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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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Q. gsh standard curve
안녕하세요  현재  gsh 항산화 실험중인데, gsh standard가 찍히질 않습니다ㅠㅠ 시약 문제라기엔 같은 조건하에, 샘플은 색 변화도 보이고 발현이 확연하게 보이는데, 유독 standard curve만 아무런 변화가 없습니다.. 차이가 있다고 한다면 샘플과 다르게 standard는 상온에 두고 사용하였는데 온도 문제일까요..? 연구실 선배님들도 standard가 잘 안나온다고 하구요,,, 딱 한분만 잘 나왔는데 기존 방법과 다르게 한 것 같지도 않습니다 뭐가 문제인지 감이 잡히질 않아서 질문합니다ㅠㅠ 아시는 분은 알려주세요 엉엉
회원작성글 닉네임 짓기 힘드네  |  09.19
Q. decarboxylase gene
안녕하세요  Biogenic amine 관련해서 실험을 하고 있습니다. 새우젓 분리균주를 통해서 시퀀싱 후, 여러 균주 중에 staphylococcus equorum 균주를 선택하여 Biogenic amine 정량 실험을 진행중에 있습니다. decarboxylase medium 을 통해 정성시험을 거쳐 cadaverine, putrescin, tyramine에서 반응이(노란색ㅡ> 보라색) 일어나는 것을 확인하였습니다. 그래서 이제는 gene이 있는지 pcr를 통해 확인을 하려고 합니다. 그래서 NCBI에서 lysine decarboxylase[staphylococcus equorum] , arginine/lysine/ornithine decarboxylase [Staphylococcus equorum subsp. equorum Mu2] 을 찾았습니다.  제가 궁금한것은.. staphylococcus equorum도 여러 strain이 있는데...species specific한 lysine decarboxylase gene 을 찾는것이 아닌, strian specific lysien decarboxylase gene 을 찾는것이 맞나요... 두번째는, 저렇게 NCBI에서 gene 을 찾았는데 sequence가 protein 형태로 나와있습니다.. 세번째는, 만약 저렇게 찾는게 맞다면, decarboxylase gene sequence를 equorum genome sequence과 비교하여 primer를 제작해야되는데,, equorum의 genome sequence는 어떤걸 사용해야되는건가요.. ㅠㅠ  감사합니다..  
회원작성글 미생물킬러  |  09.19
Q. 대장균 배양기 생존기간
9월 30일에 대장균을 배양하는 실험을 할 계획인데요 원래 계획은 25도로 설정된 배양기에서 3일 동안 넣어둘 예정이었는데 10월 3일에 휴일이어서 총 4일간 배양기에 넣어놔야 될 것 같습니다. 대장균이 다 자라는데 하루면 충분하다고 하는데 4일간 배양기에 넣어두면 이미 죽어있겠죠...? ㅜㅜ실험결과를 봐야하는데 아무래도 휴일에 학교를 나올 수 없으니깐 실험결과에 지장이 많이 될까요...?
회원작성글 기장의삶  |  09.19
Q. 미생물 배지 질문
배지에 미량 영양소를 고농도로 넣으면 어떻게 되나요? 
회원작성글 biori  |  09.19
Q. Q-PCR 프라이머와 읽고자 하는 gene의 길이에 관련하여 질문합니다.
안녕하세요 저는 q-pcr을 진행할려고 하는 학생입니다. gene에 맞는 q-pcr primer를 구글링을 통해 찾았는데, 제가 의문이 든 점은.  일단 제가 보고자 하는 gene의 길이는 약 1800bp입니다. 하지만 나와있는 q-pcr의 프라이머들은 amplicon size가 약 200bp 내외더라구요.  그러면 유전자 전체를 읽지 않고 유전자 내 200bp 정도만 q-pcr로 읽혀도 되는지 궁금합니다. 원래 이러한 방식으로 하는지요.   + 제가 구글링 해서 찾은 q-pcr primer 은 총 4쌍으로, 제가 하고자 하는 gene의 1800bp에서  증폭시키는 사이즈 부위가 다르더라구요, 여기서 어떠한 기준으로 프라이머를  골라쓰면 되는건가요?
회원작성글 룰루랄라라라  |  09.19
Q. Low copy plasmid를 lb broth에서 형질전환해도 될까요
Low copy plasmid를 형질전환할때 soc를 가지고 리커버리 했는데 이번엔 soc가 없고 만들 시간도 없어서 부득이하게 lb로 하려고 합니다. 그런데 soc로 실험할때도 가끔 콜로니가 안 뜰때도 있었는데 그보다 영양 성분이 적은 lb로 리커버리하면 균이 잘 자랄까 걱정되네요. lb broth 양이랑 리커버리 시간을 늘리면 되는건가요? 평소에는 soc 200ul에 리커버리는 대략 1시간 정도 합니다
회원작성글 란란루  |  09.19
Q. ODS gel 세척 하는법 꿀팁 전수부탁드립니다
ODS gel 세척하고 있는데 아세톤으로도 여러번 했는데 색이 너무너무 안빠져요 ㅜㅜㅜㅜㅜ 혹시 세척 꿀팁좀 알려주세요 ㅠㅠㅠㅠ
회원작성글 뚭ㅎ  |  09.19
Q. 진균 TSA 배지 배양할 때
모니터리용으로 TSA를 이용해서 배양 조건만 다르게 해서 세균과 진균을 동시에 보고자합니다. 또 배양된 세균과 진균을 TSA에 계속 순수 분리를 하려고 하는데요.. 제 계획은 같은 TSA 배지에 세균은 37℃ 1~2 DAY, 진균은 28℃ 3~5 DAY 조건으로 순수 분리될 때까지 반복하는 거였습니다.   근데 진균 배양배지는 증류수를 첨가하면 pH때문에 안자랄 수 있다는 글을 봐서요.. 그래서 PDA배지에 주석산을 첨가해서 사용하던데,  PDA말고 진균을 분리할 수 있는 배지랑 방법이 있나요? ㅠ
회원작성글 iklou  |  09.19
Q. Buffer exchange 시
안녕하세요  보통 Buffer exchange 시  1/1000로 희석하는 걸로 알고 있는데  1/1000에 대한 근거 자료 같은 것이 있을까요???? 찾아봐도 찾기 힘들어서 질문 올립니다ㅠㅠ
회원작성글 유니유니_  |  09.19
Q. SDS page 밴드 번짐? 첨부파일
안녕하세요  SDS-PAGE실험 중 궁금한게 생겨서 질문남깁니다.  이전에는 이런경우가 거의 없었는데 최근에 젤 러닝 후 염색하면 항상 레인 밖으로 번지듯이 내려오는게 보여서요  혹시 원인이 뭔지 아시는 분 있으신가요? 그리고 저렇게 내려온 경우 western blot 과정에서 문제가 생길 수 있나요?
회원작성글 ㅇㅎㅇㅎ  |  09.19
Q. Transformation DNA 농도
Transformation 실험을 하는데, DNA plasmid 500ng/10ul 이 있는데,  Complete cell에는 DNA plasmid를 1pg-100ng 첨가 하라고 되어 있는데,  10pg를 첨가할려면 농도를 어떻게 희석 해야 할까요? ㅠ   또, DNA plasmid가 TE bfr에 담겨 있다는데, 희석은 DW로 해도 될까요? 
회원작성글 dhehfl  |  09.19
Q. 나노드랍 이용한 RNA 측정 때 구아니딘 ITC
안녕하세요, 현재 병원성미생물로부터 RNA를 추출하여 cDNA를 합성하고, 그 cDNA를 RT-PCR 돌리는 과정을 하고 있는데요.   나노드랍 찍으면 가끔 Impurity 1 에 Guanidine ITC가 표기되고, Impurity 1 A260 및 Impurity 1 %CV 값과 그에 따른 Corrected (ng/uL)가 나옵니다.   이렇게 나오는 경우에는 RNA를 다시 추출하는게 맞을까요 아니면 그냥 보정된 Corrected 농도로 cDNA를 합성해도 별 문제가 없을까요? 그리고 Guanidine ITC가 나온다는건 washing이 덜 되었다는걸 의미하는걸까요?
회원작성글 촉새  |  09.19
Q. GC 기기의 Split ratio 관련 질문 드려요.
GC 기기 사용 도중 Capillary(주입구) 부분 설정시  Split ratio 부분에 대한 의문이 들어서 질문 올립니다. 이론적으로 예를 들면 Split ratio 를 1/5로 설정시  Split Mode를 Split Mode에 비해 Splitless Mode가  Area(면적)값이 5배가 되어야하는데 2.5배만 결과적으로 나왔습니다. 이는 어떤 문제점이 생긴건지 파악을 하지 못하여 질문 올립니다. 많은 답변 드립니다.
회원작성글 됴엥  |  09.19
Q. 미생물(유산균) growth curve 그리는 방법
미생물의 growth curve를 그릴려고 하는데요, 96 well plate를 이용해서 kinetic mode로 1시간에 한 번씩 측정 전에 shaking 하여 총 24시간 동안 찍으려고 합니다.   여기서 질문은, 1. O.D 600nm에서 흡광도 0.8~1.0 이상이면 값이 정확하지 않아 희석하여 측정해야 한다고 하는데 예비로 실험해봤을 때 stationary phase에서 최고값이 2.5 가까이 나옵니다. 그러면 이럴 때는 중간에 플레이트를 꺼내서 희석하거나 할 수가 없는데 어떤 방법을 사용해야 하나요? 96 well plate를 쓰지 않고 큐벳을 써서 1시간에 한번씩 측정하는 방법 밖엔 없나요??   2. 시간에 따른 흡광도와 log 값의 관계를 보기 위해 0h부터 3시간마다 plating도 동시에 진행할 예정인데, 예전에 0h를 plating 했던 결과를 보면 균 수가 9log 정도가 됐는데 그러면 각 시간별 plating 희석 배수는 어느정도로 하는 것이 적당한가요?  밑에 제가 예비로 실험한 growth curve 그래프를 첨부하겠습니다. 참고로 제가 실험한 방법은 1. glycerol에 1:1로 mix된 균 스탁을 10mL MRS broth에 접종한다. 2. 24h 배양 후 200uL를 따서 새 MRS broth 10mL에 접종한다. 3. 새 MRS broth에 접종하자마자 200uL씩 따서 96well plate에 분주 후 kinetic mode로 24h동안 흡광도를 측정한다. 4. 그동안 새 MRS broth에 접종한 때를 0h로 하여 3시간 마다 plating한다. (plating 할 때는 접종된 broth에서 100uL를 따서 1X PBS buffer 10mL에 희석한 후 거기서 다시 1mL을 따서 다시 새로운 PBS 9mL에 희석하는 방식으로 serial dilution하여 희석한다.)   답변 기다리겠습니다... 감사합니다..!!
회원작성글 니가가라하와이  |  09.19
Q. 중학교 학생입니다. 세균 배양 배지를 어떻게 처리하면 좋을까요?
중학교 1학년 학생 입니다. 소독제 사용 전후를 대조군으로 삼아서 한천 배지에 세균을 배양할려고 하는데요, 처리가 걱정입니다.  학교에는 오토클레이브 등의 고압멸균기도 없어서 선생님께서는 한천배지를 알코올 램프 위에 놓고 가열해 처리하는 방법을 제시하셨는데요....  압력솥에 찌는 방법도 고려해보았는데, 마찬가지로 학교에 압력솥도 없어서요... 동아리 부원 개인이 집에서 찌라고 하기에는 위생상 걱정이 됩니다.  그리고 배양 접시가 플라스틱이라 처리할려면 유리 샬레로 옮겨야 될 것 같은데 그 과정에서 포자가 퍼져서 문제가 될 것 같아 걱정입니다.  어떻게 처리하면 되나요? 
회원작성글 nayunkim  |  09.19
Q. 해열성분분리 실험
헥세인과 아세트산에틸로 전개 용매를 만들었습니다. 농도를 각각 2:8 5:5 8:2로 진행을 했습니다. 분석하고 싶은 약의 종류가 극성이고 아세트산에틸도 극성이기 때문에 아세트산에틸이 많은 2:8의 비율로 실험을 했을 때 전개가 가장 많이 되는 것이 맞나요? 또, tlc의 전개 원리가 극성무극성으로 인해 생기는 것이 맞나요?
회원작성글 ㄱㅇㅂ  |  09.18
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