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웹진 Vol.24, No.10 (2022년 10월) 발간
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
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Q. Agarose gel만들기
Agarose gel을 만들 때 30분 이상 굳혀야 되는걸로 알고있는데 사용하는 agarose의 양에 따라 굳히는 시간도 달라지나요? 예를 들면 1%의 gel보다 3%의 gel을 만들 때 굳히는 시간이 더 길어야 한다 이런 식으로요  
회원작성글 바이오팜  |  01.10
Q. 분변에서 DNA extraction시 전기영동 band 관련 질문
분변sample에서 추출 후 전기영동 사진 (gel 농도는 1%)입니다.   홈 바로아래에서 band가 선명하게 뜬 것을 확인하였습니다. 이전 실험에서도 동일한 pattern이 나온 것으로 확인하였습니다.   이게 어떤 것이라고 말할 수 있을까요? 대장균의 것인지 아니면.. 컨텀일까요?
회원작성글 간첩신고113  |  01.06
Q. CIP 처리 후 밴드가 없어요
제한효소로 자른 후에 gel purification하고, 시약 프로토콜대로 37도에서 30분간 CIP처리했습니다. PCR purification kit로 inactivation한 후 -20도 보관했다가, 다음 날 오전에 전기영동 내려보니 밴드가 전혀 보이지 않습니다. CIP inactivation이 제대로 되지 않아서 그런걸까요?
회원작성글 Lilllyy  |  01.03
Q. site directed mutagenesis 프라이머 디자인 질문입니다!!
site-directed mutagenesis를 처음 공부하면서 실험을 하려고 하는 대학원생입니다.   제가 지금 하고자 하는 것이 플라스미드 벡터안에 있는 GGG  서열을 TGT 부분으로 바꾸려고 합니다. <기존 서열> ..........CCTACACGCACACACACGGGCGCGCGGGCGCGCACGCACA .........   <원하는 서열> ..........CCTACACGCACACACACTGTCGCGCGGGCGCGCACGCACA............   그래서 프라이머 디자인을 이렇게 짜 보았습니다.            S:  5’   C ACG CAC ACA CAC TGT CGC GCG GGC GCG C      3’           AS:  5’   G CGC GCC CGC GCG ACA GTG TGT GTG CGT G      3’ Tm 값을 0.41 X 73 - 675/L + 81.5로 이렇게 계산하니까 89.49가 나오더라구요 GC content는 76% 입니다.   1. Tm 값이 78이상이긴 한데 GC서열이 너무 많아서 이렇게 프라이머를 짜도 과연 괜찮을지 의문이 들었습니다.   2. 그리고 1번의 질문과 상관없이 하나의 돌연변이 말고 2개씩 이렇게 mutagenesis 시켜도 가능한지 묻고싶습니다.   3. 그리고 혹시 site directed mutagenesis로 이 서열을 mutation 시키기 어렵다면 혹시 다른 실험으로 mutation 시키는 방법이 있는지 알고싶습니다.  
회원작성글 우니해리  |  2021.12.27
Q. site directed mutagenesis 프라이머 디자인!
안녕하세요! 이제 막 석사과정을 하고있는 대학원생입니다 제가 site directed mutagenesis 관련 실험을 진행하고 싶어 검색하던 도중 프라이머 디자인을 할 때, 프라이머 양 끝에 하나 이상의 G,C 서열이 포함되어야 한다고 나와있더라구요!   1. 꼭 이렇게 디자인을 해야하는지??  2. 그리고 꼭 이렇게 디자인 해야한다면 양 끝에 G,C 서열이 포함되어야 하는 이유는 무엇인지 궁금합니다!   혹시 알고 계신 분들 많은 도움 부탁드립니다 ㅠㅠ
회원작성글 우니해리  |  2021.12.27
Q. gel extraction or purification 선택하는 기준?
  위 사진은 PCR Product를 적정 밝기로 찍은 것이고 아래 사진은 최대 밝기로 찍은 사진입니다.   gel extraction 까지는 할 필요 없고 purification만 해서 sequecing 맡길까 합니다.. 괜찮을까요?   그리고 제가 알고 있기론 gel extraction의 경우 멀티밴드가 떴을 때 수행하는 것이라고 알고 있는데, 제 전기영동상 최대밝기로 했을 때 미세하게 잡밴드가 뜨긴 했습니다. 어느정도 밝기? 였을 때 gel extraction을 해야하는지 궁금합니다.
회원작성글 간첩신고113  |  2021.12.20
Q. gel extraction 이후에도 double band가 생기는 것
          최종적으로는 sequencing을 위한 목적으로 합니다.    가장 밝은밝기로 찍었습니다, gel extraction 이후에도 double band가 확인되면 다시 한번 gel extraction을 수행해야 할까요? 한번더 수행하게 되면 수득률과 관련하여 문제가 생길까봐 머뭇거리게되는데,(Sample도 많지 않습니다.) 혹은, 해당 product를 다시한번 PCR해서 Gel extraction을 수행해야하는지요?   추가적으로 확인된 밴드가 얻고자하는 밴드보다 크기가 큽니다.   어떻게 해결하면 좋을까요..?
회원작성글 간첩신고113  |  2021.12.14
Q. DNA extraction이후 보관기간 관련
안녕하세요 저희는 Qiagen 사 Kit를 사용하여 조직에서 DNA를 Extraction하고 있습니다.   1. Extraction 이후 4도 냉장고에서 보관했을 때  얼마나 보관이 되는지 궁금합니다.   2. 추가로, PCR product도 어느정도 보관이 가능한지 두달정도 4도에서 보관한 product를 sequence를 맡길 경우, 괜찮은것이지?   감사합니다.
회원작성글 간첩신고113  |  2021.12.13
Q. Cloning - ligation colony enzyme cut 이후 band shift 현상 첨부파일
안녕하세요. 제가 cloning을 진행했는데,  agarose gel상의 insert size의 band를  UV로 확인하여 자른 후에 gel purification을 진행한다음, T4 ligation 후 DH5a에 transformation한 후 나온 colony들을 culture후 enzyme cut을 진행했습니다. 근데 gel elution을 하여 얻은 insert의 크기가 이전과 동일해야 하는데, shift된 형태로 커져서 나옵니다. 제가 gel purification 때 vector가 insert랑 같이 딸려왔나 싶었지만, insert와 vector의 항생제가 다르기 때문에 그럴 경우가 없다고 판단이 되었고, 혹시나 vector에 사용한 엔자임이 겹친건가 싶어 확인해보았지만 그것도 아니였습니다. 혹시 band shift 현상이 일어나는 이유가 무엇인지 아시는 선생님이 계시면 알려주신다면 감사드리겠습니다. *원래 나와야하는 insert size는 1890bp입니다.   감사합니다.  
회원작성글 뉴비도비  |  2021.12.08
Q. 5%에서 1% 농도 희석
    예를 들어 10% 농도의 샘플을 1%로 희석한다면 샘플 100ul + DW 900ul를 하면 1%가 되는데 5%에서 1%로 만들려면 어떻게 해야 할까요 ?
회원작성글 Bioroom  |  2021.12.06
Q. 최대 RPM 이 부족할때
안녕하세요 현재 qiagen midi prep 키트를 이용해서 실험을 하는데요, 저희 centrifuge가 침수가 돼서 일주일 이상은 사용이 불가능한 상태라 급한대로 50mL centri 되는 실험실께 여쭈어봤는데 거기는 최대 rcf가 3000g라고 하더라고요... qiagen 프로토콜 보면 18000에서 20000g까지 돌리는데 시간을 늘리면 괜찮을까요..? 얼마나 늘려야할까요..?
회원작성글 냥뮹  |  2021.12.01
Q. 스테비아 DNA 추출실험
제가 스테비아 DNA를 뽑고있습니다.   현재 기본적인 프로토콜은 CTAB 추출법을 사용중인데요 스테비아 잎을 액체질소로 간다음 1.5ml 튜브에 시료를 100ul까지 채운다음 CTAB 500ul 와 2-mercapto 20ul 를 넣고  30분간 65도에서 인큐베이션 이후 Chrolo : iAA (24:1)을 CTAB과 동량 넣은다음 원심불리 후 상층액을 딴다음 IPA 0.7배 첨가 후 1시간 -20도 휴지 후 원심분리 후 75% Ethanol 세척한 다음 펠렛을 말리고 3차 멸균수 로 일루션 하고 있습니다.   문제가 되는게 펠렛이 갈색 빛을 띄는 경우가 있고 하얗거나 투명해도 멸균수로 일루션 할때 잘녹지 않습니다.  결과적으로 나노드랍 결과에서 260/230값이 0.8~1.0사이로 낮게 나오고 260/280은 1.8~2.0이 나오고 있습니다. 260/230값을 개선하고 싶어서 현재 버퍼양도 조정해 보고 PVP40도 사용해 보았는데 결과가 좋지 않습니다 개선할 다른 방법이 있을까요?
회원작성글 김천미니언  |  2021.11.25
Q. 식물 DNA 추출에서 시간과 시약 양의 의미
안녕하세요. DNA extraction 과정에 의문점이 들어 질문을 하게 되었습니다. DNA extraction 할 때 '~ul를 넣고 ~분 동안  ~rpm으로 원심분리한다' 라는 과정이 많은데요, 각 buffer들이나 시약들이 어떤 역할을 하는지는 명확하게 파악할 수 있는데, buffer의 양이나 원심분리 rpm이나 돌리는 시간이 어떤 의미를 가지는지 잘 모르겠습니다. 그냥 DNA 추출을 연구한 분들이 가장 효율적이고 추출이 잘 될 때의 양/시간/rpm을 찾은 것인가요? 뭔가 이것보다는 이러한 과정을 거치는 더 많은 의미나 이유를 가지고 있는 것 같아서 여기에 질문드립니다...
회원작성글 묭  |  2021.11.20
Q. 항온수조에서 가열하는것과 heating block에서 가열할 때 다른점이 있을까요?
DNA 추출할 때 항온수조에서 가열하는것과 heating block에서 가열할 때 다른점이있을까요? 항온수조 대신 heating block을 써야하는데 결과에 지장이 없을까요?? 고수님들 도와주세요
회원작성글 초코맛꿀  |  2021.11.11
Q. 식물 DNA 추출실험에서 buffer의 역할이 무엇인지 알수 있을까요?
식물 DNA 추출실험에서 키트를 사용했는데 내용물이  1) PL Buffer -식물의 세포막이나 벽제거 2) PC Buffer 3) WA1 Buffer 4) EA Buffer 2,3,4가 실험에서 어떤 역할을 하는지 구글링해도 나오지 않네요 대충 실험 내용은  식물을 분쇄하고 단백질 분해효소, RNase A넣고 위의 buffer 를넣고 원심분리기 해서 DNA가 추출될 조건 만들어준다음에 바인딩 컬럼 튜브에 DNA를 모은다음에 EA버퍼로 DNA를 뽑아내서 전기영동합니다.   2,3,4 buffer 역할(?) 넣는이유를 알려주세요  
회원작성글 Hoodi  |  2021.11.09
Q. 아래 올린 플라스미드 DNA 제한효소 추가 설명입니다 첨부파일
1번이 DNA 마커이구요, 2번이 정상결과이고, 3번이 제 결과입니다. 멸균초순수, 플라스미드 DNA, 10X EcoR1 buffer, EcoR1을 넣었습니다. 플라스미드가 아예 절단이 되지 않은것같은데 어떤 이유때문에 이런 결과가 나왔는지 궁금합니다  
회원작성글 불쌍맨  |  2021.11.05
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