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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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Q. Gradient primer bp 결과가 marker size에 안맞을 수 있나요? 첨부파일
안녕하세요 대학원에 재학중인 학생입니다! mouse pancreas를 이용하여 gradient를 진행하였는데, 이번에 NCBI BLAST를 돌려서 primer를 새로 찾았습니다. 현재 사용중인 100bp ladder는 nanohelix사 이구요, 374bp인데 200과 300bp 사이에 위치하게 running되었습니다. 찾은 primer는 374bp가 맞아서, primer는 문제가 없다고 생각됩니다. 사용한 agarose gel은 1.5%이고, 1X TBE buffer에  25min간 running하였습니다.   제가 생각하기엔 marker가 문제가 있는것 같은데 맞을까요? 혹시 marker에 문제가 있다면 확인하는 방법이 무엇이 있을까요? 답변주시면 감사드리겠습니다!   
회원작성글 대학원생요조  |  2020.08.25
Q. output해석을 어떻게 해야하는 건가요(overlapping region) 첨부파일
overlapping 된 부분을 찾고 있는데 결과 해석을 어떻게 해야 할 지 모르겠습니다. (queryHits, subjectHits,integer,queryLength, subjectLength) 특히 query, subject, integer는 직역 하면 의미가 더 이상해져서 어떻게 이해해야 하는지 난해합니다.
회원작성글 일요일  |  2020.08.17
Q. Estimating the dispersion
GLM Trended Dispersion 과 likelihood ratio test가 뭔가요? 그리고 왜 분산을 구하고 선형화를 진행하는 건가요?
회원작성글 일요일  |  2020.08.13
Q. RNA 추출 도와주세요
이번에 RNeasy mini kit를 이용하여 RNA를 추출하였습니다 1. HDF cell 1*10^6 cells/6well plate에 seeding하여 24시간 배양 2.10 ug/mL+Sample 처리하여 24시간 배양 3. RNA 추출 과정에서 셀이 적은 것 같아 350 uL RLT를 처리하여 회수하였습니다 저번에 실험하니 A260/230 수치가 낮은 것을 확인 하여 이번 실험에서는 유기용매가 유입되지 않게 컬럼 주변도 닦아가며, tube도 바꿔주며 단계단계 진행을 하였습니다. 그런데 Sample Name Nucleic Acid(ng/uL) A260/A280 A260/A230 A260 A280 Nucleic Acid Factor Baseline Correction (nm) Baseline Absorbance Sample 1 71.826 2.098 1.151 1.796 0.856 40 340 -0.106 Sample 2 86.085 2.055 0.678 2.152 1.047 40 340 0.023 Sample 8 14.003 2.21 0.459 0.35 0.158 40 340 0.179                   나노 드랍을 이용하여 측정해보니, cDNA합성 하지 못할 수준으로 나왔더라구요 문제가 무엇인지.... Sample 1.의 경우 A280수치가 낮은 것으로 보아 셀이 부족했던 것일까요?? 그렇다면 cell seeding을 더 많이 할지, RLT를 더 적게 처리해야 할지.. Sample 2-3.의 경우 A260/230 수치가 너무 낮은 것 맞죠? 유기용매 유입된 것으로 보이는데,,,이번엔 실험에서는 단계단계 신경써서 했는데 또 수치가 낮게 나오네요 문제가 무엇인지...ㅠㅠ 몇일 동안 RNA추출만 하고 있습니다 도와주세요
회원작성글 가즈아분자생물  |  2020.08.13
Q. qPCR 질문드립니다.
안녕하세요 큐피씨알을 이번에 공부하고있는 초보 실험자입니다 . Ct값을 사용하여 값을 구하는건 아는데 인터넷에 서치해보니 cq값이라는 말도있는데 둘이 동일한말인가요? 아니면 다른 차이가있는지 궁금합니다.
회원작성글 Yjn  |  2020.08.12
Q. dim=c()이 의미하는게 뭔가요? (R studio) 첨부파일
plotMDS(dgeobj,dim=c(3,4)) 에서 dim=c(3,4)가 의미하는게 뭔가요? dim()이 데이터 객체의 차원을 정하는 것이라고 하던데, 이 명령어에서 plot에 어떤 영향을 준건지 잘 모르겠습니다. (우측 그래프가 위의 명령어를 입력했을 때 나오는 MDS plot입니다.)
회원작성글 일요일  |  2020.08.09
Q. mRNA gene expression 결과 해석 (멜팅커브는 잘 그려졌는데 결과가 이상할때..)
  안녕하세요.. 지금 현재 한가지 식물에 대해서 상위,하위 유전자 발현을 real-time PCR을 이용하여 계속해서 분석하고있습니다. 여러가지 유전자들 중, 어느 몇 몇개의(13개중 2개) 유전자 결과가 예상한대로 나오지 않습니다..  멜팅커브는 잘 그려졌는데 처리구별로 큰 차이를 보이지 않아 프라이머 문제가 아닐까 생각하고 있습니다. 하지만 어떤것이 문제인지에 대해 지식이 없어서 감이 잘 안옵니다.. 멜팅커브는 1개로 잘 그려졌는데 결과가 좋지 않을 경우엔 어떤 원인이 있나요..? 프라이머가 잘못됐는지 알수있는 방법은 어떤것들이 있나요..? 절박해서요.. 아시는 선배님들에 대한 답변 기다리겠습니다 ㅠㅠ 감사합니다..
회원작성글 로봇의비밀  |  2020.08.06
Q. pH와 PCR의 관계 & pH와 miRNA의 관계
안녕하세요 바이오의공학과에서 Serum 내에 있는 RNA를 농축하는 디바이스를 만드는 학생입니다. 디바이스가 작동이 잘 되는지 확인해보기 위해서 PCR을 찍었는데요. Nanodrop에서는 RNA 파장대가 높다고 나오는데,  PCR에서는 나오지가 않아서 이렇게 문의드립니다.  장치를 사용하면 pH값이 높아지는데, 이로 인해서 PCR이 잘 안되거나 혹은 miRNA에 변형이 일어난건가 잘 모르겠어서 이렇게 질문합니다!  
회원작성글 SUNGMIN  |  2020.08.03
Q. qRT-PCR 기계 Calibration에 관한 질문입니다.
안녕하세요 현재 대학원에 재학중인 학생입니다!   저희 실험실은 최근 3년정도 qRT-PCR을 하지 않았습니다. 근데 제가 듣기로 qRT-PCR기계를 calibration을 하여 영점(?)을 맞춰줘야 실험이 진행가능하다 라고 전해들었습니다. 그래서 궁금한 사항이 있는데요! 1. 어느정도 기간마다 calibration을 진행해야 할까요? 2. 한번 할때 가격은 어느정도 지불해야하나요? 이렇게 아시는 분들은 답변해주시면 감사드리겠습니다! 감사합니다!!!
회원작성글 대학원생요조  |  2020.08.02
Q. cDNA보관
cDNA를 qPCR 에 사용하기위해 현재 이주동안 냉장보관 하였습니다. 어제까지만 실험해도 값은 일정하게 나와 깨진가같진 않는데,, 계속 실험을 해야할거같아서 어떻게 보관해야할지 모르겠습니다 얼렸다 녹였다를 반복하면 더 안좋을거같아서 냉장보관 중 인데 오래하면 깨질까봐 걱정이네요.. 냉장보관을 언제까지 해도 되는지 또 보관을 어떻게 하는게 좋을지 조언 부탁드립니다
회원작성글 Yjn  |  2020.08.01
Q. qPCR 실험에 대해 궁금합니다
안녕하세요 qPCR 실험을 막 시작한 초짜입ㄴ다 같은 종의 개체 3개에서 RNA 추출 후 cDNA 를 합성하여 qPCR 을 진행했는데 큐피씨알의 ct 값이 한 개체만 유독 크게 나옵니다. 예를들면 두개의 개체가 23,22 이렇게 나오면 하나는 28이렇게 나오더라구요.. 혹시 rna퀄리티의 문제일까요 ? cDNA 를 합성하여 pcr 후 전기영동으로 band 를 확인했을 땐 1개의 밴드로 선명히 나왓는데.. 물어볼곳이 없어 여기에 남깁니다...
회원작성글 Yjn  |  2020.07.30
Q. CPM
R을 이용해서 RNA seq analysis를 하고 있는 학부생입니다. 이 과정에서 CPM(count per million) 값을 구하라고 하던데, 이 CPM값이 뭘 의미하는 건가요?
회원작성글 일요일  |  2020.07.29
Q. DGEList
DGEList가 뭔가요?
회원작성글 일요일  |  2020.07.29
Q. real time-PCR에 사용되는 프라이머에 대해 질문드려요
안녕하세요 real time qPCR 세팅을 하려고 합니다 이전에 PCR사용하셨던 사람이 프라이머를 짜놓고 갔는데 프라이머 관련 시트도 찾아볼 수 없어서 염기서열 구글링 해보니 human primer더군요 저는 mouse cell의 RNA를 추출하여 분석하고자 하는데 이 human primer 사용해도 될란지요?? human primer가 mouse cell에도 사용되었는지 찾아보았지만 논문자료가 안나와 있더라구요 이럴땐 어떻해야하죠??  
회원작성글 가즈아분자생물  |  2020.07.28
Q. Entrez Gene ID
Entrez Gene ID가 뭔가요?
회원작성글 일요일  |  2020.07.22
Q. Recombinant cytokine 처리 후 qPCR로 확인했을 때 mRNA 발현량이 차이가 나지 않는 이유가 무엇일까요?
안녕하세요, RT-qPCR 초보입니다ㅠㅠ in vitro 실험으로 cell에 직접 recombinant cytokine을 처리한 후 qPCR을 진행했는데 control과 비교해서 처리군에서 아무런 mRNA 발현 변화가 없었습니다.   recombinant cytokine 처리 시간은 다른 실험을 통해 이미 working하기에 충분한 시간임을 확인하고 진행하였습니다.   RNA 농도 및 cDNA 농도 역시 nanodrop으로 확인을 하고 진행하였는데, RNA 농도와 cDNA 농도에는 문제가 없다고 생각했었습니다. (RNA는 100 ng/uL, DNA는 1000 ng/mL 정도 였습니다. A260/A280 ratio는 RNA는 1.9, DNA는 1.8정도였습니다.)   RT-qPCR을 돌릴 땐 5X SYBR green 5uL, Primer 1 uL, DNA 1uL 씩 넣고 돌렸습니다.   혹시 이러한 경우를 경험하신 선배님들 있으실까요?ㅠㅠ   있으시다면 어떤 점이 문제였는지, 어떻게 해결하셨는지 경험에 대해 듣고싶습니다.  
회원작성글 Cinnamon  |  2020.07.16
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