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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. PCR premix 만들었는데 반응이 안됩니다.
안녕하세요! 이번에 PCR을 좀 더 쉽게 돌릴 방법을 찾는다고 premix를 만들어서 사용하려고 여러 시도 중에 있습니다.   dye까지 들어간 프리믹스를 만들고 싶어서 일반적으로 전기영동을 내릴 때 쓰는 6X loading buffer를 첨가하여 premix를 만들어 PCR을 돌려보았는데요 결과적으로 증폭이 확인되지 않았습니다ㅠㅠ 6X loading buffer 말고 그냥 dye만 넣어서 만들었어야하는 걸까요? 새롭게 만든거랑 시제품이랑 섞어서 돌리면 또 잘 나오거든요... 대체 문제가 무엇일까요ㅠㅠ 혹시 dye 넣고 프리믹스 만들어보신 분 계시다면 조언 부탁드립니다!
회원작성글 조조조  |  09.21
Q. raw264.7 cell 이 LPS 로 ROS 자극이 안돼요
RAW셀에 LPS 1ug/ml 로 자극해서 ROS 생성을 보려고 합니다. 근데 도통 ROS 생성이 늘어나질 않네요. 오히려 N군보다 줄어들어요. 대학원에선 1ug/ml LPS 로도 충분히 자극이 됐는데 여기선 몇번째 반복인지 답답하네요.  NO 생성이나 TNF-a 생성 같은건 LPS 로 자극 되는거 다 확인 했습니다. 유독 ROS 만 그래요
회원작성글 AGCT  |  09.20
Q. MS를 이용한 항체 epitope mapping 서비스 제공하는 국내 회사 추전 부탁드립니다.
국내사 중에 HDX-MS 혹은 XL-MS를 통한 epitope mapping 하는 곳들이 있을 까요? 전문적으로 하는 곳 추천 받고 싶습니다.
회원작성글 shkim20  |  09.20
Q. cy5.5 염색
대장균에서 발현/분리/정제한 단백질에 cy5.5 dye를 염색하는 것이 실험실에서 간단히 되는 일인가요?  지식도, 경험도 부족하고, 주변에서 본 것도 없어서 ㅜ.ㅠ 단백질에 염색한 후 마우스에 주입해서, 이 단백질이 어디로 가는지 보는 실험을 하려고 합니다. 일단 염색이 석사생 손에서 수월하게 뚝딱 되는 것인지가 궁금하고요, 또 염색이 잘 되면, 마우스에 들어가서도 하루-이틀 안깨지고(?) 잘 버티는지가 궁금합니다. 이건 케바케일 것 같아 꼭 답 안해주셔도 됩니다!
회원작성글 색연필  |  09.20
Q. RNA추출 후 전기영동 밴드 첨부파일
안녕하세요. 발효식품(세균, 진균 모두 존재) 에서 RNA를 Trizol을 이용해 추출하였습니다. 전기영동(0.7% agarose, 135V, 20V)한 결과 밴드가 엄청 많이 나왔는데요,,, 첫번째 100bp ladder, 마지막이 1kb ladder이며 중간에 5개가 시료입니다. 밴드가 왜 이렇게 많으며, 각각 어떤 것인지 알 수 있을까요??
회원작성글 룰루야  |  09.20
Q. 문의
안녕하세요. 해양학을 공부하고 있는 학생입니다. 그 중에서 해양생물(조개류, 게류 등 무척추동물)에 대한 공부를 하고 있는데, 그간 행동이나 간단한 처리로 결과를 도출하다가 생리 지표의 측정의 필요성을 느껴 관련한 논문 조사와 장비를 찾아보고 있는 중입니다.    우선적으로 조직 내 젖산이나 혈당을 측정하는 것을 목표로 하고 있습니다.  최근에 조개류의 조직을 고속액체크로마토그래피 분석을 맡겼더니 검출이 되지 않는 문제가 발생하였습니다.    따라서 그간 참고했던 논문을 고려하여 lactate 혹은 glucose assay kit를 사용하고자 정보를 찾아보는 중입니다.    그런데 assay kit의 경우 microplate reader가 필요하다는데 제가 알아본 가격만해도 필터 제외 700만원 수준이고 assay kit 또한 가격이 수백만원 대더군요...  한시적으로 사용하는 장비에(+제가 졸업하면 아예 사용하지 않을 것 같습니다.) 아직 테스트가 필요한 상황에서 큰 금액을 사용하는 것은 합리적이지 못하다는 생각이 들고 사실 금액도 금액이지만 kit의 경우 최소 단위가 수십개에서 100개 정도 되던데, 이것이 사용 기한이 있어 이를 기한 내 모두 소모할지도 미지수 입니다.    브릭 내 문의 게시판에서 "금액 등 현실적인 부담이 있는 경우 분석 의뢰를 맡기는 것도 방법이다"라는 글을 본 적이 있는데,    1. 해당 분석법의 경우 어떤 종류의 분석실에 의뢰를 맡기나요...? 금액을 지불하고 간단한 전처리만 거친 후 맡기는 것이 가능한 곳이 있을까요? 2. 1번과 같은 경우는 없고 만약 마이크로플레이트 분석기가 있는 곳에 맡길 경우 assay kit를 사용한 처리는 연구실에서 모두 프로토콜을 완료한 후 맡기는 것인지 궁금합니다.    생물학을 하시는 분들께는 정말 초보적인 질문일 것 같은데, 읽어주셔서 감사합니다. 
회원작성글 수비니즘  |  09.20
Q. 고분자의 구조에 관한 질문
고분자는 하나의 구조만을 가지지는 않는다고 하는데, 그럼 linear polymer 에 branched polymer 가 혼합된 구조 역시 존재할 수 있는 건가요?  
회원작성글 ataraxia  |  09.20
Q. 전기영동 band 관련
1. qRT-PCR을 위해 primer을 design 하여 cDNA를 이용하여 일반 PCR로 증폭 시킨 후 전기영동 band를 확인 하였는데 원하는 위치에 band, 더 작은 size band 하나 총 2개의 band가 존재 하는데 dimer 같다며 사용해도 된다 들었는데 dimer가 이루어 지면 좋은 primer 가 아닌것 아닌지 궁금 합니다.   2. transgenic plant(T) T3에 대한 전기영동(treatment) 결과 single band가 나와야 한다 하는데 이유가 궁금합니다.(멘델의 유전 법칙, hetero, homo, 염색체 등 관련)
회원작성글 5년  |  09.20
Q. transformation 후 dilution 하여 분주
transformation 후 dilution 하여 plate에 spreading을 진행할때 얼마나 dilution을 해야되는지 모르겠어서 질문드립니다. 보통 농도 몇짜리를 몇으로 희석해서 plate에 분주하시나요? 다른분들이 하는 예시를 알아야 제가 계산할수 있을거 같아 질문드립니다
회원작성글 겨율까지  |  09.20
Q. 혐기균 미네랄 오일
혐기성 박테리아 키우시는 분 중에 미네랄 오일 사용해서 키우시는 분 계실까요? broth에 키울 때 위에 미네랄 오일 떨어트리면 jar나 gas pack 없이도 혐기조건이 만들어지는지 궁금합니다! (혹은 jar에 키울 때에도 미네랄 오일을 추가해주면 균이 더 잘자라는지 등..) 혹시 미네랄 오일을 사용해서 혐기균 배양해보신 분이 있다면 답변 부탁드립니다 !
회원작성글 kkykk  |  09.20
Q. hybridoma selection시 well당 분주하는 양과 농도계산 질문있습니다!
안녕하세요! 정말 초보 중 초보인 2개월차입니다.. 고수님들 답변 기다립니다..!! 96well plate 1개에 well당 100ng/100μL로 분주하는데 Ag가 2mg/ml입니다.  PBS와 섞는데 loss 생각해서 100well에 분주한다고 했을때 PBS 10ml을 넣는데, Ag는 얼마나 넣어야 하는지 자세하게 풀어서 알려주실 수 있으신가요..?ㅠ 마찬가지로 half 96 well에 하면 어떻게 달라지는지도 알려주시면 정말 감사합니다!!
회원작성글 기러기토마토  |  09.20
Q. 실험 과정의 시료가 제가 이해한게 맞는지 모르겠어요.
전고체 전해질을 만드려고 하는 과정인데 The BA-based solutions were prepared by dissolving 1 mol% PEGDA (Sigma-Aldrich), 0.5 mol% AIBN (Sigma-Aldrich) and 1 M LiTFSI powder (≥99%; Sigma-Aldrich) in BA liquid (Sigma-Aldrich). 이 문장에 들어가는 시료가  1 mol% PEGDA = 224 ml 0.5 mol% AIBN = 0.82 g 1 mol LiTFSI = 287.09 g 이 맞나요..? PEGDA 분자량은 안나와 있고, AIBN 은 164.21 g/mol, LiTFSI는 287.09 g/mol 입니다.
회원작성글 지나가는팽귄  |  09.20
Q. HPLC/MS 분석결과...
분석시료를 hplc/ms 로 분석시켜 봤는데 이런 결과가나오네요.. 처음보는 그래프인데 단순히 오염일까요.. 메소드/조건 기입해봅니다.. Parameter Condition  LC/MS Model AB Sciex TripleTOF 5600 System Model 1034600R/L, IDEX  calibrant delivery system  HPLC System Agilent 1260 Binary Pump, Agilent 1260 Degasser,  Agilent 1290 Column Oven, Agilent Instant Pilot G4208A, CTC  Autosampler HTC-xt  Column Waters CORTECS C18, 150 x 2.1 mm, 2.7 µm  Column Guard Phenomenex C18 SecurityGuard 4 x 2.0 mm  Column Temperature 45 °C  Injection Volume 3 µL  Flow Rate 0.350 mL/min  Scan Range 80 to 1500 m/z Ion source gas 1 (GS 1) 40 psi  Ion source gas 2 (GS 2) 60 psi  Curtain gas (CUR) 35 psi  Dry Gas temperature (TEM) 400 °C  Ion spray voltage (IS) 4500 V (4.5 kV)  Mobile Phase A 5 mM ammonium acetate in water  Mobile Phase B 50:50 (v/v) methanol:acetonitrile  Gradient 15% B at 0 minutes to 15% B at 1.20 minutes to 100% B at  18 minutes, hold to 30 minutes, back to 15% B at 32 minutes  and hold to 15% B until 36 minutes  Ionization ESI positive, ESI negative  Library Eurofins Substance Library  NIST 2017 MS/MS Database converted and condensed for  use with SCIEX software. Version 1.0   
회원작성글 무상인생  |  09.20
Q. mycoplasma test 결과 분석좀 도와주세요!
사용한 제품은 takara mycoplasma test kit 입니다. 1차 PCR 결과,  3번 lane : control (DMEM), 4번~6번 lane은 배양액 sample입니다.   1차 PCR에서 control template가 primer에 의해 잘 증폭된것(810 bp)을 확인하였고 sample에서는 mycoplasma band가 뜨지 안은것을 확인하였습니다.   2차 PCR 결과  2차 PCR에서는 1차 PCR에서 증폭된 산물의 더 작은 부분을 증폭하는 것으로 control template 1차산물에서 증폭된 2차 증폭산물(590 bp)을 확인할 수 있었는데, sample에서도 590 bp 부근에서 밴드가 뜨는데 이게 왜 뜨는지를 모르겠습니다..   control template에는 mycoplasma 서열이 들어있지 않다고 나와있는데 저 밴드를 뭐라고 봐야할까요? 
회원작성글 ungo  |  09.20
Q. 바이오 에탄올 실험에서의 Glucoamylase 구매
당화작용을 진행하기위해 Glucoamylase를 구매하려고 하는데 국내에서는 판매하지 않는건가요?.. 아무리 찾아봐도 해외사이트 밖에 안뜨네요
회원작성글 qwe851  |  09.20
Q. 나노드랍 측정값과 광학활성 관련해서 궁금한 점 있습니다
PCR을 하기 위해 DNA extraction 이후 나노드랍으로 순도 측정 해봤습니다   2번씩 측정했는데 평균값이 260/280 ratio : 1.85    260/230 ratio : 2.61   ng/ul : 41.285    A260=0.826 으로 나왔는데, 여기서 궁금한 점이   1. 유기용매는 A230에서 최대 absorbance를 하는 것으로 알고 있는데요. 에탄올 또한 A230에서 최대 흡수를 일으키지 않나요? 맞다면 에탄올이 A230이 아닌 A260 측정값에 영향을 줄 수 있나요?   2. 측정값을 보고 제가 내린 결론은 260에서 DNA를 제외한 260nm파장을 흡수하는 오염물질이 제거가 덜 되었고, 또한 A260값은 DNA+x(오염물질)이기 때문에 260/280 ratio의 값도 정상적으로 보이지만 A280에서 단백질이 덜 씻겨내려갔기 때문에 정상적인 값으로 측정되었다고 생각하는데 잘된 추론인지 잘못된 추론인지 궁금합니다..!
회원작성글 형준팍  |  09.20
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