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BioLab 정래동 교수
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Q. real-time pcr할때 전기영동을 하지 않는 이유가 궁금합니다.
안녕하세요, real-time pcr을 배우고있는 석사학부생입니다. 이번에 conventional pcr과 real-time pcr의 차이를 찾아보고 있는 도중 real-time pcr 과정에서 Ct값을 확인해서 증폭값을 확인할 수 있는데, 내가 원하는 target template만 증폭됐는지 알기는 전기영동을 하지 않는이상 어렵지 않나요..? 그런데 다른 선배님들은 전기영동을 따로 하지 않으시더라구요.. 아직 배우고있는 과정이라 궁금한게 많습니다. 도움 부탁드립니다.
회원작성글 jleep  |  08.09
Q. viralRNA qPCR RFU값 관해 질문드립니다.
안녕하세요.  실험 중 궁금한 점이 있어 질문올립니다. viralRNA를 qPCR로 검출하는 실험 중 plateau의 RFU값이 낮게 나오는데, 원인을 모르겠습니다.   실험 과정은 1) 백신에서 추출한 viral RNA를 onestep qRT-PCR로 검출시 그래프가 잘 그려졌습니다. 2) 문제는, 실제 바이러스와 백신에서 각각 추출한 viral RNA를 twostep qRT-PCR로 검출 시 바이러스에서 추출한 cDNA의 최종 RFU값이 낮게 그려집니다. 백신에서 추출한 cDNA의 경우 최종 RFU값이 이전처럼 높게 나오구요. ct값은 오히려 바이러스에서 추출한 샘플이 높게 나옵니다. - 2번 실험에서 qPCR은 qiagen의 quantitect onestep mix에서 RT만 빼고 사용했습니다. 혹시 이게 문제가 될 수 있을까요? 의견 부탁드리겠습니다!
회원작성글 harnster  |  08.08
Q. 좋은 primer를 선택하는 방법 첨부파일
안녕하세요. PCR primer를 디자인할때 어떻게 고르면 잘 고를 수 있을지 질문하고 싶어서 글 남깁니다.   제가 primer-blast를 여러 조건을 넣고 돌렸는데, 사진처럼 여러 프라이머가 나옵니다.   원래 여러 프라이머가 나오는건 알지만 문제는 프라이머끼리 겹치는 부분 때문에 어떤 것을 선택하면 좋을지 잘 모르겠다는겁니다...   혹시 기준 같은 것이 있을까요? 알려주시면 감사하겠습니다ㅠㅠㅠ
회원작성글 미니썬  |  08.08
Q. 학부생 QTL Analysis 공부
안녕하세요! 농업을 전공하고 있는 3학년 학부생입니다. 현재 IRRI에서 인턴을 진행중에 있는데 QTL mapping을 이용한 연구를 보조하는 업무를 맡을 것같습니다. 그래서 QTL에 대해 기초부터 고급까지 자세히 알고 싶은데 아직 제대로 찾아보지는 않았지만 자료가 많이 없는 것같아서요.. 그래서 다들 QTL을 처음 공부할 때 어떤 경로를 통해 공부를 하셨나요..? 관련 서적이나 사이트, 유튜브 등등 어떤 것이든 추천해주면 감사할 것같습니다...!
회원작성글 kwonbio  |  08.08
Q. mrs 배지 유산균 배양 질문드립니다.
안녕하세요 실험을 준비하고 있는 학생입니다. 아는것이 많이 없어 최대한 조사하면서 공부하고 있는데 많이 막막해서 의견을 여쭤봅니다.. 저희가 시중에 판매하고 있는 유산균(분말, 캡슐 형태)을 활용해서 실제 썩힌 음식에서 채취한 식중독균을 억제할 수 있는지를 실험하고 싶습니다. 원래는 김치와 같은 식품을 쓰려 했는데 그 속에 유산균 말고도 다른 세균이나 등등이 영향을 줄 수 있다고 해서 시중의 최대한 순수한 유산균 가루를 쓰려고 합니다. (음식으로 해도 가능할까요?)   1. mrs 배지에 판매하고 있는 유산균 가루를 멸균수에 희석해서 도말해서 배양 2. 실제로 썩힌 음식을 멸균수에 넣어서 상등액을 일반 배지에 도말해서 배양 그리고 나서 디스크 확산법을 활용해 배양시킨 유산균이 일반 배지의 균을 억제하는지 확인을 하고 싶은데요...방법을 아무리 찾아봐도 정확히 모르겠습니다 ㅠㅠ Q. 1)여기저기 찾아보니까 mrs 배지에 유산균을 배양시키고 원심분리기 를 이용해서 상등액만 사용해라..는 말이 나오는데 액체 mrs 배지를 사용하는건가요..?? 배양액이 액체 상태의 mrs 배지인가요..? 2)배양시킨 유산균을 어떻게 액상으로 해서 식중독균에 실험하는지 잘 모르겠습니다. 3) 무균 상태 대신 알코올 램프로 대신해도 가능한가요? 4) 원심분리기가 없으면 가만히 오랜 시간동안 두고 상등액만 쓰는 건.. 너무 비과학적인 거겠죠?ㅠㅠ 5) 디스크 확산법에서 한 배지에 여러 유산균을 한 번에 여러 디스크로 테스트해도 되나요? 성장 억제 지대가 서로 막 겹치고 그렇진 않죠..?  너무나 기본적인 내용이라 죄송합니다...! 
회원작성글 생과공부  |  08.08
Q. live imaging
APC gene mutation 된 MACF10를 ctl 10A와 비교하여  b-catenin 의 nuclear translocation을 confocal로 live image 찍으려고 합니다. cell이 살아 있는 상태여야해서 fix는 안될 것 같은데 Ab가 nucleus안까지 들어갈까요? cell에는 damage 주지않으면서  Ab를 넣는 방법 뭐가 있을까요?   의견 부탁드립니다.
회원작성글 새슬  |  08.08
Q. HPLC retention time 및 wavelength 관련 질문
HPLC 관련 실험을 진행하고 있는 연구원 입니다. 관련 공부를 할려고 논문을 보다보니 식물 추출물 관련해서 두가지 다른 물질이 같은 retention time 을 가지고 다른 wavelength를 가집니다. 논문에서는 retention time과 wavelength를 기반으로 분류하였다고 되어 있는데 같은 부서의 연구원 분이 이 부분이 이상하다고 합니다. wavelength의 차이는 피크의 크기 차이만 생길 뿐이지 wavelength차이로는 다른 물질의 구분이 안되고 다른 물질의 구분은 retention time 만으로 한다고 합니다.  그리고 연구원 분의 말씀이 맞다면 retention time이 같은데 어떻게 다른 물질로 판단하는 기준이 뭔지 궁금합니다.  앞선 실험을 하셨던 여러 선배님들의 조언을 구합니다. 
회원작성글 막5  |  08.08
Q. 형광현미경
  96well plate 에 염색한 세포 깔아주고 여러 조건으로 실험 진행 후  형광 형미경 촬영시 한 샘플 당 대표이미지 4~5장 (10x 배율로) 촬영 후 형광 정도 정량하여 분석 진행하고 있는데요,  아무래도 전체 well 을 다 촬영하는 것이 아니라 분석이 주관적인 부분이 있는것 같습니다.    혹시 96well plate -1well 전체를 다 스캔하여 촬영하고 이미지를 얻을 수 있는 형광 현미경이 있을까요??    
회원작성글 jhd2800  |  08.08
Q. 어떤 protein의 E3 ligase가 밝혀져 있지 않았을 때 이를 찾아내기 위해 보통 어떤 step을 거치나요?
어떤 protein의 E3 ligase가 밝혀져 있지 않았을 때 이를 찾아내기 위해 어떤 step을 거쳐서 밝혀낼 수 있을까요?
회원작성글 Dozmal  |  08.08
Q. 유통기한에 따른 성분 변화
식품 일반 성분 분석 실험을 진행중인데요 유통기한이 짧은 식품의 경우 유통기한에 따라서 식품 일반 성분(조지방, 조단백, 회분, 수분, 탄수화물 등)의 변화가 있나요?
회원작성글 mgil48977  |  08.08
Q. 고등학교에서 바이러스와 균 관련 실험을 하려 합니다만 관련 분야의 지식이 부족합니다. 도와주세요
안녕하십니다. 혼자서 실험을 설계해보다 막히는 부분이 있어 도움을 청합니다. 제가 할 실험은 세균에서의 단백분해효소 억제제의 작용을 살펴보는 것 인데요, 여러가지 질문들이 있습니다. 1. 일반적인 고등학교에서 대장균을 배양하는 것이 가능할까요? 배양기 등 장비는 어느정도 갖춰져 있습니다. 혹 대장균이 불가능하다면 어떤 세균들로 대체할 수 있을까요? 2. 단백질분해효소억제제는 시중에서 전문 의약품 형태로만 판매하고 있는 것으로 알고 있습니다. 혹시 따로 추출하거나 구입하는 방법을 아시는지요? 3. 혹시 이와 관련된 선행 연구를 본 적 있으십니까? 실험 설계 과정에서 참고하려고 해도 없는 것 같아서요... 처음으로 실험을 구상해보는 거라 만만치가 않네요.. 많은 도움 부탁드립니다. 
회원작성글 아싸리고등학생  |  08.08
Q. muscle primary cell 분화 실험이 진행이 안됩니다.
chicken 다리 근육에서 얻은 primary cell입니다. sorting은 percoll로 진행하고 있는데요   differentation 실험중에 있는데 Hores serum를 10%, 5%, 2% 로 각각 처리하면서 최적화중에 있습니다. 다른 논문들을 찾아보니 재각각으로 처리하는 논문들이 많고 해서 다양한 농도로 진행하고 있었습니다.   그런데 문제는 P0 즉 바로 얻은 cell에서는 따로 HS를 안쓰고 FBS에서 분화가 자연적으로 발생하는데 P1에서 HS 및 FBS로 분화 유도를 하면 myotube가 형성되기 전에 cell들이 막이 생기면서 바닥에서 떠오르면서 공처럼 뭉치고 있는데 왜 그럴까요?  
회원작성글 정오  |  08.08
Q. fluorescence reader 시 black plate bottom 관련
이번에 ROS 측정을 하려고 protocol을 확인중에 black plate clear bottom을 쓰라고 되어있더라구요   근데 랩실에서는 막힌거만 있고, 현재까지 FL 측정시에 문제 없었거든요 suspension cell 가지고 실험할거라서 clear bottom으로만 측정해야하나요?   다른랩에서 하는 걸 보니, clear bottom을 막아서 측정하시는 분도 계시던데.. bottom reading 하는게 아니면 clear를 안써도 되는 건가요? plate의 종류 때매 너무 헷갈리네요
회원작성글 YeKy  |  08.08
Q. 고분자 석출 후 회수
안녕하세요, 최근에 새로 고분자를 합성하였는데요. 우선 DCM에 최대한 농축된 상태로 녹인 후 250 mL 메탄올에 dropwise로 첨가하여 석출시키고자 했습니다. 시간이 지나고 용액 색은 탁한 주황색이 되었고 벽면에 눌어붙은 것도 조금 보이는 것으로 보아 석출이 진행됐다고 판단했습니다. 그래서 감압여과로 필터 위에 부어서 석출된 고분자를 회수하려고 했는데요.. 처음에 Chmlab, MTF/H Grade, PTFE hydrophobic membrane filter, pore size 0.2 μm, diameter 47 mm 멤브레인 필터를 이용했습니다. 여과액이 노란색인 걸로 보아 여과가 잘 진행되고 있구나 했는데 여과액이 몇방울 떨어지고 얼마 안가 여과가 진행되지 않는 겁니다. 한참 기다려도 너무 느리길래 감압을 풀고 부어놓았던 용액을 다시 회수한 후 필터의 상태를 보니 필터 위에 뭔가 걸러져서 쌓여있다기 보다는 주스나 찌개국물을 엎은 종이처럼 필터 표면에 뭔가 흡착된 것처럼 보였습니다. 아마 그래서 필터의 pore를 모두 막은 것으로 추정하고 있습니다. 혹시 pore size가 문제인가 하여 더 큰 1~2 μm pore size로 시험해봤는데, 이 경우에는 여과액이 용액과 같은 탁한 주황색으로 떨어지고 이마저도 얼마 안가 다시 막혀버립니다. 이러한 상황에서는 원심분리기를 이용하는 것이 답일까요? 만약 그렇다면 원심분리 후에는 똑같이 멤브레인 필터로 감압여과 한 후 메탄올로 씻어내면 될까요?
회원작성글 크랑  |  08.08
Q. AVPR2 유전자 점돌연변이 제거 모의 실험 오류 확인
고등학생입니다. 신장성 요붕증의 원인인 AVPR2 유전자의 점돌연변이를 잘라내는 모의 실험을 계획했는데요.  10-23 DNAzyme을 이용해 제거하고 AVPR2 유전자의 점돌연변이 부분을 제거하여 제거가 잘 되었는지 확인하는 실험입니다. AVPR2 유전자 돌연변이로 280번째 아미노산이 치환되어 신장성 요붕증이 발생한 것이므로 ncbi에 들어가 정상인의 280번째 아미노산을 확인한 정상인과 신장성 요붕증 환자의 염기서열을 비교해 돌연변이 위치를 파악합니다. 그 후 이 돌연변이만의 10-23 DNAzyme를 설정하고 제대로 절단됐는지 확인하고자 AVPR2 유전자의 점돌연변이 mRNA 절단 여부를 판단합니다. 잘라낸 부분의 mRNA를 증폭시키기 위한 primer를 설정하고 전기영동의 각 Lane에 대조군인 AVPR2 유전자의 돌연변이 mRNA, AVPR2 유전자의 돌연변이로 인한 신장성 요붕증 환자의 DNA, 증류수를 넣는다고 가정했습니다. 실험군으로는 직접 설정한 DNAzyme을 이용해 돌연변이를 제거한 환자의 mRNA를 넣고 프라이머 등을 넣는다고 가정했으며 RT-PCR 후 전기영동을 통해 증폭 여부를 판단하여 가설의 성립 여부 확인으로 모의 실험이 종료됩니다. 이 모의 실험에서의 오류가 있을까요??
회원작성글 꺅꺅  |  08.08
Q. 젖당 오페론 실험
고등학교 학생인데 젖당 오페론이 작용할 때와 억제될 때의 차이를 농도에 따라 비교해보려고 합니다 원래 대장균은 젖당이 아니라 포도당을 에너지원으로 쓰지만 포도당이 없을 때 오페론이 작동하여 젖당을 분해하는거니까 포도당만 있는 배지와 젖당만 있는 배지에 각각 대장균을 배양하여 젖당 오페론의 작용을 확인하고 두 에너지원 중 어떤 것이 더 효율적인지 실험을 통해 확인하고 싶습니다 (아마 포도당이겠죠?) 만약 포도당만 있는 배지에 있는 대장균과 젖당 대장균의 콜로니를 평판계수법으로 비교하면 더 콜로니가 많은 쪽이 에너지원으로 효율적이라고 볼 수 있는가요?
회원작성글 luxxuria  |  08.08
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