOYOBO의 band intensity가 훨씬 높습니다. 해당 결과만 보면 무조건 TOYOBO에서 colony가 잘 떠야하는데..   결과는 thermo : template 500ng (w/o DMSO) 조건 딱 하나에서만 3개의 colony를 얻을 수 있었습니다.     저는 이 결과가 도저히 이해가 가질 않네요.   분명히 Dpn1 처리 이후, transformation 직전에 gel 사진에서는 TOYOBO의 band intensity가 훨씬 높은데, 정작 되는건 thermo에서, 그것도 매우매우 낮은 효율로 되는게 이상합니다.   본문에서 진행한 실험 말고도, 여태까지 try를 모두 TOYOBO로 했었는데 전부 안되는 것으로 보아 현재까지는 SMD을 수행하는데 있어 TOYOBO polymerase가 부적합 하다고 밖에는 생각되지 않습니다.   그래서 TOYOBO maual을 잘 찾아보니까..         해당 pol에는 3' exonuclease activity가 있다고, enzyme cut 하기 전에 purify하라고 나와있는데, 이것 때문일까요..?   근데 3' exo activity는 pfu 기반이면 다 있을 수 밖에 없는 건데, (klenow fragment가 아닌 이상에야) 왜 TOYOBO만 그런걸까요..         관련하여 선생님들의 조언과 의견을 여쭤보고 싶습니다.   감사합니다.
회원작성글 neuronal p..  |  11.29
Q. 스퀴즈바틀에 라벨 어떻게 붙이시나요
안녕하세요  다들 스퀴즈바틀 많이 쓰시죠? 바틀에 매번 라벨링을 해도 금방 떨어져서 너무 번거롭네요.. 유성매직으로 쓰거나 해도 금방지워지고, 테이프로 붙여놔도 용매에 금방 떨어지는데 스퀴즈바틀에 라벨링하는 좋은 방법이 있으신분들은 방법 공유좀 부탁드립니다.
회원작성글 rndpsdb  |  11.29
Q. RNA gel electrophoresis 및 mRNA in vitro transcription 관련 질문입니다.
안녕하세요 일전에 in vitro transcription 결과에 대해 여쭈어본적이 있습니다. 답이 따로 안 올라왔었는데 추가 실험을 진행한 뒤 다시 고견을 여쭈러 왔습니다. 저는 6.5knt mRNA를 합성하게 되었고 UTP는 더 나은 translation을 위하여 N1-Methylpseudouridine-5'-Triphosphate로 교체하여 진행하였습니다. LiCl precipitation 이후 size확인을 위해 sample을 95% Formamide, 18 mM EDTA, and 0.025% SDS, Xylene Cyanol, Bromophenol Blue 버퍼에 희석하여 70도에서 10분간 denaturation을 하여 2% agarose gel에 달렸습니다. 사진의 좌측이 결과구요 RNA ladder와 비교해봤을때 6.5knt가 대충 맞는 것 같습니다. 여러번 확인하는걸 좋아하는 터라 formaldehyde denaturing agarose gel에서도 달려보았는데 이번에는 6knt보다 아래에서 확인이 되더라구요. (사진의 가운데) 이상하게 생각해서 다르게 확인할 방법이 없나 하여 실험실에 있는 Reverse transcriptase master mix가 생각났습니다. master mix가 아니라 따로 되어있는 제품이면 oligo(dT) 만 이용하였을 텐데 oligo(dT)와 random hexamer가 섞여있는 제품이라 그냥 진행하였습니다. RNase H가 포함되어 있지 않은 제품이라 예상대로 major band는 6.5kb근처에서 나왔는데요. 제 궁금증은 왜 가장 정확하다고 생각되어지는 denaturing agarose gel에서의 결과만 다른 결과를 가르킬까요? 이후 transfection진행한 실험에서 제대로 working하는 것이 확인 되어서 중요한 상황은 아닙니다만 다음에 새로운 mRNA 합성을 하였을 때는 TBE-urea-PAGE를 진행하는 것이 가장 정확할까요? 항상 좋은 의견들 감사합니다.
회원작성글 실험은안될때가더많아  |  11.29
Q. 황산 희석 방법 문의
95% H2SO4 용액으로 61.5% H2SO4 용액을 만드려고 합니다… 1L 기준으로 비율을 어떻게ㅡ해야 하나요?
회원작성글 실버타운  |  11.29
Q. Spectrophotometer 추천 부탁 드립니다.
안녕하세요, 기기를 사용하다 문의를 드립니다. 현재 랩에서 큐벳 사용이 가능한 Spectrophotometer를 구매하려고 하는데, 원하던 에펜도르프 모델은 이미 단종이 되었다고 하네요 labex 제품 데모를 받고 사용해 보았는데 그냥 고르기 보다 여러가지를 써 봐야 겠다 싶어서 브릭에 문의를 드립니다. 혹시 큐벳 사용이 가능한 Spectrophotometer중에 추천해 주실만한 제품이 있을까요?
회원작성글 Q.E.D.  |  11.29
Q. Transformation 효율이 너무 안좋습니다.. 저와 비슷한 경험 하신분 있으신가요??ㅠㅠ
안녕하세요 현재 대학원 석사 1년차입니다. 원래 게속해서 진행해온 cloning과 transformation이 8월달 부터 인가 뭔가 점점 이상해졌습니다. 저희가 기존에 만든 C-cell을 이용해서 계속해서 transformation을 진행했는데요, 8월달 부터 transformation을 한 이후에 mini-prep을 진행해온 결과 원래는 300-400ng으로 잘 나왔었는데 어느순간 갑자기 50ng으로 확 효율이 떨어졌습니다.(mini prep kit 사용했습니다.) 너무 이상해서 여러번 transformation도 해보고 배지도 다 바꾸고 새로 다 만들어서 했는데도 이상해서 C-cell이 문제겠거니 해서 다른 랩에서 얻어온 C-cell을 이용해서 transformation을 해본 결과 비슷하게 나왔습니다. 그래서 C-cell을 사서 새로 transformation을 했는데 다행히 colony가 잘 떠서 liquid culture을 진행했는데요, 아니나 다를까 또 mini-prep을 진행한 결과 50ng밖에 안나왔습니다...ㅠ 심지어 안자란것도 있습니다..ㅜ antibiotic marker는 ampicilin을 이용하였구요.. 새로 산 DNA가지고도 transformation을 했는데 하나도 자라질 않았네요.. 일단 저희 학교 내 실험실에서 해볼 수 있는 모든 경우의수를 다 해보았는데 도저히 돌파구가 보이지 않네요... 혹시 저와 같은 비슷한 경험을 해보신 분이나 problem solving하신 분들 있으신가요??ㅠㅠ 
회원작성글 또찌까까  |  11.29
Q. western할때 membrane이 b-actin은 잘 나오는데 나머진 다 너무 어둡습니다 ㅠ 첨부파일
첨부한 사진처럼 b-actin은 그래도 membrane이 괜찮은데 나머지 ab들은 모두 il-10처럼 membrane이 어둡습니다. 1차 ab는 4도씨 12hr 이상 붙였고 그 후에 워싱 10분x3회 2nd ab 1hr 30min 워싱 10분x3회 그 후에 las 촬영했습니다. 대학원생때 이렇게 줄곧 해온 방법이라 왜 이러는지 모르겠습니다. 지금은 las 촬영때문에 ECL 처리 했던 것을 TBST에 넣어두고 있는데 워싱을 좀 더 하면 될까요? ㅠㅠ
회원작성글 dbkorea  |  11.29
Q. primer 보관 잘못
무슨생각으로 그랬는지 모르겠지만 primer를 받고 DW를 넣은 다음 엘리컷은 안하고 그냥 stock만 4‘c에 하루정도 보관을 해놨습니다… 이정도 오랫동안 4’c에 놨뒀으면 버리는게 나을까요
회원작성글 브르르르릭  |  11.29
Q. GABA receptor 실험에 관해서 사용할 수 있는 도구나 약품 같은게 있을까요?
각성제와 진정제를 동시투여 했을 때 둘이 서로 상쇄되는 효과가 있을지 실험하려고 하는데 실제 사람에게 실험을 하자니 효과를 정확히 측정하기 어려울 것 같고, 그렇다고 실험쥐를 구하자니 구하려면 구할수는 있는데 부담스러워서 방법이 없을까 해서 올려봅니다. (혹시라도 이런 글 올리면 안되는 곳이라면 죄송합니다.)
회원작성글 rheld  |  11.28
Q. 진공 오븐 vacuum oven 수분 제거시 질문
안녕하세요.   실험시 수분을 제거할 때  진공오븐 80도, -0.8bar 로 진공을 걸고 날리라는데 왜 이 조건인지 알 수 있을까요?    
회원작성글 몰랑잉  |  11.28
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