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BioLab 최수진 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
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Q. RNA와 비타민b12가 너무 강하게 결합한거 같습니다.
RNA aptamer관련 내용입니다.   random sequence를 가진 RNA pool(전체 길이:116nt, 양끝은 고정서열 가운데 30서열이 random입니다.)에서 압타머 선별과정을 통해 비타민 B12와 결합하는 RNA압타머를 선별하려고 합니다.   비타민B12와 결합한 RNA 압타머의 서열을 알기위해 RT-PCR을 진행했는데 밴드상 길이가 가운데 랜덤 서열이 짤리고 양끝 고정서열(프라이머가 붙은 서열)만 존재했습니다.    추즉 상 RNA와 비타민이 너무 강하게 결합해서 RT 혹은 PCR과정에서 DNA중합효소가 작용하지 않았나 싶습니다.   질문: RNA와 비타민B12의 결합력을 약하게 안다음에 RT-PCR을 진행해보려 합니다. 결합력을 약하게 하는 방법이 있을까요? 
회원작성글 몽씨  |  2019.09.18
Q. siRNA transfection실험 중인 학생입니다.
p38/ERK2 siRNA transfection을 하여   PGs에 의한 COX-2의 발현에 어떤 영향을 주는지 확인하는 실험을 하고있습니다.   WB를 하였을 때 계속 siRNA transfection을 한 세포에서 basal COX-2가 transfection을 하지 않은 세포의 COX-2보다 월등히 높게 나옵니다.   PGs를 처리 한 그룹에서도 마찬가지로 줄어들어야 할 COX-2가 더 높거나 비슷한 결과를 보여줍니다.   혹시 siRNA fragment가 COX-2를 유도 할 수 있나요?   실험 조건은 siRNA 40nM, Lipofectamine 12ul로 total media volume 4ml로 맞춰서 8시간 transfection하고 48시간 후 PGs를 처리하고있습니다.
회원작성글 NewBie  |  2019.09.06
Q. RNA annealing buffer 제조 시 ph어떻게 맞추나요?
여러 rna가락들을 annealing 하려고 합니다. 참고문헌에 annealing buffer가 있는데 ph를 8.3으로 만들랍니다.   근데 buffer를 DEPC-treated DW(RNAase free DW)로 만든 후  오토클레이브를 돌리고 HCl을 이용해서 ph를 맞출 때, ph미터기가 buffer에 잠기는데 그 부분은 RNAase free가 아닌데 괜찮을까요?   아니면 ph미터기에서 buffer에 닿는 부분은 DEPC-treated DW로 좀 씻고 진행하면 될까요?..   * ph를 맞춘 후 오토클레이브를 돌리면 ph가 변한다는 글을 봤었는데  차라리 ph어느 정도 변할 껄 감안하고 오토를 마지막에 하는게 나을까요..
회원작성글 몽씨  |  2019.08.15
Q. 특정 길이 RNA의 존재여부 확인 질문입니다
phenol/chloroform을 이용해서 DEPC treated DW로 buffer change를 하고 그 속에 길이가 116nt인 RNA의 존재여부만 확인 하고싶은데 혹시 방법이 있을까요?    추후 과정이 RT-PCR인데, RT-PCR을 하기전에 특정길이 RNA가 있는지를 확인하고 싶어서 그렇습니다. 아가로스젤 전기영동으로 확인 할 수 있을까요?
회원작성글 몽씨  |  2019.08.11
Q. Aptamer(압타머)의 in vivo 활성질문입니다
Aptamer의 dna서열을 플라스미드로 대장균에 넣어주려고 합니다. 그러면 대장균이 전사를해서 aptamer로 사용하지않을까 합니다.   근데 논문을 보니 in vivo(cell 내부)에서 aptamer를 사용 했다는 사례가 없더라구요. 혹시 이와 관련해서 사례나 관련 정보 좀 알려주실 수 있나요?  
회원작성글 몽씨  |  2019.07.10
Q. hnRNA, pre-mRNA
hnRNA가 mRNA의 전구체라는 데 pre-mRNA와는 다르다고 합니다. 정확한 차이가 뭔지 모르겠습니다.
회원작성글 짱임극혐  |  2019.06.14
Q. TLC(박층크로마토그래피)를 하려고 하는데 sample별 solvent조성이 궁금합니다
안녕하세요 정부출연원에서 석사과정 1학기중인 대학원생입니다.   이번에 미생물 배양 후 원심분리하여 상층액을 취한후 상층액의 대사물질을 TLC로 분석하려 하는데 이에 따른 solvet 조성을 어떻게 해야할지 감이 안잡히네요... 논문 찾아봐도 이쪽으로는 잘 안나오네요.. 잘못썼다가 망칠것 같기도 하고..  추가적으로 dye염색시 사용하는 시료도 알려주시면 감사하겠습니다. 여기엔 uv램프가 없더라구요...  
회원작성글 오태식이  |  2019.06.12
Q. RNA를 cDNA로 한번에 합성할 수 있는 one step RT kit 추천부탁드립니다.
RNA를 cDNA로 한번에 합성할 수 있는 키트 추천좀 부탁드립니다.
회원작성글 Applied_Mi..  |  2019.06.12
Q. 구입한 miRNA를 어떻게 어디에 녹여야 할까요...
제가 miRNA를 구입하여 CELL에 transfection 시킬려고 합니다 그러기 위해 원하는 miRNA를 구입하였는데... 아무리 찾아봐도 해당 information Sheet에 얼마를 녹여야 하는지가  없는것 같습니다( amount:5nmole ) 너무 기본적인 것이라 다들 아무도 질문을 안하시는지 아무리 찾아도 찾을수가 없네요.. ㅎㅎ     찾아보니 5nmole로 표기 된것은 파우더 자체 mole농도이고 이걸 nuclease-free water에 원하는 만큼 녹여서 사용한다고  하는데, 그럼 만약 제가 1nmole로 stock을 만들어 보관하고 싶다면 nuclease-free water를 5ul넣으면 된다는 말일까요?    
회원작성글 행운13  |  2019.06.11
Q. 드로샤가 정확히 rRNA processing에서 하는 일이 무엇인가요?
드로샤가 pri-mrRNA를 잘라서 pre-miRNA로 만드는 역할이 밝혀지기 전에 rRNA processing에서의 역할이 먼저 알려졌는데 그 역할이 정확히 무엇인가요? 12S와 32S pre-rRNA의 축적에 연관이 있다고 알고 있는데 그것이 정확히 무슨 의미인가요?
회원작성글 농지  |  2019.05.18
Q. RPA 실험 중 probe가 mature miRNA보다 긴데 그 이유가 무엇인가요? 첨부파일
RPA 실험을 통해 드로샤의 역할을 알아보는데 mature miRNA의 경우에만 probe가 miRNA보다 더 깁니다. 그 이유가 무엇인가요? 그리고 probe와 protected probe은 뭐가 다른가요? probe에서 잘리고 남은 부분이 protected probe 인가요?
회원작성글 농지  |  2019.05.18
Q. 드로샤 논문 중 flag IP 실험에서 드로샤와 다이서의 양이 10으로 고정되어 있는 이유가 무엇인가요? 첨부파일
드로샤 초기 논문에서 flag IP를 이용해 드로샤와 다이서를 넣어서 activity를 알아보는 실험 중 그 양을 둘을 합쳐서 10으로 하였던데 그 양을 정하는 기준이 무엇인가요?
회원작성글 농지  |  2019.05.18
Q. miRNA를 drosha가 자르고 나서 남은 부분은 왜 젤에 안 나타나나요?
김빛내리 교수님 드로샤 논문 읽는 중인데 실험을 확인해보면 드로샤가 자르고 남은 20, 25nt는 전기영동 내린 다음 안 나타나는 것 같습니다. 원래 잘리고 남은 부분은 젤에 뜨지 않는 건가요? 저절로 degradation되는 것인가요?
회원작성글 농지  |  2019.05.18
Q. qRT-PCR을 하려고 하는데 RNA농도가 괜찮은지 봐주세요ㅜㅜ
RNA뽑고 cDNA만든다음에 realtime PCR을 하려고 하는데요 RNA농도가 390이고 260/280 ratio가 2.0, 260/230 ratio가 0.8이 나왔는데 이 RNA를 사용해도 될까요?? 260/230 ratio가 너무 낮아서 사용해도 괜찮을지 고민입니다ㅜㅜ 다시 RNA를 뽑을 샘플도 없어서요..
회원작성글 soor  |  2019.05.18
Q. total extract는 nucleus와 cytoplasm 둘다 포함하는 것인가요?
드로샤 초기 논문에서 total extract와 flag IP를 비교하는 실험이 있는데 total extract가 nucleus와 cytoplasm extract 둘다를 의미하는 게 맞나요?
회원작성글 농지  |  2019.05.16
Q. miR-30a의 의미가 무엇인가요?
드로샤를 처음 발견한 논문에서 miR-30a, miR-23 등을 사용했는데 뒤의 숫자가 무슨 뜻인가요?
회원작성글 농지  |  2019.05.16
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