[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
성균관대학교 삼성융합의과학원
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
BioLab 최수진 교수
전체보기 안전점검 LABox
 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
카테고리 전체보기펼치기
질문/투표/프로토콜 등록
Q. cDNA합성시 Oligo dT vs Random Hexamer
안녕하세요. bacteria의 mRNA 발현량을 알아보는 실험을 진행하려고 하는데요. 제가 여태 Eukaryotic cell만 실험을 했던지라.. Oligo dT와 Random Hexamer를 관계없이 사용하였었는데요.   bacteria의 mRNA는 poly A tail이 없는 gene들도 많이 존재한다고 해서 문의드립니다. 이런경우 Random Hexamer를 사용하는게 맞긴한데,   1. Oligo dT보단 Random Hexamer를 사용하는것이 맞나요?   2. 같은 종의 같은 유전자도 sub sp. 따라서 Poly A tail이 있고, 없고가 차이가 나는지 궁금합니다. 같은종 4가지 균주로 Oligo dT를 사용하여 실험을 세번 반복 진행하였는데, 유독 하나의 균주에서만 측정이 안되고있습니다.   3. Oligo dT가 단순히 5'-TTTTTTTTTTTTTTTT-'3 같은 T 반복서열이 아닌가요? Random Hexamer도 5'-NNNNNN-3' 서열로 알고 있습니다만.. 별도의 마킹이 되어있는건가요? Kit의 Oligo dT와 Random Hexamer primer만 떨어져서 따로 주문을 하려하는데요. 일반 Primer 주문하듯이 하면 되는것인지.. 아니면 Reverse transcription용 Oligo dT 제품을 별도로 구매하여야 하는지 궁금합니다.
회원작성글 이드  |  2021.01.31
Q. Induction후 RNA prep
 KI single cell 확보 후 lactogenic hormone을 Induction하여 KI 유전자를 과발현 시켜주는 실험을 진행하고 있습니다.   따라서 Induction 72시간 후에 RNA를 Prep해 cDNA를 합성해서 qRT-PCR 수행하는데요 자꾸 특정 셀에서 RNA prep이 잘 안됩니다. Q사 RNeasy mini kit 사용하는데 다른 셀들은 잘 되지만 특정 셀이 합성이 안돼요...cell이 너무 confluent해서 degradation되는 걸까요?
회원작성글 jchjhjhk  |  2021.01.29
Q. melting curve 질의
qRT를 하는데 ct값이 너무 흔들리더라고요. 예전에는 melting curve가 크게 흔들리지 않았는데  지금은 꽤나 흔들리고...또 새로 산 프라이머를 녹여서 했는데도 같은 결과가 보이면 어떻게 해야할까요? 굉장히 힘드네요..
회원작성글 구루막  |  2021.01.18
Q. real time pcr (qRT-pcr) 편차 질문
qRT를 하는데...편차가 너무 심합니다. 랩 프로토콜대로 하고 있고 자동파이펫으로 하는데 왜이리 편차가 심하게 나는지 모르겠네요. 팁도 표면만 땋으려고 하고 그러는데 같이하는 동기 (sample이 다름)은 잘 나오고 제꺼에서는 들쭉날쭉이네요. 프라이머를 바꿔도 그렇고...대체 무슨 문제일까요.   raw 264.7로 염증을 보고 있습니다. 
회원작성글 구루막  |  2021.01.18
Q. 재업로드)qPCR amplification plot좀 봐주실 수 있나요? 첨부파일
안녕하세요. qPCR을 제가 셋업하고 혼자하느라 어려움이 많아 여기에 질문을 올립니다. relative qPCR을 하기 위해서 GAPDH를 control로 잡아 amplification을 해보았습니다.   그래프가 그림처럼 나왔는데, 기존에 공부할때 보던 plot모양과 많이 다릅니다. expotential phase가 없어보이는데 어떤 문제점이 있는걸까요?   TAKARA사 SYBR green qPCR kit를 사용하였고, appliedsystem step-one plus 기기 및 software를 사용하였습니다.   primer농도는 0.4uM, cDNA는 약 20ng으로 진행했습니다. 
회원작성글 아카시아꿀  |  2021.01.11
Q. qPCR amplification plot좀 봐주실 수 있나요?
안녕하세요. qPCR을 제가 셋업하고 혼자하느라 어려움이 많아 여기에 질문을 올립니다. relative qPCR을 하기 위해서 GAPDH를 control로 잡아 amplification을 해보았습니다.   그래프가 그림처럼 나왔는데, 기존에 공부할때 보던 plot모양과 많이 다릅니다. expotential phase가 없어보이는데 어떤 문제점이 있는걸까요?   TAKARA사 SYBR green qPCR kit를 사용하였고, appliedsystem steoone plus 기기 및 software를 사용하였습니다.   primer농도는 400nM, cDNA는 약 20ng으로 진행했습니다.   
회원작성글 아카시아꿀  |  2021.01.11
Q. 전기영동시 로딩다이 넣을때요
Pcr 돌릴때 제가 쓰는 taq 효소 안에 이미 로딩다이가 들어가있어서 넣을필요 없다고 적혀있는데 , 막상 겔에 로딩해보면 pcr산물이 자꾸 tbe 버퍼 위로 뜨더라구요... 넣어져있는데도 그런경우가 있나요? 1. 이런경우 이미 들어있다지만 전기영동 전에 pcr산물이랑 로딩다이 또 넣고 해봐도 실험 결과 영향이 없을까요? 2. 사이즈마커에도 로딩다이 넣어주는건가요??
회원작성글 좀잘하자아  |  2021.01.11
Q. methylation specific pcr과 관련하여...
안녕하세요. methaylation과 관련하여 연구하고 있는 대학원생입니다, 하나의 유전자에 대해서 지금 연구 중인데... cDNA의 발현량이 당연하게 대조군과 비교하여 높게 나와야하지만 protein도 mRNA level도 모두 대조군에 비하여 반복해서 유의적으로 낮아지는 결과가 나오고 있습니다.,.. 상위의 Transcripion factor의 발현량도 결과가 예측한 바와 동일하게 나오고 있어서... 이 부분을 어떻게 해결할지 고민하다가 methylation에 관하여 연구 중인데요... 근데 문제는 보통 methylation이 일어나는 CpG island가 promoter 지역에는 존재하지 않고... exon 2구역 내에 존재 하고 있습니다. (database 상 exon 1구역은 non-codning region으로 ...) 근데 궁금한 점은 exon 지역 내에 methalyation이 일어났다 해서 mRNA의 발현량이 낮아 질 수 있냐는 것이지요.... 예비실험상 methylation이 일어나지 않은 것처럼 보이기는 한데 ... 이 부분을 어떻게 해결해할지 고민이네요.. 잘 아시는 분이 있을까요?
회원작성글 iammj  |  2020.12.10
Q. 실험의 반복시행과 샘플의 반복측정을 중복해 얻은 데이터 처리에 대해서 여쭙습니다.
안녕하세요. 실험 자체를 3회 반복시행했고, 각각의 반복 시행에서 측정을 3회씩 반복 하여 총 9개의 데이터가 모였고 이들로 그래프를 그린다고 할 때 1. 이를 각각의 동등한 9개의 데이터로 보고 평균을 내고 SEM을 계산해야 하는지 2. 또는 각 반복시행에서 반복측정한 값들의 평균을 그 시행의 결과로 보고 총 3개의 결과로 평균과 SEM을 계산해야 하는지 궁금합니다.   현재 저의 상황은 실험 자체를 세 번 반복해서 같은 군에 대해 cDNA 샘플 3개씩을 갖고 있고, qPCR을 시행하면서 1개 샘플 당 3회씩 Loading해서 데이터를 얻어서 한 개 군에 대해서 9개의 결과를 갖고 있습니다.   이럴 때에 앞서 말한 1번 혹은 2번으로 처리하는 방법이 가능할 것 같은데, 통용되는 방식이 있거나 원칙이 있는지 혹은 그게 아니라면 둘 다 가능한 방식인건지 궁금합니다.   감사합니다^^
회원작성글 ㅇㅅㄱ  |  2020.12.05
Q. 3-4년정도 -80도에 보관된 조직에서 mRNA 분석이 가능할까요?
예전에 실험했던 조직에서 추가분석을 진행하고자하는데, 계속해서 -80도에 보관해두긴 했습니다만 시간이 3-4년정도 흘렀습니다. 해당 조직을 분석해도 믿을만한 mRNA 데이터를 얻을 수 있을지 궁금합니다. 조직은 폐입니다.
회원작성글 힘들다힘들어  |  2020.12.01
Q. normalized, relative 유전자 발현, 데이터 해석 관련하여 질문드립니다.
안녕하세요.  Molecular biology 쪽을 공부 중이며, 유전자 발현을 주로 실험하는 박사 3학기차 대학원생입니다.  mRNA를 대상으로 한 qRT-PCR 관련해서 선배님들께 질문드리고자 Q&A를 올립니다.     현재 제가 실험하고 있는 분야는 균주에 Heat stress 를 제공한 샘플로부터 RNA를 추출하여 Heat shock protein의 유전자 발현율을 분석중입니다.  온도 제공은 두 가지 셋트가 있습니다.  1. 20, 25, 30 ℃에 이미 적응 되어있는 균주입니다.  2. 온도 스트레스를 제공하는 균주로, 20->25℃, 25->30℃ (3시간)로 heat shock을 제공하는 균주입니다.      -----------------------------------------------------------------------------------------------------------     이미 qRT-PCR을 진행하여 각 샘플의 Cq값을 얻었습니다.  여기서 들었던 의문점은.... Normalized gene expression 혹은 Relative gene expression 중에서 어떤것이 해석에 적합한지에 대한 의문이 들었습니다.  연구실에서 진행했었던 모든 실험은 control (대조군)으로 조정한 Relative gene expression 결과를 사용했습니다.  다른 학술 논문에서도 Normalized gene expression보다는 Reltaive gene expression을 더 선호하는 것으로 생각됩니다.  여기서 normalized gene expression도 Reference gene을 대상으로 조정된 값인데, 왜 relative gene expression을 더 선호하는지에 대한 의문이 들었습니다.    또, 제 실험 결과 중 20->25℃, 25->30℃ 는 각기 다른 대조군을 갖습니다.  20->25℃는 20℃에서 25℃로 온도를 올리기 때문에 대조군은 20℃가 되어야하며, 25->30℃는 25℃에서 30℃ 온도를 올리기 때문에 대조군이 25℃ 입니다. 그렇다면, 일반적이 온도에서 발현되는 heatshock protein의 유전자 발현율을 보고싶을 때, 20, 25, 30 ℃의 경우 relative gene expression을 보는것이 맞는 것인지에 대한 질문을 하게 되었습니다.    ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------     다시 정리하자면,    1. 왜, normalized gene expression 보다 relative gene expression을 선호할까요?  2. control군이 3개인 상황에서 control군 자체에서도 유전자 발현이 달리 나타날때, normalized gene expression 으로 결과를 해석해도 될까요?    선배님들의 경험에 의한 의견 부탁드립니다.  읽어주신 모든 분들의 실험이 잘 되길 기도합니다.  감사합니다. 
회원작성글 팡  |  2020.11.10
Q. Transfected cell에서의 qRT-PCR control 질문
안녕하세요. qRT-PCR에 대한 질문있습니다. 동물세포에 pcDNA3.1로 트렌스펙션하였습니다. Transfected cell에서 qRT PCR시 control로 2개를 잡는게 맞는것인가요? 한 컨트롤로는 gapdh같은 하우스키핑 유전자로 endogenous한 level에서 normalization을 하고자하고 두번째로는 벡터에 포함된 selection drug(neomycin)유전자를 컨트롤로 잡아서 transfection efficiency를 보려고 합니다. 발현하고자하는 타겟유전자에 UTR을 넣어준것의유무에 따라 mRNa stability가 다른지 테스트하는게 목적인데, utr들어간 것과 안들어간 실험군의 transfection efficiency를 보려고합니다. 그런데 타겟유전자로 바로 qRT-PCR을 하는것이 알맞지않아보였습니다. 문헌에서도 많진않지만 벡터에 포함된 selection drug을 컨트롤로 잡는것을 보았습니다. 질문은 1.이렇게 하는것이 맞는 방법인지 문제없는지와 2. 컨트롤을 두개로 normalization을 할때 먼저 gapdh로 endogenous mRNa level을 맞춰준 후 selection drug gene mRNA을 normalization기준으로 잡고 타겟유전자 mRNA level을 비교해도 괜찮을까요?
회원작성글 아카시아꿀  |  2020.11.05
Q. 게놈 지도 읽는 방법이 궁금합니다 첨부파일
이번에 고등학교 자율 탐구로 코로나 게놈지도를 더 쉽게 구조적 도식화를 진행하려고 합니다. 그래서 snapgene 파일을 다운받아 해석을 하려고 하는데 해석하는 방법을 모르겠습니다.(가운데 있는 선은 뭔지....) 그래서 각 부분이 무엇을 의미하는지만이라도 알려주셨으면 좋겠어요.
회원작성글 임재웅  |  2020.10.29
Q. 델타 CT값이 높으면
qRT-PCR을 했을 때 델타 CT값이 높으면 해당 Gene이 적다는 뜻인가요? 그리고 시간 별로 델타 CT값을 선형 회귀 분석 그래프를 그렸을 때 델타 CT값이 점점 증가하는 추세로 가는 선은  점점 Gene이 줄어든다고 봐야 맞는건가요...?  그리고 논문을 보니 nomalizer software?를 통해 control을 정했다고 하는데 control을 정해주는 프로그램같은게 따로 있는 건지 궁금합니다...ㅠㅠ  
회원작성글 Qupi  |  2020.09.22
Q. qPCR 이론에 대해 궁금합니다
이번에 qPCR 실험을 위해 공부하고 있늨 학생입니다 찾아보니까 기계 자체가 민감도가 높다고 하는데 이 말이 정확히 무슨 뜻인지 이해가 안가서요.. 적은양의 product 를 detection 할수있기때문에 민감도가 높다고 하는건가요? 답변 부탁합니다.
회원작성글 Yjn  |  2020.09.17
Q. human dermal fibroblast(HDF)세포는 COX2발현 될까요??
PCR을 돌려보려고 합니다 HDF (human dermal fivroblast) 세포에 LPS처리하여 PCR을 통해 RNA분석을 한다면, COX2가 발현이 될까요?? COX2의 경우 염증관련 단백질로 알고 있고 대식세포에서는 발현이 되겠지만 진피세포인데 발현이 될까요?? 확인을 위해 RAW264.7에서 NO발현이 된 농도의 LPS를  HDF에 처리하여 NO측정한 결과, 아무 변화가 없었습니다 제가 사용할 프라이머가 세포에서 발현(측정)이 되는지 안되는지는 어떻게 알 수 있을까요?? 논문을 참고하고자 해도 문헌이 없네요..    
회원작성글 가즈아분자생물  |  2020.09.11
이전  01 02 03 04 05 6 07 08 09 10  다음
실험 회원 등급이란?
실험Q&A 회원등급안내
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고